Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

Bộ công cụ Cheminformatics RDKit

Skill hướng dẫn dùng RDKit để phân tích phân tử: đọc SMILES/SDF, tính descriptor, fingerprint, tìm substructure, phản ứng và sinh tọa độ 2D/3D.

Dữ liệu · Phân tíchTrung cấp★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

Hướng dẫn toàn diện cho các tác vụ cheminformatics bằng RDKit trong Python.

  • Đọc/ghi phân tử: SMILES, MOL, InChI, SDF, đọc đa luồng
  • Descriptor: MW, LogP, TPSA, số H-donor/acceptor, liên kết quay, đánh giá drug-likeness
  • Fingerprint & tương đồng: Morgan/ECFP, MACCS, Atom Pair, độ đo Tanimoto, phân cụm Butina
  • Tìm kiếm substructure: truy vấn SMARTS và thư viện mẫu nhóm chức
  • Phản ứng hóa học: áp dụng reaction SMARTS, reaction fingerprint
  • Tọa độ 2D/3D: ETKDG embedding, tối ưu trường lực, RMSD, constrained embedding
  • Trực quan hóa & chuẩn hóa: ảnh lưới, tô sáng substructure, Murcko scaffold, hash chuẩn

Kèm danh sách lỗi thường gặp: quên kiểm tra None, lỗi sanitization, thiếu hydro, an toàn đa luồng.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu, học viên cao học ngành hóa tính toán và phát triển thuốc
  • Data scientist cần lọc/sàng lọc thư viện hợp chất
  • Lập trình viên xây dựng dataset thuộc tính phân tử cho mô hình ML
  • Người cần kiểm soát chi tiết hơn so với wrapper datamol

Ví dụ sử dụng

  1. "Tính MW, LogP, TPSA cho danh sách SMILES này và đánh dấu chất vi phạm quy tắc Lipinski"
  2. "Lọc trong file SDF những phân tử có Tanimoto ≥ 0.7 so với chất tham chiếu rồi vẽ ảnh lưới"
  3. "Dùng reaction SMARTS tạo thư viện ảo phản ứng tạo liên kết amide, sau đó sinh tọa độ 3D bằng ETKDG"

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/rdkit từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/rdkit/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/rdkit ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal.
  2. Tải mã nguồn: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Tạo thư mục skill: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. Sao chép skill: cp -r scientific-agent-skills/skills/rdkit ~/.claude/skills/
  5. Cài RDKit: uv pip install rdkit (hoặc dùng conda: conda create -c conda-forge -n my-rdkit-env rdkit rồi conda activate my-rdkit-env)
  6. Khởi động lại Claude Code và thử: "Tính khối lượng phân tử và LogP của SMILES này".
  7. Lưu ý: không cài đồng thời rdkit từ conda và rdkit/rdkit-pypi từ PyPI trong cùng một môi trường.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT