Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

Trợ lý chạy pacsomatic

Bộ công cụ vận hành pipeline nf-core/pacsomatic (phân tích cặp u–mô lành từ BAM), từ kiểm tra đầu vào đến nộp job lên HPC.

Tự động hóaNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 7/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Kỹ năng này làm gì

Đây là bộ công cụ vận hành cho pipeline nf-core/pacsomatic, xoay quanh một entrypoint duy nhất là scripts/run_pacsomatic.py:

  • Kiểm tra ID bắt buộc (patient, sample u, sample mô lành) và sự tồn tại của BAM/PBI/FASTA
  • Sinh samplesheet đúng định dạng patient,sample,status,bam,pbi
  • Tạo file params YAML và script khởi chạy để tái lập lần chạy sau
  • Chạy cục bộ hoặc nộp job lên LSF/Slurm/PBS/SGE và trả về job ID
  • Khi lỗi: chỉ ra điểm hỏng đầu tiên và nơi cần xem tiếp (.nextflow.log, pipeline_info, log task)

Mặc định --dry-run khi người dùng chỉ muốn kiểm tra, giúp tránh nộp nhầm job lớn.

Phù hợp với ai

  • Người phân tích genomics thường xuyên chạy phân tích biến dị soma cặp u–mô lành
  • Quản trị viên/core facility vận hành Nextflow trên cụm HPC
  • Nhà nghiên cứu muốn lưu lại artifact chạy có thể tái lập thay vì gõ tay lệnh nextflow run

Ví dụ sử dụng

  1. Kiểm tra trước: "Chạy dry run với cặp BAM này và cho biết còn thiếu gì" → xác thực đường dẫn, chế độ tham chiếu (--fasta hoặc --genome), chỉ sinh samplesheet và script.
  2. Nộp lên Slurm: "Nộp lên queue compute, 16 CPU, 64GB RAM, 48 giờ" → tạo script, nộp job và trả job ID.
  3. Xử lý sự cố: "Vì sao pacsomatic nộp job thất bại?" → tóm tắt điểm lỗi đầu tiên và gợi ý log cần kiểm tra.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/pacsomatic từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/pacsomatic/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/pacsomatic ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và kiểm tra đã có Python 3, git, Nextflow (và Singularity/Docker) chưa.
  2. Tải mã nguồn: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Tạo thư mục skill: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. Sao chép riêng kỹ năng này: cp -r scientific-agent-skills/skills/pacsomatic ~/.claude/skills/
  5. Khởi động lại Claude Code và kiểm tra pacsomatic xuất hiện trong danh sách skill.
  6. Lần đầu hãy dùng --dry-run: ví dụ hỏi "chạy dry run pacsomatic cho cặp BAM này" để xem kết quả kiểm tra và đường dẫn artifact.
  7. Nếu cần, chỉnh config.yaml cho khớp profile, executor và tài nguyên mặc định của cụm máy bạn.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT