pymatgen 재료 구조 분석

무엇을 해주나

최신 pymatgen API(2026.5.4 / pymatgen-core 2026.7.16 기준)를 사용해 재료 데이터를 다루는 작업을 안전하고 재현 가능하게 안내합니다.

• 구조/조성 검증: CIF·POSCAR 등을 읽을 때 점유율, 무질서(disorder), 산화수, 최소 원자간 거리, 파서 경고를 빠짐없이 보고합니다.
• 대칭성 민감도 분석: symprec, angle_tolerance를 격자로 훑어 공간군 배정이 허용오차에 얼마나 민감한지 리포트를 만듭니다.
• 포맷 변환: 변환 전에 "어떤 정보가 손실되는지" 계획서를 먼저 만들고, 항상 새 경로에 기록해 왕복 검증을 수행합니다.
• 상평형도(convex hull): 동일한 계산·보정 스킴의 총에너지만 받는 엄격한 JSON 스키마로 오프라인 hull을 계산합니다.
• VASP/Q-Chem I/O: vasprun.xml에서 밴드구조·DOS를 필요한 부분만 파싱하고, 수렴 여부와 페르미 준위 규약 확인을 강제합니다.
• Materials Project 조회: 기본은 드라이런(계획)이며, --execute를 붙일 때만 필드·필터·건수가 제한된 단일 쿼리를 실행합니다.
• 아티팩트 매니페스트: 체크섬·버전·출처를 남겨 결과의 출처 추적을 보장합니다.

이런 분께 추천

• DFT 계산 결과를 정리하고 논문/보고서용 수치를 검증해야 하는 재료·화학 연구자
• 결정 구조 데이터베이스를 대량으로 정제하거나 포맷 변환 파이프라인을 만드는 대학원생
• Materials Project 데이터를 인용·라이선스 조건까지 지켜서 사용해야 하는 연구실
• 재현성(버전 고정, 프로베넌스 기록)이 중요한 계산 워크플로우 담당자

활용 예시

1. "이 CIF 파일 신뢰할 수 있어?" — composition_structure_validator.py structure.cif로 부분 점유율·병합 경고·비정상적으로 가까운 원자쌍을 한 번에 확인합니다.
2. "공간군이 논문 값과 다르게 나온다" — symmetry_sensitivity_report.py structure.cif --symprec 0.001,0.01,0.1로 Materials Project 관행(0.1 Å)과 pymatgen 기본값(0.01 Å) 차이를 근거와 함께 설명합니다.
3. "Li-Fe-O 계에서 내 계산 구조가 hull 위에 있나?" — 동일 스킴의 총에너지를 JSON으로 정리해 phase_diagram_generator.py entries.json --analyze Li2O로 hull 위/아래 여부와 분해 반응을 얻습니다.

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/pymatgen 폴더를 내 ~/.claude/skills/pymatgen/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.