API thiết kế phân tử trên đám mây Tamarind Bio

Làm được gì

Kỹ năng này hướng dẫn Claude vận hành toàn bộ quy trình gửi job sinh học tính toán lên GPU quản lý của Tamarind Bio.

• Tuân thủ vòng lặp chuẩn: khám phá công cụ → lấy schema → validate → submit → poll → tải kết quả.
• Bao phủ dự đoán cấu trúc (AlphaFold, Boltz-2, Chai-1, ESMFold), thiết kế protein/binder/de novo (RFdiffusion, ProteinMPNN, BoltzGen, BindCraft), thiết kế kháng thể–nanobody và developability, docking (DiffDock, Autodock Vina), dự đoán ái lực liên kết, tạo MSA, mô phỏng động lực phân tử.
• Hỗ trợ cả REST (header x-api-key) và MCP server (mcp.tamarind.bio/mcp), luôn khuyến nghị validateJob trước khi submit.
• Cảnh báo rõ các lỗi hay gặp: truy vấn theo jobName trả về bản ghi trực tiếp (không có bọc {jobs:[...]}), /result là tải hai bước, batch phải poll batchStatus, tệp đã upload phải tham chiếu bằng tên trần (không thêm tiền tố email).

Dành cho ai

• Nhà nghiên cứu, kỹ sư công nghệ sinh học không có GPU cục bộ
• Người cần sàng lọc hàng chục–hàng trăm chuỗi bằng cùng một công cụ
• Người muốn nối chuỗi công việc: thiết kế → gấp cuộn → chấm điểm
• (Điều kiện) Cần tài khoản Tamarind Bio và API key, Python 3.10+, có mạng. Miễn phí 10 job đầu, sau đó phải mua gói.

Ví dụ sử dụng

1. "Gấp cuộn chuỗi này bằng AlphaFold" → lấy schema từ /tools, gửi submit-job, poll mỗi 30 giây, tải file zip kết quả.
2. "Xác minh toàn bộ chuỗi do ProteinMPNN thiết kế" → dùng MCP submitBatch(fromJob="my-proteinmpnn-job", type="alphafold"), chờ batchStatus của job cha chuyển sang Complete.
3. "Docking thư viện ligand vào túi của file PDB này" → upload tệp đích, tham chiếu bằng tên trần, so sánh autodock-vina với boltz rồi gửi theo lô.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/tamarind/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/tamarind từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/tamarind/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.