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계통수 분석 (Phylogenetics)

MAFFT 정렬부터 IQ-TREE 2·FastTree 계통수 추정, ETE3 시각화까지 이어지는 분자계통 분석 파이프라인 스킬.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

서열(유전자·단백질·전장유전체)로부터 진화 계통수를 만드는 표준 워크플로를 Claude가 그대로 실행할 수 있게 정리한 스킬입니다.

  • MAFFT 다중서열정렬: auto/linsi/einsi/fftnsi/fftns 등 서열 수에 맞춘 방법 선택 가이드 제공
  • TrimAl 트리밍: 신뢰도 낮은 정렬 컬럼 제거(실패 시 원본으로 폴백 처리까지 포함)
  • IQ-TREE 2 최대우도 트리: -m TEST 자동 모델 선택 + 울트라패스트 부트스트랩 1000회, 분자시계(--date) 옵션 안내
  • FastTree: 서열 수천 개 이상 대규모 데이터용 고속 근사 ML
  • ETE3 분석·시각화: 트리 통계, MRCA 탐색, 미드포인트 루팅, 프루닝, 그룹별 색상 렌더링
  • 모델 선택 표: DNA(GTR/HKY/TrN/JC), 단백질(LG/WAG/JTT/Q.pfam) 모델별 용도 정리
  • 정렬 품질 우선, 부트스트랩 1000 이상, 재조합 사전 점검 등 실무 베스트 프랙티스 목록

이런 분께 추천

  • 미생물 유전체·16S rRNA 기반 종 계통을 정리하는 연구자
  • 바이러스 변이 확산(phylodynamics)과 분기 시점을 추정해야 하는 감염병 분석가
  • 단백질 패밀리 진화 관계, 수평 유전자 이동, 조상 서열 복원을 다루는 대학원생
  • 계통수 파이프라인을 매번 손으로 짜기 귀찮은 생물정보 엔지니어

활용 예시

  1. 한 번에 전체 파이프라인: "이 spike.fasta로 정렬→트리→시각화까지 돌려줘"라고 하면 full_phylogenetic_analysis()를 호출해 phylo_results/에 정렬 파일·treefile·루팅된 nwk·PNG를 만들어 줍니다.
  2. 대규모 데이터 전략 변경: 서열이 8,000개라면 IQ-TREE 대신 use_fasttree=True로 FastTree를 써서 수십 배 빠르게 근사 ML 트리를 얻습니다.
  3. 논문용 그림 다듬기: 임상 분리주는 빨강, 참조 균주는 파랑으로 color_groups를 지정하고 부트스트랩 값을 표시한 직사각형 트리 이미지를 뽑아냅니다.

· · · 설치 가이드 · · ·

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/phylogenetics 폴더를 내 ~/.claude/skills/phylogenetics/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/phylogenetics ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 저장소를 클론합니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. 스킬 폴더를 Claude 스킬 경로로 복사합니다: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/phylogenetics ~/.claude/skills/
  3. 외부 CLI 도구를 설치합니다(conda 권장): conda install -c bioconda mafft iqtree fasttree trimal
  4. 파이썬 라이브러리를 설치합니다: uv pip install ete3 matplotlib (또는 pip install ...)
  5. 트리 이미지(PNG) 출력이 필요하면 Qt 백엔드도 설치합니다: uv pip install PyQt5
  6. 설치 확인: mafft --version, iqtree2 --version, FastTree 실행이 되는지 확인합니다.
  7. Claude Code를 재시작한 뒤 "이 FASTA로 계통수 만들어줘"처럼 요청하면 스킬이 자동으로 사용됩니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT