Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

Phân tích tế bào đơn với Scanpy

Quy trình Scanpy hoàn chỉnh cho dữ liệu scRNA-seq: QC, chuẩn hóa, giảm chiều, phân cụm, gene marker và gán loại tế bào.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 9/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

  • Thực hiện toàn bộ pipeline scRNA-seq chuẩn với Scanpy: kiểm soát chất lượng → chuẩn hóa/log → chọn gene biến thiên cao → PCA/UMAP/t-SNE → phân cụm Leiden → tìm gene marker → gán loại tế bào.
  • Ưu tiên dùng bộ script CLI có sẵn trong scripts/ (run_pipeline.py, qc_analysis.py, preprocess.py, cluster.py, find_markers.py, plot.py…), nhận và xuất .h5ad nên có thể nối chuỗi dễ dàng.
  • Hỗ trợ hiệu chỉnh batch (harmony/bbknn/combat), phát hiện doublet bằng Scrublet, tính điểm chữ ký gene, tổng hợp pseudobulk cho phân tích DE, và vẽ hình chất lượng xuất bản.
  • Có runbook chuyển đổi .rds/.RData (Seurat, SingleCellExperiment) sang .h5ad trong references/r_interop.md.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu, học viên cao học làm tin sinh học về dữ liệu tế bào đơn.
  • Người cần khám phá nhanh dữ liệu 10x Genomics hoặc file h5ad.
  • Người muốn chuyển dữ liệu Seurat từ R sang hệ sinh thái Python.

Ví dụ sử dụng

  1. Chạy một lệnh duy nhất: python scripts/run_pipeline.py raw.h5ad -o processed.h5ad --resolution 0.5 --scrublet để có object đã phân cụm kèm hình và CSV marker.
  2. Tích hợp nhiều mẫu: thêm --batch-key sample --batch-method harmony để loại nhiễu batch trước khi UMAP.
  3. Xem CSV marker theo cụm, viết file celltypes.json rồi chạy annotate.py --mapping celltypes.json, sau đó plot.py --kind dotplot --genes CD3D CD14 để tạo hình báo cáo.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/scanpy/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/scanpy từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/scanpy/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/sci-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/sci-skills/skills/scanpy ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal.
  2. Tải repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Tạo thư mục skill: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. Sao chép skill: cp -r scientific-agent-skills/skills/scanpy ~/.claude/skills/
  5. Cài phụ thuộc trong môi trường Python 3.12+: uv pip install "scanpy[leiden]" (hoặc pip install "scanpy[leiden]").
  6. Khởi động lại Claude Code và yêu cầu ví dụ: "dùng skill scanpy để QC file data.h5ad này".
  7. Nếu cần đọc file R (.rds), làm theo references/r_interop.md để cài R và các package chuyển đổi.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT