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Nextflow 파이프라인 도우미

Nextflow와 nf-core 워크플로우를 실행·개발·설정·디버깅하는 전 과정을 안내하는 스킬.

자동화·워크플로고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 9/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • Nextflow DSL2 문법(process, channel, operator, workflow, module)에 맞춰 .nf 스크립트와 nextflow.config를 작성·수정합니다.
  • nf-core 커뮤니티 파이프라인(rnaseq, sarek 등)을 샘플시트·프로필·리비전 핀 고정과 함께 올바르게 실행하도록 명령을 구성합니다.
  • 실행기(로컬/SLURM/AWS Batch/Google Batch/Azure/Kubernetes)와 컨테이너 엔진(Docker, Singularity/Apptainer, Conda, Wave) 설정, 리소스 라벨, 재시도 전략을 잡아줍니다.
  • -resume 캐시 미스, 실패한 태스크 디버깅, nf-test 기반 모듈/서브워크플로우 테스트, nf-core lint 규격 준수를 지원합니다.

이런 분께 추천

  • 생물정보학·유전체 분석 파이프라인을 재현 가능하게 운영해야 하는 연구자·분석가
  • 사내 nf-core 스타일 파이프라인이나 모듈을 직접 작성·유지보수하는 데이터/플랫폼 엔지니어
  • 로컬에서 만든 워크플로우를 HPC 클러스터나 클라우드로 확장하려는 팀

활용 예시

  1. "nf-core/rnaseq를 3.14.0 버전으로 고정해서 Docker로 돌리는 명령과 샘플시트 CSV 형식을 만들어줘"
  2. "이 모듈에 ext.args와 stub: 블록을 추가하고 nf-test 스냅샷 테스트를 붙여줘"
  3. "SLURM 큐와 메모리 재시도 스케일링(task.attempt)을 반영한 nextflow.config 프로필을 작성해줘"

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/nextflow/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/nextflow 폴더를 내 ~/.claude/skills/nextflow/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/nextflow ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 작업할 디렉터리로 이동합니다.
  2. 저장소를 복제합니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. 스킬 폴더를 만듭니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. 이 스킬만 복사합니다: cp -r scientific-agent-skills/skills/nextflow ~/.claude/skills/
  5. 사전 준비: java -version으로 Java 17 이상인지 확인하고, curl -s https://get.nextflow.io | bash 로 Nextflow를 설치해 PATH에 둡니다(또는 conda create -n nf -c bioconda -c conda-forge nextflow nf-core).
  6. Claude Code를 재시작한 뒤 "nf-core 파이프라인 실행 명령을 만들어줘"처럼 요청하면 스킬이 활성화됩니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT