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pyOpenMS 질량분석 워크플로

프로테오믹스·메타볼로믹스 LC-MS/MS 데이터를 pyOpenMS 스크립트로 검사·정량·동정하는 스킬.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 9/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • mzML/mzXML/MGF/featureXML/consensusXML/idXML 파일을 읽고 요약하거나 포맷을 변환합니다.
  • 스무딩·센트로이딩·정규화 등 신호 처리 체인을 적용합니다.
  • 대사체(MassTraceDetection → ElutionPeakDetection → FeatureFindingMetabo)와 펩타이드(FeatureFinderAlgorithmPicked) 특징 검출, RT 정렬·컨센서스 연결·정량 매트릭스 생성을 수행합니다.
  • 애덕트 그룹핑, HMDB 정확질량 검색, GNPS/SIRIUS 내보내기, FDR 필터링, 이론 스펙트럼·질량 계산 등 화학 계산까지 지원합니다.
  • pyOpenMS 3.5.0에서 바뀐 API(제거된 FeatureFinder("centroided"), PeptideIdentificationList 필수 등)를 명시해 옛 코드의 오류를 방지합니다.

이런 분께 추천

  • 프로테오믹스·메타볼로믹스 데이터를 분석하는 연구자, 코어 랩 분석 담당자
  • OpenMS/pyOpenMS 파이프라인을 Python으로 자동화하려는 분
  • 오래된 튜토리얼 코드가 최신 버전에서 깨져 곤란한 분

활용 예시

  1. python scripts/inspect_ms_data.py sample.mzML --spectra-csv spectra.csv 로 raw 파일 스펙트럼 수·RT/m/z 범위를 빠르게 파악.
  2. 다중 샘플 정량: align_link_quantify.py s1.mzML s2.mzML s3.mzML --out-prefix study 후 consensus_to_matrix.py study.consensusXML --normalize median 으로 정규화된 정량 표 생성.
  3. 펩타이드 화학: mass_calculator.py --peptide "PEPTIDEM(Oxidation)K" --charges 1 2 3 로 전하별 m/z와 동위체 패턴 계산.

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/pyopenms/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/pyopenms 폴더를 내 ~/.claude/skills/pyopenms/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/sas && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/sas/skills/pyopenms ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. Python 3.9 이상과 uv가 설치되어 있는지 확인합니다 (python --version, uv --version).
  2. 저장소를 클론합니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. 스킬 폴더를 복사합니다: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/pyopenms ~/.claude/skills/
  4. 의존성을 설치합니다: uv pip install pyopenms (버전 3.5.0 권장).
  5. python -c "import pyopenms as ms; print(ms.__version__)" 로 확인합니다. import 시 나오는 메모리 상태 한 줄 메시지는 정상입니다.
  6. Claude Code를 재시작하고 "mzML 파일 분석해줘" 처럼 요청하면 스킬이 발동합니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT