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온톨로지 용어 해석·검증

자유 텍스트 조직·질병·세포유형 이름을 EBI OLS4로 조회해 정확한 온톨로지 ID로 바꾸고, 기존 CURIE가 유효한지·폐기되지 않았는지 검증한다.

데이터·분석중급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 9/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • "left ventricle", "간" 같은 자유 텍스트 라벨을 UBERON/CL/MONDO/HP/EFO/ChEBI/NCBITaxon/PATO 등의 정확한 온톨로지 ID로 해석합니다.
  • 이미 적혀 있는 UBERON:0002107 같은 CURIE가 실제 존재하는지, 폐기(obsolete)되었는지, 대체 ID가 있는지, 라벨이 일치하는지 검사합니다.
  • 결과를 TSV/JSON으로 출력하고, 실패 시 종료코드 1을 반환해 메타데이터 파일 CI 게이트로 쓸 수 있습니다.
  • 기억에 의존한 ID 작성을 금지하는 규칙이 핵심입니다. 모든 ID는 OLS4 실시간 조회에서 나옵니다.
  • OLS4 API의 실제 함정(exact가 토큰 매칭이라 liver가 161건, /search는 obsolete 필드를 안 준다, ontology 필터가 임포트 항목까지 반환한다 등)을 문서로 정리해 둡니다.

이런 분께 추천

  • GEO, ENA, BioSamples, CELLxGENE, HCA, ISA-Tab 제출 메타데이터를 준비하는 연구자
  • 단일세포·오믹스 데이터의 tissue/cell type/disease 컬럼을 표준화하는 큐레이터
  • 남이 만든 용어 ID 표를 감사하거나 오래된 파일의 폐기 용어를 정리해야 하는 데이터 엔지니어

활용 예시

  1. python3 resolve_terms.py "liver" --ontology uberon → UBERON:0002107(exact_label)로 확정.
  2. 조직명 한 열을 --input tissues.txt --exact-only로 일괄 해석하고, 해석 실패 항목은 추측 없이 목록으로 보고받기.
  3. validate_terms.py --input metadata.tsv --strict로 폐기 ID·라벨 불일치·잘못된 온톨로지를 CI에서 차단.

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/ontology-term-resolution/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/ontology-term-resolution 폴더를 내 ~/.claude/skills/ontology-term-resolution/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/ontology-term-resolution ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. Python 3.11 이상이 설치되어 있는지 확인합니다: python3 --version
  2. 저장소를 클론합니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. 스킬 폴더를 만듭니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. 이 스킬만 복사합니다: cp -r scientific-agent-skills/skills/ontology-term-resolution ~/.claude/skills/
  5. https://www.ebi.ac.uk/ols4 에 접속 가능한 네트워크인지 확인합니다(API 키는 필요 없습니다).
  6. Claude Code를 재시작하고 "이 조직명들을 UBERON ID로 매핑해줘" 또는 "이 메타데이터 표의 온톨로지 ID를 검증해줘"라고 요청합니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT