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PyHealth 임상 ML 파이프라인 도우미

MIMIC·eICU 같은 의료 데이터로 사망률·재입원·약물 추천 등 임상 예측 모델을 PyHealth 표준 파이프라인으로 빠르게 만들어 줍니다.

데이터·분석고급33,0303,248AI 점수 9/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • PyHealth의 5단계 파이프라인(Dataset → Task → Model → Trainer → Metrics)을 그대로 따르는 최소한의 관용적 코드를 작성해 줍니다.
  • MIMIC-III/IV, eICU, OMOP-CDM, EHRShot, SleepEDF, ChestX-ray14 등 데이터셋 클래스 선택과 로딩 패턴을 안내합니다.
  • 사망률·재입원·재원기간·약물 추천·수면 단계·ICD 코딩·EEG 이벤트 등 태스크와 Transformer, RETAIN, GAMENet, SafeDrug, MICRON, StageNet, AdaCare 등 모델을 매칭해 줍니다.
  • ICD-9/10, ATC, NDC, RxNorm, CCS 의료 코드 조회 및 상호 매핑을 도와줍니다.
  • 환자 단위 분할(누수 방지), 태스크별 monitor 지표 선택, MIMIC-IV의 ehr_root= 인자, cache_dir 설정 등 흔한 실수를 미리 잡아 줍니다.

이런 분께 추천

  • 의료 AI 연구자, 임상 데이터 분석가, 헬스케어 ML 엔지니어
  • MIMIC 계정을 막 받아 첫 예측 모델을 돌려보려는 대학원생
  • EHR 형태 데이터가 있는데 전처리·학습 코드를 직접 짜기 부담스러운 개발자
  • 반대로, 일반 표 형식 데이터에 순수 PyTorch만 쓰려는 경우에는 필요하지 않습니다.

활용 예시

  1. "합성 MIMIC-III로 사망률 예측 파이프라인 만들어줘" → 공개 합성 버킷을 root로 지정한 20줄 이내 학습·평가 코드를 생성.
  2. "MIMIC-IV에서 SafeDrug로 약물 추천 모델 학습하고 싶어" → ehr_root= 사용, 멀티라벨 지표(jaccard_samples)로 monitor 설정까지 안내.
  3. "처방 NDC 코드를 ATC 3단계로 매핑해줘" → pyhealth.medcode 기반 크로스 매핑 코드 제시.

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/pyhealth/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/pyhealth 폴더를 내 ~/.claude/skills/pyhealth/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone --depth 1 https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/sas && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/sas/skills/pyhealth ~/.claude/skills/

제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 Claude Code 스킬 폴더가 있는지 확인합니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  2. 저장소를 내려받습니다: git clone --depth 1 https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/sas
  3. 이 스킬만 복사합니다: cp -r /tmp/sas/skills/pyhealth ~/.claude/skills/
  4. ls ~/.claude/skills/pyhealthSKILL.mdreferences/, assets/ 폴더가 있는지 확인합니다.
  5. Claude Code를 다시 시작하고 "MIMIC-III로 사망률 예측 파이프라인 만들어줘"처럼 요청하면 스킬이 자동 발동합니다.
  6. 실제 실행을 위해 Python 3.12 환경과 PyHealth를 준비합니다: uv init my-pyhealth-project && cd my-pyhealth-project && uv python pin 3.12 && uv add pyhealth
  7. 실제 MIMIC 데이터는 PhysioNet 인증이 필요하므로, 학습용으로는 스킬이 안내하는 합성 MIMIC-III 데이터를 먼저 사용하세요.