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온톨로지 용어 해석기 (OLS4)

자유 텍스트로 된 과학 용어를 실제 온톨로지 ID로 변환하고, 기존 CURIE가 유효한지 EBI OLS4로 검증해 줍니다.

데이터·분석중급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

생명과학 메타데이터에서 흔히 쓰이는 온톨로지 식별자(UBERON, CL, MONDO, HP, EFO, ChEBI, NCBITaxon, PATO 등)를 기억에 의존하지 않고 EBI OLS4에 실시간 조회해 처리합니다.

  • 텍스트 → ID: resolve_terms.py가 "liver", "left ventricle" 같은 문자열을 정확 라벨/동의어 → 토큰 → 전문검색 순으로 탐색하고, 어떤 전략으로 매칭됐는지(match_type)까지 보고합니다.
  • ID → 판정: validate_terms.py가 ID가 실제로 존재하는지, 폐기(obsolete)되어 후속 용어로 대체됐는지, 주장된 라벨과 일치하는지, 지정한 온톨로지·브랜치에 속하는지 검사합니다.
  • 종료 코드를 반환하므로 CI에서 메타데이터 파일 검증 게이트로 쓸 수 있습니다.
  • references/에 OLS4 API 함정, 접두사↔온톨로지 ID 매핑, 큐레이션 규칙 문서가 함께 제공됩니다.

이런 분께 추천

  • GEO, ENA, BioSamples, CELLxGENE, HCA, ISA-Tab 등에 데이터를 제출하며 통제 어휘를 채워야 하는 연구자
  • 남이 만든 메타데이터 표의 ID를 감사(audit)해야 하는 데이터 큐레이터
  • 단일세포/오믹스 파이프라인에서 조직·세포유형·질병 주석을 자동화하려는 바이오인포매틱스 엔지니어

활용 예시

  1. 조직명 일괄 변환: python3 resolve_terms.py --input tissues.txt --ontology uberon --exact-only -o resolved.tsv — 정확히 매칭되지 않은 항목은 추측 없이 미해결로 표시합니다.
  2. 폐기 용어 점검: EFO:0001067을 검증하면 obsolete 판정과 함께 대체 용어 MONDO:0005135를 알려줍니다.
  3. CI 게이트: validate_terms.py --input metadata.tsv --strict를 GitHub Actions에 넣어, 라벨 불일치나 잘못된 온톨로지가 포함된 PR을 막습니다.

· · · 설치 가이드 · · ·

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/ontology-term-resolution 폴더를 내 ~/.claude/skills/ontology-term-resolution/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/sas && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/sas/skills/ontology-term-resolution ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. Python 3.11 이상이 설치되어 있는지 확인합니다: python3 --version (외부 패키지는 필요 없습니다).
  2. https://www.ebi.ac.uk/ols4 로 네트워크 접속이 가능한지 확인합니다(API 키 불필요).
  3. 저장소를 내려받습니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  4. 스킬 폴더를 만듭니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  5. 이 스킬만 복사합니다: cp -r scientific-agent-skills/skills/ontology-term-resolution ~/.claude/skills/
  6. Claude Code를 다시 시작하고 "이 조직 이름들을 UBERON ID로 바꿔줘" 처럼 요청하면 스킬이 자동으로 호출됩니다.
  7. 직접 실행해 보려면 cd ~/.claude/skills/ontology-term-resolution/scripts && python3 resolve_terms.py "liver" --ontology uberon 로 동작을 확인합니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT