Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

Tra cứu & kiểm tra thuật ngữ ontology

Chuyển nhãn văn bản tự do (mô, loại tế bào, bệnh...) thành ID ontology chính xác qua EBI OLS4 và kiểm tra các CURIE có sẵn còn hợp lệ hay đã lỗi thời.

Dữ liệu · Phân tíchTrung cấp★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 9/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

  • Giải nghĩa nhãn tự do như "left ventricle" thành ID chuẩn trong UBERON, CL, MONDO, HP, EFO, ChEBI, NCBITaxon, PATO.
  • Kiểm tra CURIE có sẵn: tồn tại không, đã bị obsolete chưa, ID thay thế là gì, nhãn có khớp không, có đúng ontology/nhánh không.
  • Xuất TSV/JSON và trả mã thoát 1 khi có lỗi, nên dùng được như cổng CI cho file metadata.
  • Nguyên tắc cốt lõi: không bao giờ viết ID theo trí nhớ; mọi ID đều lấy từ truy vấn OLS4 trực tiếp.
  • Ghi rõ các cạm bẫy thật của API OLS4 (exact là khớp token, /search không trả trường obsolete, bộ lọc ontology vẫn trả kết quả import...).

Dành cho ai

  • Nhà nghiên cứu chuẩn bị metadata gửi GEO, ENA, BioSamples, CELLxGENE, HCA, ISA-Tab.
  • Người curate dữ liệu omics/single-cell cần chuẩn hóa cột tissue, cell type, disease.
  • Kỹ sư dữ liệu phải audit bảng ID do người khác tạo hoặc dọn thuật ngữ lỗi thời.

Ví dụ sử dụng

  1. python3 resolve_terms.py "liver" --ontology uberon cho ra UBERON:0002107 với match_type exact_label.
  2. Giải nghĩa cả cột tên mô bằng --input tissues.txt --exact-only, những dòng không khớp sẽ được báo cáo chứ không bị đoán bừa.
  3. validate_terms.py --input metadata.tsv --strict để chặn ID lỗi thời, nhãn sai lệch hay sai ontology ngay trong CI.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/ontology-term-resolution/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/ontology-term-resolution từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/ontology-term-resolution/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/ontology-term-resolution ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Kiểm tra Python 3.11 trở lên: python3 --version
  2. Clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Tạo thư mục skills: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. Copy skill: cp -r scientific-agent-skills/skills/ontology-term-resolution ~/.claude/skills/
  5. Đảm bảo máy truy cập được https://www.ebi.ac.uk/ols4 (không cần API key).
  6. Khởi động lại Claude Code và thử yêu cầu: "map các tên mô này sang UBERON ID" hoặc "kiểm tra các ontology ID trong bảng metadata này".
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT