Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

Trợ lý pipeline Nextflow

Kỹ năng giúp viết, chạy, gỡ lỗi pipeline Nextflow/nf-core và mở rộng lên HPC hoặc cloud.

Tự động hóaNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

  • Chạy pipeline: tạo câu lệnh đúng từ smoke test -profile test,docker đến chạy thật với -r ghim phiên bản, samplesheet CSV và -resume.
  • Phát triển pipeline: hướng dẫn cú pháp DSL2 (process, channel, operator, take/emit), viết module/subworkflow, template nf-core, meta.yml, meta map và ext.args.
  • Cấu hình & mở rộng: nextflow.config, profiles, selector withName/withLabel, container Docker/Singularity/Conda/Wave, executor SLURM, AWS Batch, Google Batch, Kubernetes.
  • Kiểm thử & lint: nf-test với snapshot, nf-core pipelines lint, nextflow lint để sẵn sàng cho cú pháp strict từ bản 26.04.
  • Có các tệp tham chiếu theo chủ đề (language, configuration, containers, running-pipelines, nf-core-tools, developing, testing) để đọc sâu khi cần.

Dành cho ai

  • Nhà nghiên cứu tin sinh học cần chạy RNA-seq, phân tích biến thể một cách tái lặp được.
  • Data engineer muốn chuyển pipeline từ máy cá nhân lên HPC hoặc cloud.
  • Lập trình viên muốn đóng góp module/pipeline theo chuẩn nf-core.

Ví dụ sử dụng

  1. "Tạo câu lệnh chạy nf-core/rnaseq bản 3.14.0 với samplesheet của tôi và genome GRCh38" → nhận lệnh đầy đủ profile, tham số và cách dùng -resume.
  2. "Task process_high bị OOM trên cluster SLURM" → được hướng dẫn errorStrategy 'retry', cấp tài nguyên động theo task.attempt và viết config riêng.
  3. "Viết module samtools sort theo chuẩn nf-core kèm test" → sinh khung main.nf, meta.yml, khối stub: và test snapshot nf-test.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/nextflow từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/nextflow/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/nextflow ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal.
  2. Tải repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Tạo thư mục skill: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. Sao chép kỹ năng: cp -r scientific-agent-skills/skills/nextflow ~/.claude/skills/
  5. Kiểm tra thư mục references/ đã được copy: ls ~/.claude/skills/nextflow
  6. Chuẩn bị môi trường: kiểm tra java -version (cần Java 17+), rồi curl -s https://get.nextflow.io | bash và sudo mv nextflow /usr/local/bin/
  7. (Tuỳ chọn) cài nf-core CLI: conda install -c bioconda nf-core hoặc uv pip install nf-core
  8. Khởi động lại Claude Code và thử yêu cầu "giúp tôi chạy pipeline nf-core" để kích hoạt kỹ năng.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT