Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

Phân tích RNA velocity với scVelo

Kỹ năng chạy trọn quy trình scVelo để suy luận hướng chuyển trạng thái tế bào và latent time từ động học splicing trong dữ liệu single-cell RNA-seq.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

  • Tính RNA velocity từ tỉ lệ mRNA chưa splicing / đã splicing và vẽ mũi tên, stream plot hướng biệt hóa trên UMAP.
  • Hướng dẫn chọn giữa ba mô hình stochastic, deterministic, dynamical; với mô hình dynamical còn tính latent time và các hằng số động học theo gene (fit_alpha/beta/gamma).
  • Bao gồm phân tích hạ nguồn: rank_velocity_genes, velocity_confidence, velocity pseudotime, đồ thị PAGA, kèm bảng liệt kê mọi trường được thêm vào AnnData.
  • Cảnh báo các bẫy thực tế: scVelo 0.3 không còn log-transform/HVG trong filter_and_normalize, yêu cầu pandas<3 cho mô hình dynamical và numpy<2 cho estimator stochastic.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu single-cell cần xác định hướng biệt hóa (tạo máu, phát sinh thần kinh, EMT...) chỉ từ dữ liệu ảnh chụp một thời điểm.
  • Người đã có cluster và UMAP bằng Scanpy/scVI và muốn thêm thông tin định hướng cho quỹ đạo.
  • Kỹ sư pipeline đã tạo được count spliced/unspliced bằng velocyto, STARsolo hoặc alevin-fry.

Ví dụ sử dụng

  1. "Gộp velocyto.loom với processed.h5ad rồi chạy chế độ stochastic và vẽ stream plot" → thực hiện merge, tiền xử lý, tính moments.
  2. "Chạy mô hình dynamical, tính latent time và vẽ heatmap 300 gene có fit_likelihood cao nhất".
  3. "Mũi tên velocity trông ngẫu nhiên, kiểm tra giúp tôi" → áp dụng checklist: đổi n_neighbors, kiểm tra layer spliced/unspliced có bị đảo, tăng độ sâu giải trình tự.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/scvelo từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/scvelo/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/scvelo ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và chuyển tới thư mục làm việc bạn muốn.
  2. Clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Tạo thư mục kỹ năng: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. Copy kỹ năng: cp -r scientific-agent-skills/skills/scvelo ~/.claude/skills/
  5. Cài thư viện Python: uv pip install scvelo scanpy anndata (lưu ý ràng buộc pandas<3 và numpy<2 nêu trong tài liệu).
  6. Khởi động lại Claude Code, rồi yêu cầu ví dụ: "dùng scvelo phân tích RNA velocity cho dữ liệu của tôi".
  7. Trước khi chạy, kiểm tra AnnData có layers['spliced'], layers['unspliced'] và obsm['X_umap'] bằng print(adata).
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT