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계통유전학 분석 (Phylogenetics)

MAFFT 정렬부터 IQ-TREE 2/FastTree 계통수 추론, ETE3 시각화까지 표준 계통유전학 파이프라인을 자동화하는 스킬.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • 다중 서열 정렬: MAFFT를 서열 수에 맞는 방법(linsi/einsi/fftnsi/fftns/auto)으로 실행하는 래퍼 제공
  • 정렬 트리밍: TrimAl(automated1/gappyout/strict)로 신뢰도 낮은 컬럼 제거, 실패 시 원본으로 자동 폴백
  • 계통수 추론: IQ-TREE 2로 모델 자동선택(-m TEST)과 초고속 부트스트랩(-B 1000), 대용량은 FastTree로 전환
  • 트리 분석·시각화: ETE3로 Newick 로드, 잎 수·총 분기길이·최대 거리 통계, MRCA 탐색, 프루닝, 미드포인트 루팅, PNG 렌더링
  • 참고 자료: DNA/단백질 모델 비교표(GTR+G4, HKY+G4, LG+G4, WAG, JTT, Q.pfam 등)와 실전 베스트 프랙티스

이런 분께 추천

  • 미생물 유전체·16S rRNA 기반 종 계통수를 만드는 연구자
  • 바이러스 변이 확산(예: SARS-CoV-2) 및 분자시계 분석을 하는 감염병 역학 연구자
  • 단백질 패밀리 진화, 수평유전자전달(HGT), 조상서열 복원을 다루는 진화생물학·생물정보학 종사자

활용 예시

  1. "이 유전자 FASTA 파일로 정렬하고 부트스트랩 1000회 ML 트리를 만들어줘" → MAFFT auto → IQ-TREE TEST 모델 → 부트스트랩 값 표시된 PNG 출력
  2. "서열 8000개라 IQ-TREE가 너무 느려" → use_fasttree=True로 FastTree GTR 모드 실행
  3. "아웃그룹을 모르겠는데 트리 루팅과 특정 분류군 색칠을 해줘" → 미드포인트 루팅 후 color_groups로 taxa 강조 렌더링

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/phylogenetics/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/phylogenetics 폴더를 내 ~/.claude/skills/phylogenetics/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/phylogenetics ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널에서 ~/.claude/skills 디렉터리를 준비합니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  2. 저장소를 클론합니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. 스킬 폴더를 복사합니다: cp -r scientific-agent-skills/skills/phylogenetics ~/.claude/skills/
  4. 외부 도구를 설치합니다(conda 권장): conda install -c bioconda mafft iqtree fasttree trimal
  5. 파이썬 라이브러리를 설치합니다: pip install ete3 PyQt5 (PyQt5는 트리 이미지 렌더링에 필요)
  6. mafft --version, iqtree2 --version, FastTree 명령으로 설치를 확인합니다.
  7. Claude Code를 재시작하고 "이 FASTA로 계통수 만들어줘"처럼 요청하면 스킬이 활성화됩니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT