Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

Phân tích RNA velocity với scVelo

Skill hướng dẫn Claude thực hiện toàn bộ quy trình RNA velocity bằng scVelo: suy luận hướng chuyển trạng thái tế bào, latent time và gene điều khiển từ dữ liệu scRNA-seq.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

  • Cung cấp quy trình scVelo hoàn chỉnh kèm mã Python: nạp dữ liệu (loom/AnnData), tiền xử lý, tính moments, ước lượng velocity (stochastic/deterministic/dynamical), latent time, gene điều khiển, đồ thị PAGA.
  • Cập nhật thay đổi API của scVelo 0.3 (filter_and_normalize() không còn log-transform và chọn HVG) nên bổ sung bước Scanpy tương ứng.
  • Bảng tra cứu các trường kết quả trong AnnData (layers['velocity'], obs['latent_time'], var['fit_gamma']...) và bảng khắc phục lỗi thường gặp.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu, học viên phân tích quỹ đạo phát triển tế bào từ dữ liệu scRNA-seq
  • Người đã tạo ma trận spliced/unspliced bằng velocyto, STARsolo hoặc kallisto|bustools
  • Chuyên viên tin sinh muốn thêm thông tin hướng vào pipeline Scanpy

Ví dụ sử dụng

  1. "Ghép file loom của velocyto với h5ad đã xử lý rồi vẽ stream plot ở chế độ stochastic" → gợi ý mã merge, tiền xử lý và velocity_embedding_stream.
  2. "Chạy mô hình dynamical cho bài báo và vẽ heatmap theo latent time" → hướng dẫn recover_dynamics → latent_time → heatmap 300 gene hàng đầu.
  3. "Mũi tên velocity trông ngẫu nhiên" → kiểm tra n_neighbors, xem có tráo layer spliced/unspliced hay không.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/scvelo/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/scvelo từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/scvelo/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/scvelo ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. Tạo thư mục skill: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. Sao chép skill này: cp -r scientific-agent-skills/skills/scvelo ~/.claude/skills/
  4. Cài thư viện trong môi trường Python 3.10+: uv pip install scvelo scanpy anndata (với scvelo 0.3.4 cần pandas<3; bộ ước lượng stochastic cần numpy<2).
  5. Khởi động lại Claude Code và yêu cầu ví dụ: "phân tích RNA velocity bằng scvelo".
  6. Trước khi chạy, đảm bảo AnnData có layers['spliced'], layers['unspliced'] và obsm['X_umap'].
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT