Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

TileDB-VCF quản lý dữ liệu biến thể gen

Kỹ năng hướng dẫn lưu trữ, nạp, truy vấn và xuất dữ liệu biến thể VCF/BCF trên mảng thưa TileDB cho di truyền quần thể.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

  • Hướng dẫn cài đặt TileDB-VCF bằng conda/mamba hoặc Docker, tạo dataset và nạp (ingest) file VCF/BCF.
  • Đưa ra mẫu truy vấn theo vùng gen và theo danh sách mẫu, trích xuất trường INFO/FORMAT, xử lý kết quả lớn bằng streaming.
  • Xuất dữ liệu ra VCF/BCF/TSV, làm việc với dữ liệu trên S3, Azure, GCS và cấu hình ngân sách bộ nhớ, tile cache.
  • Tóm tắt các lệnh CLI create, store, export, list, stat cùng các lỗi thường gặp (tọa độ 1-based, chỉ hỗ trợ VCF một mẫu, tránh ghi đồng thời).

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu di truyền quần thể cần truy vấn lặp lại dữ liệu biến thể của hàng trăm mẫu.
  • Kỹ sư tin sinh muốn thêm mẫu mới vào dataset hiện có mà không phải merge lại toàn bộ.
  • Người xây dựng pipeline chuẩn bị dữ liệu cho GWAS hoặc kiểm định gánh nặng biến thể hiếm.

Ví dụ sử dụng

  1. "Nạp 50 file VCF vào dataset TileDB" → kiểm tra yêu cầu index rồi sinh mã ingest_samples.
  2. "Lấy GT và DP của tất cả mẫu trong vùng chr13:32396898-32397044" → sinh câu lệnh ds.read(...).
  3. "Xuất riêng vùng chr21 của hai mẫu ra file VCF" → dùng ds.export(...) hoặc lệnh CLI tiledbvcf export.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/tiledbvcf/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/tiledbvcf từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/tiledbvcf/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/sci-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/sci-skills/skills/tiledbvcf ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal.
  2. Tải kho mã: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Tạo thư mục kỹ năng: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. Sao chép kỹ năng: cp -r scientific-agent-skills/skills/tiledbvcf ~/.claude/skills/
  5. Khởi động lại Claude Code và hỏi "bạn có kỹ năng tiledbvcf không?" để xác nhận.
  6. Chuẩn bị môi trường: conda create -n tiledb-vcf "python<3.10", rồi mamba install -c conda-forge -c bioconda -c tiledb tiledb-py tiledbvcf-py.
  7. Đảm bảo các file VCF là một-mẫu và có index .tbi hoặc .csi trước khi nạp.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT