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pacsomatic 실행 도우미

BAM 기반 종양-정상 매칭 분석용 nf-core/pacsomatic 파이프라인의 입력 검증·샘플시트 생성·로컬/스케줄러 실행을 한 번에 처리하는 스킬입니다.

자동화·워크플로고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • 종양/정상 BAM 경로, 환자 ID, 샘플 ID, 출력 디렉터리, 레퍼런스 모드(--fasta 또는 --genome) 등 필수 입력을 먼저 검증합니다.
  • pacsomatic 규격의 샘플시트(patient,sample,status,bam,pbi)와 params YAML, 재실행 가능한 launch 스크립트를 자동 생성합니다.
  • --dry-run으로 사전 점검만 하거나 --run으로 로컬 실행 또는 LSF/Slurm/PBS/SGE 제출까지 수행하고, 감지된 잡 ID를 돌려줍니다.
  • 실패 시 최초 실패 지점과 다음 확인 대상(.nextflow.log, pipeline_info, 실패 태스크 로그)을 지목해 트리아지를 돕습니다.

이런 분께 추천

  • nf-core/pacsomatic로 매칭 종양-정상 변이 분석을 돌리는 유전체 분석 연구자
  • HPC 스케줄러(Slurm/LSF/PBS/SGE)에 파이프라인을 반복 제출해야 하는 코어 시설·바이오인포매틱스 엔지니어
  • 실행 명령을 손으로 조립하지 않고 재현 가능한 산출물(샘플시트·params·스크립트)로 관리하고 싶은 분

활용 예시

  1. "이 종양-정상 쌍으로 먼저 dry run 돌려서 빠진 게 뭔지 알려줘" → 경로·ID·레퍼런스 모드 검증 후 산출물만 생성.
  2. "Slurm에 큐 compute, 16 CPU, 64GB, 48시간으로 제출하고 잡 ID 알려줘" → launch 스크립트 생성 후 제출, 잡 ID 반환.
  3. "pacsomatic 제출이 왜 실패했지?" → 첫 실패 지점 보고와 .nextflow.log·pipeline_info 기반 다음 점검 단계 제시.

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/pacsomatic/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/pacsomatic 폴더를 내 ~/.claude/skills/pacsomatic/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/pacsomatic ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 작업할 디렉터리로 이동합니다.
  2. 저장소를 복제합니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. 스킬 폴더를 만듭니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. 이 스킬만 복사합니다: cp -r scientific-agent-skills/skills/pacsomatic ~/.claude/skills/
  5. 사전 준비물을 확인합니다: Java, Nextflow, 컨테이너 런타임(Singularity/Docker), Python 3.
  6. Claude Code를 재시작하고 "pacsomatic dry run 준비해줘"처럼 요청해 스킬이 인식되는지 확인합니다.
  7. 선택 사항: python -m unittest discover -s tests/pacsomatic -v로 동봉 테스트를 실행해 정상 동작을 점검합니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT