Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

Trợ lý pipeline Nextflow

Skill hướng dẫn toàn trình chạy, phát triển, cấu hình và debug pipeline Nextflow / nf-core.

Tự động hóaNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 9/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

  • Viết và sửa file .nf, nextflow.config theo cú pháp DSL2 (process, channel, operator, workflow, module).
  • Dựng câu lệnh chạy pipeline nf-core (rnaseq, sarek…) đúng chuẩn: samplesheet CSV, -profile, ghim phiên bản -r, -resume.
  • Cấu hình executor (local, SLURM, AWS/Google/Azure Batch, Kubernetes) và container engine (Docker, Singularity/Apptainer, Conda, Wave), nhãn tài nguyên, chiến lược retry.
  • Debug task lỗi, phân tích cache miss của -resume, viết test nf-test cho module/subworkflow và pass nf-core lint.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu, chuyên viên tin sinh học cần pipeline tái lập được.
  • Data/platform engineer tự viết và bảo trì pipeline, module theo chuẩn nf-core.
  • Nhóm muốn mở rộng workflow từ máy cá nhân lên HPC hoặc cloud.

Ví dụ sử dụng

  1. "Tạo câu lệnh chạy nf-core/rnaseq ghim bản 3.14.0 với Docker và mẫu samplesheet CSV"
  2. "Thêm ext.args, khối stub: và test snapshot nf-test cho module này"
  3. "Viết profile nextflow.config cho SLURM có retry tăng RAM theo task.attempt"

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/nextflow/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/nextflow từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/nextflow/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/nextflow ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và vào thư mục làm việc.
  2. Clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Tạo thư mục skill: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. Copy skill: cp -r scientific-agent-skills/skills/nextflow ~/.claude/skills/
  5. Chuẩn bị môi trường: kiểm tra java -version (cần Java 17+), cài Nextflow bằng curl -s https://get.nextflow.io | bash rồi đưa vào PATH (hoặc dùng conda: conda create -n nf -c bioconda -c conda-forge nextflow nf-core).
  6. Khởi động lại Claude Code và thử yêu cầu như "giúp tôi chạy pipeline nf-core" để skill tự kích hoạt.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT