Phân tích vật liệu với pymatgen

Kỹ năng này làm gì

Hướng dẫn sử dụng API pymatgen mới nhất (pymatgen 2026.5.4 / pymatgen-core 2026.7.16) một cách an toàn và có thể tái lập.

• Kiểm định cấu trúc và thành phần: đọc CIF/POSCAR và báo cáo đầy đủ độ chiếm chỗ (occupancy), tình trạng mất trật tự, trạng thái oxy hóa, khoảng cách nguyên tử nhỏ nhất cùng mọi cảnh báo của parser.
• Độ nhạy đối xứng: quét lưới symprec và angle_tolerance để cho thấy nhóm không gian phụ thuộc dung sai ra sao.
• Chuyển đổi định dạng: lập kế hoạch mất mát thông tin trước, chỉ ghi ra đường dẫn mới rồi kiểm tra khứ hồi.
• Sơ đồ pha (convex hull): tính hull offline với schema JSON nghiêm ngặt, chỉ nhận năng lượng tổng cùng một scheme hiệu chỉnh.
• I/O VASP/Q-Chem: phân tích band structure và DOS từ vasprun.xml, buộc kiểm tra hội tụ, k-path và quy ước mức Fermi.
• Truy vấn Materials Project: mặc định chỉ chạy dry-run; chỉ khi thêm --execute mới thực hiện một truy vấn có giới hạn trường và số kết quả.
• Manifest sản phẩm: lưu checksum, phiên bản và nguồn gốc để truy vết kết quả.

Phù hợp với ai

• Nhà nghiên cứu vật liệu/hóa học cần xác thực số liệu DFT trước khi đưa vào bài báo
• Học viên cao học xây dựng pipeline làm sạch và chuyển đổi dữ liệu cấu trúc tinh thể
• Nhóm nghiên cứu dùng dữ liệu Materials Project và cần tuân thủ trích dẫn, giấy phép CC BY
• Người phụ trách workflow tính toán coi trọng tính tái lập (ghim phiên bản, lưu provenance)

Ví dụ sử dụng

1. "File CIF này có đáng tin không?" — chạy composition_structure_validator.py structure.cif để thấy ngay occupancy một phần, cảnh báo gộp site và các cặp nguyên tử quá gần.
2. "Nhóm không gian khác với bài báo" — symmetry_sensitivity_report.py structure.cif --symprec 0.001,0.01,0.1 giải thích chênh lệch giữa thói quen Materials Project (0.1 Å) và mặc định pymatgen (0.01 Å).
3. "Cấu trúc Li-Fe-O của tôi có nằm trên hull?" — gom năng lượng tổng cùng scheme vào JSON rồi chạy phase_diagram_generator.py entries.json --analyze Li2O.

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/pymatgen từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/pymatgen/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.