클로드스킬마트스킬 둘러보기바로 쓰는 문장영상으로 배우기터미널 사용법스킬이 뭐예요?
 
← 목록으로

scVelo RNA 속도 분석

단일세포 RNA-seq의 spliced/unspliced 정보로 세포 상태 전이 방향과 잠재 시간, 드라이버 유전자를 분석하도록 Claude를 안내하는 스킬입니다.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • scVelo 기반 RNA velocity 분석 전 과정을 코드로 안내합니다: 데이터 로딩(loom/AnnData 병합) → 전처리 → moments 계산 → 속도 추정(stochastic/deterministic/dynamical) → latent time → 드라이버 유전자 → PAGA 궤적 그래프.
  • scVelo 0.3에서 filter_and_normalize()가 로그 변환과 HVG 선택을 더 이상 하지 않는 변경점을 반영해 Scanpy 단계를 보완합니다.
  • 결과가 AnnData의 어디에 저장되는지(layers['velocity'], obs['latent_time'], var['fit_gamma'] 등)를 표로 정리하고, 흔한 오류에 대한 문제해결 표를 제공합니다.

이런 분께 추천

  • 단일세포 전사체(scRNA-seq) 데이터로 발달 궤적·세포 운명을 분석하는 연구자/대학원생
  • velocyto, STARsolo, kallisto|bustools로 spliced/unspliced 카운트를 이미 만든 분
  • Scanpy 파이프라인에 방향성 정보를 추가하고 싶은 생물정보학 분석가

활용 예시

  1. "velocyto loom과 처리된 h5ad를 합쳐서 stochastic 모드로 빠르게 스트림 플롯을 뽑아줘" → 병합·전처리·velocity_embedding_stream 코드 제안
  2. "논문용으로 dynamical 모델을 돌리고 latent time 히트맵까지 만들어줘" → recover_dynamics → latent_time → 상위 300개 유전자 히트맵 절차 안내
  3. "화살표가 무작위처럼 보인다" → n_neighbors 조정, 레이어 뒤바뀜 확인 등 트러블슈팅 제시

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/scvelo/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/scvelo 폴더를 내 ~/.claude/skills/scvelo/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/scvelo ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 스킬 저장소를 클론합니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. Claude 스킬 폴더를 만듭니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. 이 스킬만 복사합니다: cp -r scientific-agent-skills/skills/scvelo ~/.claude/skills/
  4. 파이썬 환경(3.10 이상)에 패키지를 설치합니다: uv pip install scvelo scanpy anndata (검증 버전 0.3.4 사용 시 pandas<3, stochastic 추정기에는 numpy<2 필요)
  5. Claude Code를 다시 시작하고 "scvelo로 RNA velocity 분석해줘"처럼 요청하면 스킬이 자동 로드됩니다.
  6. 분석 전 AnnData에 layers['spliced'], layers['unspliced']와 obsm['X_umap']이 있는지 확인하세요.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT