Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

Trợ lý chạy pacsomatic

Kỹ năng kiểm tra đầu vào, tạo samplesheet/params và chạy hoặc submit pipeline nf-core/pacsomatic (phân tích tumor-normal từ BAM) lên máy cục bộ hoặc cụm HPC.

Tự động hóaNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

  • Kiểm tra các đầu vào bắt buộc: BAM tumor/normal, patient ID, sample ID, thư mục đầu ra và đúng một chế độ tham chiếu (--fasta hoặc --genome).
  • Tự sinh samplesheet đúng chuẩn pacsomatic (patient,sample,status,bam,pbi), file params YAML và script khởi chạy để tái lập lần sau.
  • Hỗ trợ --dry-run để chỉ kiểm tra, hoặc --run để chạy cục bộ / submit lên LSF, Slurm, PBS, SGE và trả về job ID.
  • Khi lỗi, chỉ ra điểm hỏng đầu tiên và nơi cần xem tiếp (.nextflow.log, pipeline_info, log task lỗi).

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu genomics dùng nf-core/pacsomatic cho phân tích biến thể tumor-normal.
  • Kỹ sư tin sinh học phải submit pipeline nhiều lần lên cụm HPC.
  • Người muốn quản lý lệnh chạy bằng artifact tái lập thay vì tự ghép lệnh nextflow run.

Ví dụ sử dụng

  1. "Chạy dry run cho cặp tumor-normal này và cho biết còn thiếu gì" → kiểm tra đường dẫn, ID, chế độ tham chiếu rồi chỉ sinh artifact.
  2. "Submit lên Slurm, queue compute, 16 CPU, 64GB, 48 giờ và trả job ID" → tạo script rồi submit và báo job ID.
  3. "Vì sao submit pacsomatic thất bại?" → báo điểm lỗi đầu tiên và bước kiểm tra tiếp theo dựa trên .nextflow.log.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/pacsomatic/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/pacsomatic từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/pacsomatic/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/pacsomatic ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và vào thư mục làm việc.
  2. Clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Tạo thư mục kỹ năng: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. Copy kỹ năng: cp -r scientific-agent-skills/skills/pacsomatic ~/.claude/skills/
  5. Chuẩn bị môi trường: Java, Nextflow, container runtime (Singularity/Docker) và Python 3.
  6. Khởi động lại Claude Code, thử yêu cầu "chuẩn bị dry run pacsomatic" để xác nhận kỹ năng được nhận.
  7. Tùy chọn: chạy python -m unittest discover -s tests/pacsomatic -v để kiểm tra script hoạt động.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT