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Nextflow 파이프라인 도우미

Nextflow/nf-core 데이터 파이프라인을 작성·실행·디버깅하고 HPC·클라우드까지 확장하도록 돕는 스킬입니다.

자동화·워크플로고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • 파이프라인 실행: nextflow run nf-core/rnaseq -profile test,docker 같은 스모크 테스트부터 리비전 고정(-r), 샘플시트 입력, -resume 재개까지 올바른 명령을 만들어 줍니다.
  • 파이프라인 개발: DSL2 문법(process/channel/operator, take/emit), 모듈·서브워크플로 작성, nf-core 템플릿과 meta.yml, meta map, ext.args 관례를 안내합니다.
  • 설정과 확장: nextflow.config, profiles, withName/withLabel 선택자, Docker/Singularity/Conda/Wave 컨테이너, SLURM·AWS Batch·Google Batch·Kubernetes 실행기를 구성합니다.
  • 테스트와 린트: nf-test 스냅샷 테스트, nf-core pipelines lint, nextflow lint(26.04 strict 문법 대비)까지 챙겨줍니다.
  • 주제별 상세 문서(language / configuration / containers / running-pipelines / nf-core-tools / developing / testing)를 필요할 때만 읽는 구조로 되어 있습니다.

이런 분께 추천

  • RNA-seq, 변이 분석 등 생물정보학 워크플로를 재현 가능하게 돌려야 하는 연구자·분석가
  • 사내 데이터 파이프라인을 로컬에서 HPC/클라우드로 옮기려는 데이터 엔지니어
  • nf-core 규칙에 맞는 모듈·파이프라인을 기여하려는 개발자

활용 예시

  1. "샘플시트 CSV로 nf-core/rnaseq를 GRCh38에 3.14.0 버전으로 돌리는 명령 만들어줘" → profile 조합과 파라미터, -resume 사용법까지 정리된 명령을 받습니다.
  2. "SLURM 클러스터에서 process_high 작업이 OOM으로 죽어요" → errorStrategy 'retry' + task.attempt 기반 동적 리소스 설정과 커스텀 config 작성법을 안내받습니다.
  3. "samtools sort 모듈을 nf-core 스타일로 새로 만들고 테스트까지 붙여줘" → main.nf, meta.yml, stub: 블록, nf-test 스냅샷 테스트 골격을 생성합니다.

· · · 설치 가이드 · · ·

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/nextflow 폴더를 내 ~/.claude/skills/nextflow/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/nextflow ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 엽니다.
  2. 저장소를 내려받습니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. 스킬 폴더를 만듭니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. 이 스킬만 복사합니다: cp -r scientific-agent-skills/skills/nextflow ~/.claude/skills/
  5. references/ 폴더가 함께 복사되었는지 확인합니다: ls ~/.claude/skills/nextflow
  6. 실행 환경을 준비합니다: java -version으로 Java 17 이상을 확인하고, curl -s https://get.nextflow.io | bash 후 sudo mv nextflow /usr/local/bin/
  7. (선택) nf-core CLI 설치: conda install -c bioconda nf-core 또는 uv pip install nf-core
  8. Claude Code를 재시작하고 "nf-core 파이프라인 실행 도와줘"처럼 요청하면 스킬이 활성화됩니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT