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RDKit 화학정보학 도우미

SMILES/SDF 파싱부터 분자 서술자, 지문 유사도, 부분구조 검색, 2D/3D 좌표 생성까지 RDKit 작업 전반을 안내하는 스킬.

데이터·분석중급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • RDKit을 이용한 분자 입출력(SMILES, MOL, InChI, SDF)과 사니타이제이션 제어 방법을 안내합니다.
  • MW·LogP·TPSA 등 서술자 계산, Morgan/ECFP·MACCS 지문과 Tanimoto 유사도, Butina 클러스터링 절차를 제시합니다.
  • SMARTS 부분구조 검색, 반응 SMARTS 적용, ETKDG 3D 임베딩과 force field 최적화, 시각화·하이라이팅까지 12개 기능 영역을 참조 문서로 연결합니다.
  • molecular_properties.py, similarity_search.py, substructure_filter.py 예제 스크립트를 바로 실행하거나 템플릿으로 쓸 수 있습니다.
  • None 체크 누락, 수소 원자 누락, 스레드 간 MolSupplier 공유 같은 흔한 실수를 미리 경고합니다.

이런 분께 추천

  • 신약 개발·계산화학·화학정보학 연구자 및 대학원생
  • 화합물 라이브러리를 필터링하거나 유사도 스크리닝하는 데이터 과학자
  • datamol 같은 래퍼보다 세밀한 제어(커스텀 사니타이제이션, 특수 알고리즘)가 필요한 사용자

활용 예시

  1. "이 SDF 파일의 모든 분자에 대해 MW, LogP, TPSA, 회전 가능 결합 수를 계산해 CSV로 정리해줘"
  2. "기준 화합물과 Tanimoto 유사도 0.7 이상인 분자만 골라내고 Butina로 클러스터링해줘"
  3. "아마이드 그룹을 포함하는 분자만 SMARTS로 필터링한 뒤 2D 구조 그리드 이미지에 하이라이트해줘"

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/rdkit/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/rdkit 폴더를 내 ~/.claude/skills/rdkit/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/rdkit ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 스킬 저장소를 복제합니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. 스킬 폴더를 만듭니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. rdkit 스킬만 복사합니다: cp -r scientific-agent-skills/skills/rdkit ~/.claude/skills/
  4. references/와 scripts/ 폴더가 함께 복사되었는지 확인합니다(이 파일들이 실제 예제와 API 문서를 담고 있습니다).
  5. RDKit을 설치합니다. 기존 파이썬 환경이면 uv pip install rdkit, 재현성이 중요하면 conda create -c conda-forge -n my-rdkit-env rdkit && conda activate my-rdkit-env
  6. conda 버전과 PyPI 버전(rdkit, rdkit-pypi)을 같은 환경에 함께 설치하지 마세요.
  7. Claude Code를 재시작하고 "이 SMILES의 분자 서술자를 RDKit으로 계산해줘"처럼 요청해 동작을 확인합니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT