Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

Phân tích cây phát sinh loài (Phylogenetics)

Pipeline hoàn chỉnh từ căn chỉnh MAFFT đến dựng cây ML bằng IQ-TREE 2/FastTree và trực quan hóa bằng ETE3.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

Skill đóng gói quy trình chuẩn để tái dựng lịch sử tiến hóa từ chuỗi sinh học (gene, protein, hệ gene) thành các hàm Python chạy được ngay.

  • MAFFT: căn chỉnh đa chuỗi với hướng dẫn chọn chế độ theo số lượng chuỗi (linsi, einsi, fftnsi, fftns, auto)
  • TrimAl: cắt bỏ các cột căn chỉnh kém chất lượng, có cơ chế dự phòng nếu lệnh lỗi
  • IQ-TREE 2: cây hợp lý cực đại với chọn model tự động -m TEST, ultrafast bootstrap 1000 lần, tùy chọn đồng hồ phân tử --date
  • FastTree: giải pháp nhanh cho bộ dữ liệu hàng nghìn chuỗi trở lên
  • ETE3: thống kê cây, tìm tổ tiên chung gần nhất (MRCA), root theo midpoint, prune, tô màu nhóm taxa và xuất ảnh
  • Bảng tra model DNA (GTR, HKY, TrN, JC) và protein (LG, WAG, JTT, Q.pfam) kèm khuyến nghị thực hành

Dành cho ai

  • Nhà nghiên cứu vi sinh dựng cây loài từ 16S rRNA hoặc core genome
  • Chuyên viên dịch tễ phân tử theo dõi lan truyền biến chủng virus và ước lượng thời điểm phân tách
  • Học viên cao học nghiên cứu họ protein, chuyển gene ngang, phục hồi chuỗi tổ tiên
  • Kỹ sư tin sinh muốn tránh viết lại pipeline thủ công mỗi lần

Ví dụ sử dụng

  1. Chạy toàn bộ pipeline: yêu cầu "dựng cây từ spike.fasta" — skill gọi full_phylogenetic_analysis() và sinh ra file alignment, treefile, cây đã root (.nwk) và ảnh PNG trong phylo_results/.
  2. Dữ liệu lớn: với 8.000 chuỗi, chuyển use_fasttree=True để dùng FastTree, nhanh hơn IQ-TREE hàng chục lần mà vẫn cho cây ML gần đúng.
  3. Hình cho bài báo: gán color_groups để chủng phân lập lâm sàng màu đỏ, chủng tham chiếu màu xanh, đồng thời hiển thị giá trị bootstrap trên cây dạng chữ nhật.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/phylogenetics từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/phylogenetics/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/phylogenetics ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. Sao chép thư mục skill vào Claude: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/phylogenetics ~/.claude/skills/
  3. Cài các công cụ dòng lệnh (nên dùng conda): conda install -c bioconda mafft iqtree fasttree trimal
  4. Cài thư viện Python: uv pip install ete3 matplotlib (hoặc pip install ...)
  5. Nếu cần xuất ảnh cây (PNG), cài thêm backend Qt: uv pip install PyQt5
  6. Kiểm tra: chạy mafft --version, iqtree2 --version và FastTree xem có phản hồi không.
  7. Khởi động lại Claude Code, sau đó chỉ cần nói "dựng cây phát sinh loài từ file FASTA này" là skill sẽ được kích hoạt.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT