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scvi-tools 단일세포 확률 모델링 가이드

scVI·totalVI·MultiVI 등 심층 생성 모델로 단일세포 데이터의 배치 보정, 멀티모달 통합, 불확실성 기반 차등발현을 수행하도록 Claude를 안내하는 스킬.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 9/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • scvi-tools(1.4.x) 기반 단일세포 분석에서 어떤 모델을 언제 써야 하는지 정리해 줍니다(scRNA-seq, ATAC-seq, 멀티모달, 공간전사체, 메틸화/사이토메트리).
  • scvi.model vs scvi.external 네임스페이스 구분, raw counts 사용, 공변량 등록 같은 자주 틀리는 지점을 명시합니다.
  • setup_anndata → train() → get_latent_representation() → scanpy 후속 분석으로 이어지는 표준 워크플로 코드를 제공합니다.
  • 모델 저장/로드, 확률적 차등발현(mode="change", delta), GPU 가속, 하이퍼파라미터 튜닝 참고 문서를 연결합니다.

이런 분께 추천

  • scanpy 파이프라인을 넘어 확률적 배치 보정·전이학습이 필요한 단일세포 연구자
  • CITE-seq, multiome 등 멀티모달 데이터를 통합해야 하는 바이오인포매틱스 분석가
  • 공간전사체 디컨볼루션(DestVI, Stereoscope)이나 더블렛 검출(Solo)을 다루는 랩

활용 예시

  1. "여러 도너의 scRNA-seq를 배치 보정해 UMAP까지 뽑아줘" → scVI 등록·학습 후 X_scVI로 이웃 그래프/leiden 클러스터링.
  2. "TypeA vs TypeB 차등발현을 불확실성까지 포함해 계산해줘" → model.differential_expression(mode="change", delta=0.25).
  3. "CITE-seq 단백질+RNA를 함께 모델링" → totalVI(라벨 있으면 totalANVI) 사용법과 참조 문서 안내.

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/scvi-tools/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/scvi-tools 폴더를 내 ~/.claude/skills/scvi-tools/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/scvi-tools ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 저장소를 클론합니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. 스킬 디렉터리를 만듭니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. 이 스킬만 복사합니다: cp -r scientific-agent-skills/skills/scvi-tools ~/.claude/skills/
  4. ~/.claude/skills/scvi-tools/SKILL.md와 references/ 폴더가 있는지 확인합니다.
  5. 파이썬 환경(3.12 이상)에서 라이브러리를 설치합니다: uv pip install scvi-tools (GPU는 uv pip install "scvi-tools[cuda]").
  6. Claude Code를 재시작하고 "scVI로 배치 보정해줘"처럼 요청하면 스킬이 발동합니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT