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TileDB-VCF 유전변이 데이터 관리

VCF/BCF 유전변이 데이터를 TileDB 희소배열로 저장하고 샘플·영역 단위로 빠르게 질의·내보내기 하도록 돕는 스킬.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 7/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

TileDB-VCF를 활용해 유전변이(VCF/BCF) 데이터를 확장 가능한 희소배열 형태로 저장하고 조회하는 작업 전반을 안내합니다.

  • conda/mamba 또는 Docker 기반 설치 절차
  • 단일 샘플 VCF(+ .tbi/.csi 인덱스) 인제스트, 기존 데이터셋에 샘플 증분 추가
  • 유전체 영역·샘플·속성(pos, alleles, fmt_GT 등) 조건 질의
  • VCF/BCF/TSV로 부분 내보내기, S3·Azure·GCS 클라우드 URI 사용
  • create/store/export/list/stat CLI 서브커맨드 사용법
  • 메모리 예산, 1-based 좌표계, 동시 쓰기 손상 등 흔한 함정 정리
  • 데이터가 1000 샘플을 넘어갈 때 TileDB-Cloud로 확장하는 체크리스트

이런 분께 추천

  • 코호트·집단유전체 데이터베이스를 구축하는 생물정보 연구자
  • GWAS·희귀변이 부담검정 등을 위한 변이 데이터 전처리 담당자
  • 대용량 VCF를 매번 merge하지 않고 샘플을 계속 늘려가야 하는 팀
  • 클라우드 스토리지에 놓인 변이 데이터를 파이프라인에서 질의해야 하는 엔지니어

활용 예시

  1. "sample1~sample50 VCF를 my_dataset에 인제스트하고, 나중에 도착한 20개 샘플만 추가로 넣어줘" → 재처리 없는 증분 인제스트 코드 작성.
  2. "chr13 BRCA2 영역에서 전체 샘플의 GT/AD/DP를 뽑아 데이터프레임으로 만들어줘" → attrs·regions·samples 조합 질의 스크립트 생성.
  3. "특정 두 샘플의 chr21 구간만 표준 VCF로 내보내 협력 연구팀에 전달하고 싶어" → ds.export() 또는 tiledbvcf export CLI 명령 구성.

· · · 설치 가이드 · · ·

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/tiledbvcf 폴더를 내 ~/.claude/skills/tiledbvcf/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/tiledbvcf ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 엽니다(macOS는 터미널, Windows는 WSL 권장).
  2. 스킬 폴더를 준비합니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. 저장소를 내려받습니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills
  4. 이 스킬만 복사합니다: cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/tiledbvcf ~/.claude/skills/
  5. 실제 실행에는 파이썬 환경이 필요합니다: conda create -n tiledb-vcf "python<3.10" && conda activate tiledb-vcf 후 mamba install -y -c conda-forge -c bioconda -c tiledb tiledb-py tiledbvcf-py pandas pyarrow numpy
  6. Claude Code를 재시작하고 "tiledbvcf 스킬로 VCF를 인제스트해줘"처럼 요청하면 스킬이 활성화됩니다.
  7. 인제스트할 VCF는 반드시 단일 샘플이며 .tbi 또는 .csi 인덱스가 있어야 합니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT