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TileDB-VCF 유전체 변이 데이터 관리

TileDB 희소 배열 위에 VCF/BCF 변이 데이터를 저장하고 대규모로 질의·내보내기 하는 작업을 안내하는 스킬.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • TileDB-VCF 설치(conda/mamba, Docker)부터 데이터셋 생성, VCF/BCF 수집(ingest)까지의 절차를 코드 예제로 제시합니다.
  • 특정 염색체 구간·샘플만 골라 읽는 질의 패턴, INFO/FORMAT 필드 추출, 결과 스트리밍 방법을 정리합니다.
  • VCF/BCF/TSV로 다시 내보내기, S3·Azure·GCS 클라우드 URI 사용, 메모리 예산·타일 캐시 등 성능 설정을 다룹니다.
  • create/store/export/list/stat 등 CLI 서브커맨드 사용법과 흔한 실수(1-based 좌표, 단일 샘플 VCF만 지원, 동시 쓰기 주의)를 짚어줍니다.

이런 분께 추천

  • 코호트·집단유전학 연구에서 수백 개 샘플의 변이 데이터를 반복적으로 조회해야 하는 연구자
  • 기존 데이터셋에 새 샘플을 병합 비용 없이 계속 추가하고 싶은 바이오인포매틱스 엔지니어
  • GWAS·희귀변이 부담검정용 데이터 준비 파이프라인을 만드는 분

활용 예시

  1. "sample1~sample50 VCF를 TileDB 데이터셋으로 수집해줘" → 인덱스(.tbi/.csi) 요건 확인 후 ingest_samples 코드 생성.
  2. "chr13 BRCA2 영역에서 전체 샘플의 GT, DP를 뽑아줘" → ds.read(attrs=..., regions=...) 질의문 작성.
  3. "특정 두 샘플의 chr21 구간만 VCF로 내보내줘" → ds.export(...) 또는 tiledbvcf export CLI 명령 제시.

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/tiledbvcf/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/tiledbvcf 폴더를 내 ~/.claude/skills/tiledbvcf/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/sci-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/sci-skills/skills/tiledbvcf ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 엽니다.
  2. 저장소를 내려받습니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. 스킬 폴더를 만듭니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. 이 스킬만 복사합니다: cp -r scientific-agent-skills/skills/tiledbvcf ~/.claude/skills/
  5. Claude Code를 재시작하고 "tiledbvcf 스킬 있어?"라고 물어 인식 여부를 확인합니다.
  6. 실제 사용 전 conda 환경을 준비합니다: conda create -n tiledb-vcf "python<3.10" 후 mamba install -c conda-forge -c bioconda -c tiledb tiledb-py tiledbvcf-py.
  7. 수집할 VCF 파일이 단일 샘플이며 .tbi 또는 .csi 인덱스가 있는지 미리 확인하세요.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT