Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

scikit-bio – Phân tích dữ liệu sinh học

Giúp Claude thực hiện phân tích tin sinh học bằng scikit-bio: chuỗi, gióng hàng, cây phát sinh loài, chỉ số đa dạng, PCoA và PERMANOVA.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

Hướng dẫn Claude sử dụng đúng API mới nhất của thư viện Python scikit-bio (0.7+) cho các tác vụ tin sinh học:

  • Xử lý chuỗi DNA/RNA/protein: bổ sung đảo chiều, phiên mã, dịch mã, tìm motif bằng regex
  • Gióng hàng: pair_align, pair_align_nucl/prot (kiểu BLASTN/BLASTP), chuỗi CIGAR, TabularMSA
  • Cây phát sinh loài: NJ, UPGMA, GME/BME, tinh chỉnh NNI, khoảng cách Robinson-Foulds, I/O Newick
  • Đa dạng: alpha (Shannon, Chao1, Faith's PD) và beta (Bray-Curtis, UniFrac có/không trọng số)
  • Giảm chiều & thống kê: PCoA, CCA, RDA; PERMANOVA, ANOSIM, PERMDISP, Mantel; ANCOM/dirmult
  • Đọc/ghi hơn 19 định dạng: FASTA, FASTQ, GenBank, Newick, BIOM… dùng generator cho file lớn
  • Kết nối embedding từ mô hình ngôn ngữ protein với ma trận khoảng cách và ordination

Tài liệu ghi rõ các API đã đổi tên hoặc bị loại bỏ (otu_ids → taxa, tip_tip_distances → cophenet…), giúp tránh sinh code lỗi thời.

Dành cho ai

  • Nhà nghiên cứu, học viên làm về microbiome hoặc quy trình QIIME 2
  • Người cần phân tích phát sinh loài, sinh thái quần xã, thống kê dữ liệu omics
  • Kỹ sư ML muốn ghép embedding protein vào pipeline tin sinh truyền thống

Ví dụ sử dụng

  1. "Từ table.biom và tree.nwk hãy tính UniFrac không trọng số, vẽ PCoA rồi chạy PERMANOVA theo cột bodysite"
  2. "Viết script đọc input.fastq, lọc chất lượng, dịch mã và xuất ra output.fasta"
  3. "Gióng hàng cục bộ hai chuỗi FASTA theo cấu hình kiểu BLASTN và in điểm cùng chuỗi CIGAR"

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/scikit-bio từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/scikit-bio/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/sas && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/sas/skills/scikit-bio ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và kiểm tra Python: python3 --version (cần 3.10 trở lên).
  2. Cài thư viện: uv pip install scikit-bio (hoặc conda install -c conda-forge scikit-bio). Yêu cầu NumPy 2.0+.
  3. Tùy chọn: uv pip install matplotlib seaborn biom-format để vẽ hình và đọc bảng BIOM.
  4. Tải repo skill: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  5. Copy thư mục skill: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/scikit-bio ~/.claude/skills/
  6. Khởi động lại Claude Code và thử yêu cầu: "dùng scikit-bio tính beta diversity cho bảng của tôi".
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT