PyHealth 임상 ML 파이프라인 도우미
MIMIC·eICU 같은 의료 데이터로 사망률·재입원·약물 추천 등 임상 예측 모델을 PyHealth 표준 파이프라인으로 빠르게 만들어 줍니다.
데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 9/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.
무엇을 해주나
- PyHealth의 5단계 파이프라인(Dataset → Task → Model → Trainer → Metrics)을 그대로 따르는 최소한의 관용적 코드를 작성해 줍니다.
- MIMIC-III/IV, eICU, OMOP-CDM, EHRShot, SleepEDF, ChestX-ray14 등 데이터셋 클래스 선택과 로딩 패턴을 안내합니다.
- 사망률·재입원·재원기간·약물 추천·수면 단계·ICD 코딩·EEG 이벤트 등 태스크와 Transformer, RETAIN, GAMENet, SafeDrug, MICRON, StageNet, AdaCare 등 모델을 매칭해 줍니다.
- ICD-9/10, ATC, NDC, RxNorm, CCS 의료 코드 조회 및 상호 매핑을 도와줍니다.
- 환자 단위 분할(누수 방지), 태스크별
monitor지표 선택, MIMIC-IV의ehr_root=인자,cache_dir설정 등 흔한 실수를 미리 잡아 줍니다.
이런 분께 추천
- 의료 AI 연구자, 임상 데이터 분석가, 헬스케어 ML 엔지니어
- MIMIC 계정을 막 받아 첫 예측 모델을 돌려보려는 대학원생
- EHR 형태 데이터가 있는데 전처리·학습 코드를 직접 짜기 부담스러운 개발자
- 반대로, 일반 표 형식 데이터에 순수 PyTorch만 쓰려는 경우에는 필요하지 않습니다.
활용 예시
- "합성 MIMIC-III로 사망률 예측 파이프라인 만들어줘" → 공개 합성 버킷을 root로 지정한 20줄 이내 학습·평가 코드를 생성.
- "MIMIC-IV에서 SafeDrug로 약물 추천 모델 학습하고 싶어" →
ehr_root=사용, 멀티라벨 지표(jaccard_samples)로 monitor 설정까지 안내. - "처방 NDC 코드를 ATC 3단계로 매핑해줘" →
pyhealth.medcode기반 크로스 매핑 코드 제시.
· · · 설치 가이드 · · ·
설치 없이 지금 한 번 써보기
아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.
이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘: https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/pyhealth/SKILL.md 내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)
Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.
↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.
Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
- 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
- Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
- Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
Claude Code에 설치
Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요
클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘. GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/pyhealth 폴더를 내 ~/.claude/skills/pyhealth/ 에 그대로 복사해줘. 설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.
직접 명령으로 설치하기
git clone --depth 1 https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/sas && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/sas/skills/pyhealth ~/.claude/skills/⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.
- 터미널을 열고 Claude Code 스킬 폴더가 있는지 확인합니다:
mkdir -p ~/.claude/skills - 저장소를 내려받습니다:
git clone --depth 1 https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/sas - 이 스킬만 복사합니다:
cp -r /tmp/sas/skills/pyhealth ~/.claude/skills/ ls ~/.claude/skills/pyhealth로SKILL.md와references/,assets/폴더가 있는지 확인합니다.- Claude Code를 다시 시작하고 "MIMIC-III로 사망률 예측 파이프라인 만들어줘"처럼 요청하면 스킬이 자동 발동합니다.
- 실제 실행을 위해 Python 3.12 환경과 PyHealth를 준비합니다:
uv init my-pyhealth-project && cd my-pyhealth-project && uv python pin 3.12 && uv add pyhealth - 실제 MIMIC 데이터는 PhysioNet 인증이 필요하므로, 학습용으로는 스킬이 안내하는 합성 MIMIC-III 데이터를 먼저 사용하세요.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT