Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

Phân tích Neuropixels (SpikeInterface)

Phân tích dữ liệu ghi ngoại bào Neuropixels từ đầu đến cuối bằng SpikeInterface: nạp dữ liệu, tiền xử lý, sorting, chỉ số chất lượng và curation.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

Hướng dẫn Claude phân tích trọn vẹn dữ liệu điện cực mật độ cao Neuropixels 1.0/2.0 dựa trên SpikeInterface.

  • Nạp dữ liệu: SpikeGLX (.ap.bin/.meta), Open Ephys, NWB; kiểm tra stream trước khi đọc
  • Tiền xử lý: lọc highpass, phát hiện/loại kênh xấu, phase_shift (bù ADC cho NP 1.0), common median reference
  • Kiểm tra & bù drift: dò peak, định vị peak, vẽ drift raster, correct_motion với preset (dredge, nonrigid_fast_and_accurate...)
  • Spike sorting: Kilosort4 (GPU), SpykingCircus2/Tridesclous2/Mountainsort5 (CPU), sorter chạy qua Docker
  • Hậu xử lý & chỉ số: SortingAnalyzer, waveform/template/correlogram, SNR, ISI violation, presence ratio, amplitude cutoff
  • Curation: ngưỡng kiểu Allen/IBL, mô hình UnitRefine trên Hugging Face (noise vs neural, SUA vs MUA), và AI xem hình cho các unit khó
  • Xuất kết quả: Phy, báo cáo PNG, NWB, bảng CSV

Kèm theo là các script chạy được trong scripts/, template sửa trực tiếp trong assets/ và nhiều tài liệu tham chiếu theo chủ đề.

Dành cho ai

  • Nhà nghiên cứu, học viên cao học làm điện sinh lý in vivo với probe Neuropixels
  • Phòng lab muốn chuẩn hoá pipeline spike sorting để tái lập kết quả
  • Người muốn giảm gánh nặng curation thủ công trong Phy bằng phương pháp tự động/mô hình
  • Người mới học API SpikeInterface và muốn theo thực hành của Allen Institute / IBL

Ví dụ sử dụng

  1. Kiểm tra bản ghi mới: "Cho tôi biết stream, số kênh, thời lượng và kênh xấu của thư mục SpikeGLX này" → chạy explore_recording.py, rồi cắt 60 giây đầu để thử nhanh.
  2. Chạy toàn bộ pipeline: python scripts/neuropixels_pipeline.py /data output/ --sorter kilosort4 --curation allen và nhờ Claude giải thích bảng chỉ số chất lượng.
  3. Quyết định các unit ranh giới: tạo hình waveform/correlogram cho unit có chỉ số mơ hồ, để Claude nhận xét mức độ isolation, sau đó xuất sang Phy cho người kiểm tra lần cuối.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/neuropixels-analysis từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/neuropixels-analysis/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/neuropixels-analysis ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Kiểm tra Python ≥ 3.10 (python --version). Nếu dùng Kilosort4 thì cần GPU CUDA và driver phù hợp.
  2. Tải repo kỹ năng: 
    git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Copy thư mục kỹ năng vào Claude Code: 
    mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r scientific-agent-skills/skills/neuropixels-analysis ~/.claude/skills/
  4. Tạo môi trường Python và cài gói cốt lõi: 
    uv pip install "spikeinterface[full]" probeinterface neo
  5. Cài sorter cần dùng: uv pip install kilosort (GPU) hoặc uv pip install mountainsort5 (CPU).
  6. Muốn dùng curation theo mô hình: uv pip install huggingface_hub skops; muốn dùng AI xem hình: uv pip install anthropic.
  7. (Tuỳ chọn) Đặt biến môi trường export ANTHROPIC_API_KEY=... trong shell — không bao giờ ghi khoá trực tiếp vào script.
  8. Khởi động lại Claude Code và yêu cầu ví dụ "phân tích bản ghi Neuropixels này" để kỹ năng tự kích hoạt.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT