Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

polars-bio – Phân tích khoảng gen

Skill hướng dẫn Claude thực hiện các phép toán khoảng gen (overlap, nearest, merge…) và đọc/ghi BED/VCF/BAM cực nhanh trên Polars DataFrame.

Dữ liệu · Phân tíchTrung cấp★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 9/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Skill này làm được gì

  • Viết đúng cú pháp cho 8 phép toán khoảng gen của polars-bio: overlap, count_overlaps, nearest, merge, cluster, coverage, complement, subtract.
  • Hướng dẫn read_* / scan_* / write_* / sink_* cho BED, VCF, VCF-Zarr, BAM, CRAM, GFF/GTF, FASTA, FASTQ, SAM, Hi-C pairs kèm schema cột từng định dạng.
  • Đăng ký tệp sinh học thành bảng SQL (DataFusion) để truy vấn, và tính độ sâu đọc (pileup/depth) từ BAM/CRAM.
  • Cảnh báo trước những lỗi phổ biến: quên .collect() vì hàm trả về LazyFrame, khác biệt giữa DataFrame.pb và LazyFrame.pb, hệ tọa độ 1-based/0-based, thứ tự probe-build, bật song song target_partitions.
  • Hỗ trợ đọc trực tiếp URI s3://, gs://, az:// và xử lý streaming cho dữ liệu lớn hơn RAM.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu / kỹ sư tin sinh học muốn thay thế bioframe-pandas bằng pipeline Polars nhanh hơn.
  • Người phải xử lý VCF/BAM cỡ lớn không nạp hết vào bộ nhớ.
  • Nhóm lưu dữ liệu genomics trên cloud và muốn phân tích không cần tải về.
  • Ai dùng Claude Code sinh script phân tích gen và muốn giảm lỗi gọi API.

Ví dụ sử dụng

  1. "Đếm số peak trong peaks.bed chồng lên từng gene trong genes.gff" → sinh code pb.scan_gff + pb.count_overlaps.
  2. "Từ VCF trên S3, lấy biến thể có qual > 30 gồm chrom/start/ref/alt" → dùng pb.register_vcf + pb.sql hoặc scan_vcf().select() theo chế độ streaming.
  3. "Tính độ sâu đọc của aligned.bam với chất lượng mapping ≥ 20" → nhắc kiểm tra file .bai và dùng pb.depth(..., min_mapping_quality=20).

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/polars-bio/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/polars-bio từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/polars-bio/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/polars-bio ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và tạo thư mục skill nếu chưa có: mkdir -p ~/.claude/skills
  2. Tải repo về: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Copy riêng skill này: cp -r scientific-agent-skills/skills/polars-bio ~/.claude/skills/
  4. Kiểm tra thư mục references/ đã được copy: ls ~/.claude/skills/polars-bio
  5. Cài thư viện trong môi trường Python 3.11–3.14: uv pip install "polars-bio==0.31.0" (nếu cần pandas: "polars-bio[pandas]==0.31.0").
  6. Nếu làm việc với BAM/CRAM, cài samtools và tạo index khi thiếu: samtools index aligned.bam.
  7. Khởi động lại Claude Code, sau đó thử yêu cầu: "Dùng polars-bio tìm overlap giữa hai file BED" để skill tự kích hoạt.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT