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Scanpy 단일세포 분석

scRNA-seq 데이터의 QC부터 클러스터링·마커 유전자·세포 타입 주석까지 한 번에 처리하는 Scanpy 워크플로 스킬.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 9/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • Scanpy 기반 단일세포 RNA-seq 분석 전 과정(품질관리 → 정규화 → HVG → PCA/UMAP/t-SNE → Leiden 클러스터링 → 마커 유전자 → 세포 타입 주석)을 표준 절차로 수행합니다.
  • scripts/ 폴더의 CLI 스크립트(run_pipeline.py, qc_analysis.py, cluster.py, find_markers.py 등)를 우선 사용하도록 유도해, 매번 코드를 새로 쓰지 않고도 재현 가능한 파이프라인을 돌릴 수 있습니다.
  • 배치 보정(harmony/bbknn/combat), 더블렛 검출(Scrublet), 유전자 시그니처 스코어링, pseudobulk 집계, 논문용 그림 생성까지 커버합니다.
  • Seurat·SingleCellExperiment의 .rds/.RData 파일을 .h5ad로 변환하는 R 연동 런북(references/r_interop.md)도 포함합니다.

이런 분께 추천

  • scRNA-seq 데이터를 다루는 생명정보학 연구자·대학원생
  • 10x Genomics 출력물이나 h5ad 파일을 빠르게 탐색·클러스터링해야 하는 분
  • R(Seurat) 기반 데이터를 Python 생태계로 옮기려는 분

활용 예시

  1. "raw.h5ad를 전처리하고 클러스터링해줘" → python scripts/run_pipeline.py raw.h5ad -o processed.h5ad --resolution 0.5 --scrublet 한 줄로 QC·정규화·UMAP·Leiden·마커까지 완료.
  2. 여러 샘플 통합: --batch-key sample --batch-method harmony로 배치 효과를 보정한 뒤 UMAP 재계산.
  3. 클러스터별 마커 CSV를 확인하고 celltypes.json 매핑을 작성해 annotate.py로 세포 타입 라벨 부여, 이어서 plot.py --kind dotplot으로 발표용 도트플롯 생성.

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/scanpy/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/scanpy 폴더를 내 ~/.claude/skills/scanpy/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/sci-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/sci-skills/skills/scanpy ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 엽니다.
  2. 저장소를 내려받습니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. 스킬 폴더를 만듭니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. 이 스킬만 복사합니다: cp -r scientific-agent-skills/skills/scanpy ~/.claude/skills/
  5. 파이썬 환경(3.12 이상)에서 의존성을 설치합니다: uv pip install "scanpy[leiden]" (없으면 pip install "scanpy[leiden]")
  6. Claude Code를 재시작하고 "scanpy 스킬로 이 h5ad 파일 QC 해줘"처럼 요청하면 스킬이 발동합니다.
  7. R 데이터(.rds) 변환이 필요하면 references/r_interop.md의 안내에 따라 R과 변환 패키지를 추가로 설치합니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT