Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

Giải mã thuật ngữ Ontology (OLS4)

Chuyển nhãn khoa học dạng văn bản tự do thành ID ontology thật và kiểm tra tính hợp lệ của các CURIE có sẵn qua EBI OLS4.

Dữ liệu · Phân tíchTrung cấp★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

Kỹ năng này xử lý các định danh ontology sinh học (UBERON, CL, MONDO, HP, EFO, ChEBI, NCBITaxon, PATO...) bằng cách tra cứu trực tiếp EBI OLS4, không bao giờ viết ID theo trí nhớ.

  • Văn bản → ID: resolve_terms.py tìm theo thứ tự nhãn/từ đồng nghĩa chính xác → token → toàn văn, và báo rõ kiểu khớp (match_type).
  • ID → phán quyết: validate_terms.py kiểm tra ID có tồn tại, đã bị loại bỏ (obsolete) và được thay bằng gì, nhãn có khớp, có thuộc đúng ontology/nhánh yêu cầu.
  • Trả về mã thoát nên dùng được như cổng kiểm tra CI cho bảng metadata.
  • Kèm tài liệu references/ về các "bẫy" của API OLS4, bảng prefix ↔ ontology id và quy tắc curation.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu nộp dữ liệu lên GEO, ENA, BioSamples, CELLxGENE, HCA, ISA-Tab cần điền từ vựng chuẩn.
  • Người phụ trách curation phải rà soát bảng metadata do người khác tạo.
  • Kỹ sư tin sinh muốn tự động gán chú thích mô, loại tế bào, bệnh trong pipeline omics.

Ví dụ sử dụng

  1. Chuyển đổi hàng loạt: python3 resolve_terms.py --input tissues.txt --ontology uberon --exact-only -o resolved.tsv — mục nào không khớp chính xác sẽ được báo là chưa giải quyết thay vì đoán.
  2. Phát hiện thuật ngữ lỗi thời: kiểm tra EFO:0001067 sẽ cho kết quả obsolete kèm thuật ngữ thay thế MONDO:0005135.
  3. Cổng CI: thêm validate_terms.py --input metadata.tsv --strict vào GitHub Actions để chặn PR có nhãn sai hoặc ontology sai cột.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/ontology-term-resolution từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/ontology-term-resolution/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/sas && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/sas/skills/ontology-term-resolution ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Kiểm tra Python 3.11 trở lên: python3 --version (không cần thư viện ngoài).
  2. Đảm bảo máy truy cập được https://www.ebi.ac.uk/ols4 (miễn phí, không cần API key).
  3. Tải mã nguồn: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  4. Tạo thư mục skills: mkdir -p ~/.claude/skills
  5. Sao chép kỹ năng: cp -r scientific-agent-skills/skills/ontology-term-resolution ~/.claude/skills/
  6. Khởi động lại Claude Code, rồi yêu cầu ví dụ: "gán ID UBERON cho danh sách mô này".
  7. Kiểm tra thủ công: cd ~/.claude/skills/ontology-term-resolution/scripts && python3 resolve_terms.py "liver" --ontology uberon
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT