PyHealth — Pipeline học sâu y tế

Skill này làm được gì

PyHealth là bộ công cụ Python cho học sâu trong y tế. Skill này hướng dẫn Claude viết code đúng theo pipeline 5 bước của PyHealth (Dataset → Task → Model → Trainer → Metrics).

• Nạp dữ liệu: MIMIC-III/IV, eICU, OMOP-CDM, EHRShot, SleepEDF, SHHS, ChestX-ray14, TUEV/TUAB…
• Định nghĩa bài toán: tử vong, tái nhập viện, thời gian lưu trú, gợi ý thuốc, phân giai đoạn giấc ngủ, gán mã ICD, phát hiện sự kiện EEG
• Chọn mô hình: Transformer, RETAIN, GAMENet, SafeDrug, MICRON, StageNet, AdaCare, CNN/RNN/MLP
• Huấn luyện & đánh giá: dùng Trainer của PyHealth (tự lo checkpoint, log, chọn model tốt nhất) và các chỉ số lâm sàng như PR-AUC, ROC-AUC, Jaccard
• Tiện ích mã y tế: tra cứu và ánh xạ chéo ICD-9/10-CM, ATC, NDC, RxNorm, CCS

Điểm giá trị nhất là danh sách lỗi phổ biến: phải truyền SampleDataset chứ không phải BaseDataset cho model, luôn chia dữ liệu theo bệnh nhân để tránh rò rỉ, MIMIC-IV dùng ehr_root= thay vì root=, chọn monitor khớp với loại bài toán.

Phù hợp với ai

• Nghiên cứu viên, học viên cao học làm AI y tế với dữ liệu EHR như MIMIC/eICU
• Data scientist cần dựng nhanh mô hình dự đoán nguy cơ (tử vong, tái nhập viện) từ dữ liệu bệnh viện
• Chuyên viên tin học y tế thường xuyên ánh xạ mã ICD/ATC/NDC
• Người cần pipeline phân loại tín hiệu sinh học hoặc ảnh y tế (đa ký giấc ngủ, EEG, X-quang phổi)

Ví dụ sử dụng

1. "Tạo mô hình dự đoán tử vong trên dữ liệu MIMIC-III tổng hợp trong dưới 20 dòng" → sinh script dùng bucket dữ liệu tổng hợp công khai, MortalityPredictionMIMIC3 + Transformer + Trainer, đặt đúng monitor="pr_auc".
2. "Xây pipeline gợi ý thuốc trên MIMIC-IV và so sánh SafeDrug với GAMENet" → chọn chỉ số phù hợp cho bài toán multilabel (jaccard_samples, pr_auc_samples) và tránh lỗi tham số ehr_root=.
3. "Chuyển mã NDC trong bảng đơn thuốc sang ATC cấp 3" → sinh code ánh xạ chéo NDC→RxNorm→ATC bằng module medcode.

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/pyhealth từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/pyhealth/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.