Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

Hướng dẫn mô hình xác suất single-cell với scvi-tools

Skill giúp Claude dùng các mô hình sinh sâu (scVI, totalVI, MultiVI...) để hiệu chỉnh batch, tích hợp đa mô thức và phân tích biểu hiện khác biệt có định lượng bất định trên dữ liệu single-cell.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 9/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Skill này làm gì

  • Chỉ rõ nên chọn mô hình nào cho từng loại dữ liệu: scRNA-seq, ATAC-seq, đa mô thức (CITE-seq, multiome), phiên mã không gian, methylation/cytometry.
  • Nhắc các lỗi thường gặp: phân biệt scvi.model và scvi.external, bắt buộc dùng raw counts, khai báo covariate trong setup_anndata.
  • Cung cấp workflow mẫu: setup_anndata → train() → get_latent_representation() → phân tích tiếp bằng scanpy.
  • Hướng dẫn lưu/nạp mô hình, phân tích DE xác suất (mode="change", delta), tăng tốc GPU và tài liệu tham chiếu chi tiết.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu single-cell cần hiệu chỉnh batch theo hướng xác suất hoặc transfer learning, vượt ngoài pipeline scanpy thường dùng.
  • Chuyên viên tin sinh phải tích hợp dữ liệu đa mô thức (protein + RNA, RNA + ATAC).
  • Nhóm làm giải chập không gian (DestVI, Stereoscope) hoặc phát hiện doublet (Solo).

Ví dụ sử dụng

  1. "Hiệu chỉnh batch cho scRNA-seq nhiều donor rồi vẽ UMAP" → huấn luyện scVI, dùng X_scVI cho neighbors/leiden.
  2. "So sánh biểu hiện TypeA vs TypeB kèm bất định" → model.differential_expression(mode="change", delta=0.25).
  3. "Mô hình hóa đồng thời protein và RNA của CITE-seq" → dùng totalVI (hoặc totalANVI nếu có nhãn tế bào).

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/scvi-tools/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/scvi-tools từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/scvi-tools/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/scvi-tools ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. Tạo thư mục skills: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. Copy riêng skill này: cp -r scientific-agent-skills/skills/scvi-tools ~/.claude/skills/
  4. Kiểm tra đã có ~/.claude/skills/scvi-tools/SKILL.md và thư mục references/.
  5. Cài thư viện trong môi trường Python 3.12+: uv pip install scvi-tools (bản GPU: uv pip install "scvi-tools[cuda]").
  6. Khởi động lại Claude Code và thử yêu cầu như "dùng scVI để hiệu chỉnh batch".
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT