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RDKit 화학정보학 툴킷

SMILES/SDF 파싱부터 분자 기술자, 지문, 부분구조 검색, 반응, 3D 구조 생성까지 RDKit 작업을 Claude가 정밀하게 도와주는 스킬.

데이터·분석중급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

RDKit 파이썬 API를 활용한 화학정보학 작업 전반을 안내합니다.

  • 분자 입출력: SMILES, MOL, InChI, SDF 읽기/쓰기 및 멀티스레드 처리
  • 기술자 계산: MW, LogP, TPSA, HBD/HBA, 회전결합 수 등 약물성 지표
  • 지문과 유사도: Morgan/ECFP, MACCS, Atom Pair, Tanimoto 유사도, Butina 클러스터링
  • 부분구조 검색: SMARTS 쿼리와 작용기 패턴 라이브러리
  • 반응 처리: 반응 SMARTS 적용, 반응 지문
  • 2D/3D 좌표: ETKDG 임베딩, 力장 최적화, 제약 임베딩, RMSD
  • 시각화·표준화: 그리드 이미지, 부분구조 하이라이트, Murcko 스캐폴드, 정규 해시

샌티제이션 실패, 수소 원자 누락, 스레드 안전성 등 흔한 함정도 함께 정리해 줍니다.

이런 분께 추천

  • 신약 개발·계산화학 연구자 및 대학원생
  • 화합물 라이브러리를 필터링하거나 유사도 스크리닝하는 데이터 과학자
  • 분자 특성 데이터셋을 만들어 ML 모델 학습에 쓰려는 개발자
  • 단순 래퍼(datamol)로는 부족해 세밀한 제어가 필요한 사용자

활용 예시

  1. "이 SMILES 리스트에 대해 MW, LogP, TPSA를 계산하고 Lipinski 규칙 위반 여부를 표로 정리해 줘"
  2. "기준 분자와 Tanimoto 0.7 이상 유사한 화합물만 SDF에서 골라내고 그리드 이미지로 보여 줘"
  3. "반응 SMARTS로 아미드 결합 형성 반응을 적용해 가상 라이브러리를 만들고, 결과물의 3D 좌표를 ETKDG로 생성해 줘"

· · · 설치 가이드 · · ·

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/rdkit 폴더를 내 ~/.claude/skills/rdkit/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/rdkit ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 엽니다.
  2. 저장소를 내려받습니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. 스킬 폴더를 만듭니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. 스킬을 복사합니다: cp -r scientific-agent-skills/skills/rdkit ~/.claude/skills/
  5. RDKit을 설치합니다: uv pip install rdkit (또는 conda 사용자는 conda create -c conda-forge -n my-rdkit-env rdkit 후 conda activate my-rdkit-env)
  6. Claude Code를 다시 실행한 뒤 "이 SMILES의 분자량과 LogP 계산해 줘"처럼 요청하면 스킬이 활성화됩니다.
  7. 주의: conda의 rdkit과 PyPI의 rdkit/rdkit-pypi를 같은 환경에 함께 설치하지 마세요.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT