Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

RDKit – Bộ công cụ tin-hóa học

Hướng dẫn dùng RDKit để phân tích phân tử: đọc SMILES/SDF, tính descriptor, fingerprint, tìm cấu trúc con và sinh tọa độ 2D/3D.

Dữ liệu · Phân tíchTrung cấp★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Skill này làm được gì

  • Hướng dẫn đọc/ghi phân tử (SMILES, MOL, InChI, SDF) và kiểm soát quá trình sanitization thủ công.
  • Tính descriptor (MW, LogP, TPSA, số liên kết xoay), tạo fingerprint Morgan/ECFP, MACCS, tính Tanimoto và phân cụm Butina.
  • Tìm cấu trúc con bằng SMARTS, áp dụng phản ứng bằng reaction SMARTS, sinh tọa độ 3D với ETKDG, tối ưu bằng force field, vẽ và highlight cấu trúc.
  • Kèm script mẫu: molecular_properties.py, similarity_search.py, substructure_filter.py.
  • Cảnh báo các lỗi thường gặp: quên kiểm tra None, thiếu hydro, chia sẻ MolSupplier giữa các thread.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu phát triển thuốc, hóa tính toán, tin-hóa học
  • Data scientist cần sàng lọc hoặc lọc thư viện hợp chất
  • Người cần kiểm soát chi tiết hơn so với wrapper datamol

Ví dụ sử dụng

  1. "Tính MW, LogP, TPSA cho toàn bộ phân tử trong file SDF này rồi xuất ra CSV"
  2. "Lọc các phân tử có Tanimoto ≥ 0.7 so với hợp chất tham chiếu và phân cụm bằng Butina"
  3. "Dùng SMARTS lọc phân tử chứa nhóm amide rồi vẽ ảnh lưới có highlight phần khớp"

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/rdkit/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/rdkit từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/rdkit/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/rdkit ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. Tạo thư mục skill: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. Sao chép skill rdkit: cp -r scientific-agent-skills/skills/rdkit ~/.claude/skills/
  4. Kiểm tra hai thư mục references/ và scripts/ đã được sao chép (chúng chứa tài liệu API và ví dụ thật).
  5. Cài RDKit: dùng uv pip install rdkit cho môi trường Python hiện có, hoặc conda create -c conda-forge -n my-rdkit-env rdkit && conda activate my-rdkit-env nếu cần môi trường tái lập.
  6. Không cài đồng thời bản conda và bản PyPI (rdkit, rdkit-pypi) trong cùng môi trường.
  7. Khởi động lại Claude Code và thử: "Tính descriptor phân tử cho SMILES này bằng RDKit".
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT