Xử lý DICOM với pydicom

Kỹ năng này làm gì

• Đọc DICOM an toàn: hướng dẫn dùng dcmread() với stop_before_pixels, specific_tags, defer_size để chỉ đọc đúng thẻ cần thiết, và cấm in toàn bộ Dataset hay xuất JSON đầy đủ vì có thể lộ PHI (thông tin sức khỏe được bảo vệ).
• Kiểm tra transfer syntax và codec: giải mã Transfer Syntax UID, ma trận plugin JPEG/JPEG-LS/JPEG 2000/RLE (pylibjpeg, pyjpegls, python-gdcm) kèm khuyến nghị khóa hash, mirror nội bộ để giảm rủi ro chuỗi cung ứng.
• Xử lý pixel data: giải mã theo từng frame với pydicom.pixels, quy tắc shape mảng, thứ tự áp dụng Modality LUT → VOI LUT, đảo MONOCHROME1, Palette Color.
• Nén/giải nén và encapsulation: lưu ý compress()/decompress() sinh SOP Instance UID mới, cách dùng encapsulate() và generate_frames().
• Quy trình ẩn danh 9 bước theo PS3.15 Annex E: giữ nguyên bản gốc, xử lý đệ quy mọi sequence, thay UID một-đối-một, quản lý khóa/bản đồ UID như bí mật tái định danh.
• 7 script CLI: tổng hợp metadata, kiểm kê kỹ thuật, preflight codec, lập kế hoạch frame/bộ nhớ, render một frame phi chẩn đoán, giả danh + audit, kiểm tra bản đồ UID.

Phù hợp với ai

• Nhà nghiên cứu, data engineer tiền xử lý bộ dữ liệu ảnh y tế bằng Python
• Lập trình viên xây pipeline PACS cần làm rõ phụ thuộc codec và transfer syntax
• Nhân sự bảo mật/IRB thiết kế quy trình giả danh và nhật ký audit trước khi chia sẻ dữ liệu
• Nhóm đang migrate code pydicom 2.x sang 3.0

Ví dụ sử dụng

1. Nắm tổng quan dữ liệu: "Hãy thống kê modality, kích thước ảnh và transfer syntax của thư mục authorized/" → chạy scripts/dicom_inventory.py authorized/ --recursive để nhận báo cáo tổng hợp không lộ giá trị cá nhân.
2. Chuẩn bị giải mã: khi mở chuỗi CT nén JPEG 2000 bị lỗi, dùng transfer_syntax_inspector.py để xem plugin đang cài rồi chỉ cài thêm gói được pin cần thiết.
3. Giả danh cho nghiên cứu: tạo khóa dự án, chạy anonymize_dicom.py --uid-key-file project.key --uid-scope export-v1, sau đó deidentification_audit.py để soát định danh còn lại rồi nhờ chuyên gia xác nhận.

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/pydicom từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/pydicom/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.