Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

Phân tích phát sinh loài (Phylogenetics)

Tự động hóa pipeline chuẩn: căn chỉnh MAFFT → dựng cây IQ-TREE 2/FastTree → phân tích và trực quan hóa bằng ETE3.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Kỹ năng này làm gì

  • Căn chỉnh đa trình tự: hàm bọc MAFFT với các chế độ linsi/einsi/fftnsi/fftns/auto tùy số lượng trình tự
  • Cắt tỉa alignment: TrimAl (automated1/gappyout/strict), tự động dùng lại alignment gốc nếu lỗi
  • Dựng cây: IQ-TREE 2 với chọn mô hình tự động (-m TEST) và ultrafast bootstrap (-B 1000); dữ liệu lớn chuyển sang FastTree
  • Phân tích & vẽ cây: ETE3 để đọc Newick, thống kê số lá/tổng độ dài nhánh/khoảng cách, tìm MRCA, tỉa cây, root theo midpoint, xuất PNG
  • Tài liệu tham khảo: bảng so sánh mô hình DNA/protein (GTR+G4, HKY+G4, LG+G4, WAG, JTT, Q.pfam...) và các thực hành tốt

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu vi sinh dựng cây loài từ 16S rRNA hoặc bộ gen lõi
  • Nhóm dịch tễ phân tích lan truyền biến thể virus (ví dụ SARS-CoV-2) và đồng hồ phân tử
  • Người làm tin sinh học về tiến hóa họ protein, chuyển gen ngang (HGT), phục hồi trình tự tổ tiên

Ví dụ sử dụng

  1. "Căn chỉnh file FASTA này rồi dựng cây ML với 1000 bootstrap" → MAFFT auto → IQ-TREE mô hình TEST → ảnh PNG có giá trị bootstrap
  2. "Tôi có 8000 trình tự, IQ-TREE quá chậm" → bật use_fasttree=True để dùng FastTree chế độ GTR
  3. "Không biết outgroup, hãy root cây và tô màu nhóm taxa" → root midpoint rồi render với color_groups

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/phylogenetics/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/phylogenetics từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/phylogenetics/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/phylogenetics ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Tạo thư mục skills: mkdir -p ~/.claude/skills
  2. Clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Copy skill: cp -r scientific-agent-skills/skills/phylogenetics ~/.claude/skills/
  4. Cài công cụ dòng lệnh (khuyến nghị conda): conda install -c bioconda mafft iqtree fasttree trimal
  5. Cài thư viện Python: pip install ete3 PyQt5 (PyQt5 cần cho việc xuất ảnh cây)
  6. Kiểm tra: chạy mafft --version, iqtree2 --version, FastTree
  7. Khởi động lại Claude Code và yêu cầu ví dụ: "dựng cây phát sinh loài từ file FASTA này".
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT