Phân tích dữ liệu Neuropixels

Bộ kỹ năng xử lý trọn vẹn bản ghi Neuropixels bằng SpikeInterface: nạp dữ liệu, tiền xử lý, hiệu chỉnh trôi, phân loại xung, tính chỉ số chất lượng và curation đơn vị.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

Nạp dữ liệu: đọc SpikeGLX (.ap.bin/.meta), Open Ephys, NWB và chọn đúng stream.
Chuỗi tiền xử lý: highpass → phát hiện/loại kênh xấu → phase_shift (bù ADC cho NP 1.0) → common reference median → lưu dạng binary.
Kiểm tra & hiệu chỉnh trôi: dò peak, định vị peak, vẽ drift raster map, rồi correct_motion với các preset như nonrigid_fast_and_accurate hoặc dredge.
Phân loại xung: Kilosort4 (cần GPU CUDA) hoặc các sorter CPU (SpykingCircus2, Tridesclous2, Mountainsort5), kể cả chạy qua Docker.
Chỉ số chất lượng & curation: SNR, ISI violations, presence ratio, amplitude cutoff; ngưỡng kiểu Allen/IBL, mô hình UnitRefine trên Hugging Face, và đánh giá thị giác nhờ AI cho các unit khó.
Xuất kết quả: Phy, báo cáo hình ảnh, NWB, bảng CSV.

Phù hợp với ai

Nhà nghiên cứu thần kinh hệ thống dùng đầu dò Neuropixels 1.0/2.0
Phòng lab muốn chuẩn hoá pipeline SpikeInterface có thể tái lập
Nghiên cứu sinh muốn giảm thời gian curation thủ công trong Phy

Ví dụ sử dụng

"Cắt 60 giây đầu của session SpikeGLX này, vẽ drift raster và cho biết có cần hiệu chỉnh trôi không."
"Chạy scripts/neuropixels_pipeline.py với sorter kilosort4 và preset curation allen, xuất quality_metrics.csv."
"Áp dụng bộ phân loại UnitRefine noise/neural, rồi vẽ waveform + correlogram cho các unit có xác suất 0.5–0.7 để tôi xem lại."

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/neuropixels-analysis/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)

Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.

↓ Tải ZIP

Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/neuropixels-analysis từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/neuropixels-analysis/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/neuropixels-analysis ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

Kiểm tra đã có Python ≥ 3.10 và git (python --version).
Clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
Sao chép kỹ năng: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/neuropixels-analysis ~/.claude/skills/
Cài thư viện lõi: uv pip install "spikeinterface[full]" probeinterface neo
Cài sorter nếu cần: có GPU CUDA thì uv pip install kilosort; chỉ có CPU thì uv pip install mountainsort5.
Muốn curation bằng mô hình: uv pip install huggingface_hub skops; muốn curation thị giác bằng AI: uv pip install anthropic và đặt export ANTHROPIC_API_KEY=... trong shell (không ghi khoá vào code).
Khởi động lại Claude Code và yêu cầu ví dụ "phân tích bản ghi Neuropixels này" để kích hoạt kỹ năng.

Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT