Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

Quản lý dữ liệu biến dị gen với TileDB-VCF

Kỹ năng giúp lưu trữ dữ liệu VCF/BCF vào mảng thưa TileDB rồi truy vấn, xuất dữ liệu theo mẫu và vùng gen một cách hiệu quả.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 7/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

Hướng dẫn toàn bộ quy trình dùng TileDB-VCF để lưu và truy vấn dữ liệu biến dị di truyền ở quy mô lớn.

  • Cài đặt bằng conda/mamba hoặc Docker
  • Ingest VCF một mẫu (kèm index .tbi/.csi) và thêm mẫu tăng dần không cần merge lại
  • Truy vấn theo vùng gen, danh sách mẫu và thuộc tính (pos, alleles, fmt_GT...)
  • Xuất tập con ra VCF/BCF/TSV; hỗ trợ URI S3, Azure, GCS
  • Bộ lệnh CLI: create, store, export, list, stat
  • Cảnh báo lỗi thường gặp: tràn bộ nhớ, hệ toạ độ 1-based, ghi đồng thời gây hỏng dữ liệu
  • Danh sách kiểm tra khi cần nâng cấp lên TileDB-Cloud (>1000 mẫu)

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu tin sinh xây cơ sở dữ liệu biến dị cho nghiên cứu cohort
  • Người chuẩn bị dữ liệu cho GWAS, kiểm định gánh nặng biến dị hiếm
  • Nhóm phải liên tục bổ sung mẫu mới vào bộ VCF lớn
  • Kỹ sư dữ liệu cần truy vấn dữ liệu biến dị lưu trên cloud

Ví dụ sử dụng

  1. "Ingest 50 file VCF vào my_dataset, tuần sau thêm 20 mẫu mới" → sinh code ingest tăng dần mà không xử lý lại dữ liệu cũ.
  2. "Lấy GT/AD/DP của tất cả mẫu trong vùng chr13:32396898-32397044" → tạo script ds.read() với attrs/regions/samples.
  3. "Xuất riêng vùng chr21 của hai mẫu HG00097 và HG00101 ra VCF chuẩn" → dựng lệnh ds.export() hoặc tiledbvcf export trên CLI.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/tiledbvcf từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/tiledbvcf/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/tiledbvcf ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal (macOS dùng Terminal, Windows nên dùng WSL).
  2. Tạo thư mục kỹ năng: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. Tải repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills
  4. Sao chép kỹ năng: cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/tiledbvcf ~/.claude/skills/
  5. Chuẩn bị môi trường Python: conda create -n tiledb-vcf "python<3.10" && conda activate tiledb-vcf, rồi mamba install -y -c conda-forge -c bioconda -c tiledb tiledb-py tiledbvcf-py pandas pyarrow numpy
  6. Khởi động lại Claude Code và yêu cầu ví dụ: "dùng skill tiledbvcf để ingest các file VCF của tôi".
  7. Lưu ý: file VCF phải là single-sample và có index .tbi/.csi.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT