Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

Quy trình khối phổ pyOpenMS

Skill dùng pyOpenMS để kiểm tra, định lượng và nhận danh dữ liệu LC-MS/MS trong proteomics và metabolomics.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 9/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

  • Đọc, tóm tắt và chuyển đổi các định dạng mzML/mzXML/MGF/featureXML/consensusXML/idXML.
  • Xử lý tín hiệu: làm trơn, centroiding, chuẩn hóa, ngưỡng S/N.
  • Phát hiện feature cho metabolomics (MassTraceDetection → ElutionPeakDetection → FeatureFindingMetabo) và peptide (FeatureFinderAlgorithmPicked); căn chỉnh RT, liên kết consensus và xuất bảng định lượng.
  • Chú giải adduct, tìm kiếm khối lượng chính xác với HMDB, xuất GNPS/SIRIUS, lọc FDR, tính khối lượng và phổ phân mảnh lý thuyết.
  • Ghi rõ các thay đổi API của pyOpenMS 3.5.0 để code cũ không bị lỗi.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu proteomics/metabolomics, kỹ thuật viên phòng phân tích khối phổ.
  • Người muốn tự động hóa pipeline OpenMS bằng Python.
  • Ai đang gặp lỗi khi chạy tutorial cũ trên bản pyOpenMS mới.

Ví dụ sử dụng

  1. python scripts/inspect_ms_data.py sample.mzML --spectra-csv spectra.csv để xem nhanh số phổ, khoảng RT/m/z.
  2. Định lượng nhiều mẫu: align_link_quantify.py s1.mzML s2.mzML s3.mzML --out-prefix study rồi consensus_to_matrix.py study.consensusXML --normalize median.
  3. Hóa học peptide: mass_calculator.py --peptide "PEPTIDEM(Oxidation)K" --charges 1 2 3 --isotopes 5.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/pyopenms/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/pyopenms từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/pyopenms/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/sas && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/sas/skills/pyopenms ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Kiểm tra Python 3.9+ và uv đã cài (python --version, uv --version).
  2. Clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Copy skill: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/pyopenms ~/.claude/skills/
  4. Cài thư viện: uv pip install pyopenms (nên dùng 3.5.0).
  5. Kiểm tra: python -c "import pyopenms as ms; print(ms.__version__)". Dòng thông báo bộ nhớ khi import là bình thường.
  6. Khởi động lại Claude Code và yêu cầu ví dụ "phân tích file mzML này" để skill được kích hoạt.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT