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Neuropixels 신경기록 분석

SpikeInterface 기반으로 Neuropixels 원시 기록을 불러와 전처리·드리프트 보정·스파이크 소팅·품질지표·유닛 큐레이션까지 한 번에 처리하는 스킬입니다.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • 데이터 로딩: SpikeGLX(.ap.bin/.meta), Open Ephys, NWB 포맷을 스트림 단위로 읽어옵니다.
  • 전처리 체인: 하이패스 필터 → 불량 채널 검출/제거 → phase_shift(NP 1.0 ADC 보정) → 공통 기준(median) 적용, 그리고 바이너리 저장.
  • 드리프트 점검·보정: 피크 검출/위치추정으로 드리프트 래스터를 그리고 nonrigid_fast_and_accurate, dredge 등 프리셋으로 모션 보정.
  • 스파이크 소팅: Kilosort4(GPU) 및 SpykingCircus2·Tridesclous2·Mountainsort5(CPU), 컨테이너 실행까지.
  • 품질지표와 큐레이션: SNR, ISI 위반, presence ratio, amplitude cutoff 계산 후 Allen/IBL 스타일 임계값, UnitRefine 머신러닝 분류기, 애매한 유닛에 대한 AI 시각 검토.
  • 결과 내보내기: Phy, HTML/PNG 리포트, NWB, CSV 지표 표.

이런 분께 추천

  • Neuropixels 1.0/2.0으로 고밀도 신경기록을 수집하는 시스템 신경과학 연구자
  • SpikeInterface 파이프라인을 표준화하고 재현 가능하게 만들고 싶은 랩 구성원
  • 수동 Phy 큐레이션 시간을 자동/모델 기반 큐레이션으로 줄이려는 대학원생·포닥

활용 예시

  1. "이 SpikeGLX 세션을 60초만 잘라서 드리프트 래스터를 보여주고, 보정이 필요한지 판단해줘."
  2. "scripts/neuropixels_pipeline.py로 Kilosort4 + Allen 큐레이션 프리셋을 끝까지 돌리고 quality_metrics.csv를 만들어줘."
  3. "UnitRefine 노이즈/뉴럴 분류기를 돌린 뒤 확률 0.5~0.7 구간의 애매한 유닛만 파형·코릴로그램 그려서 판단해줘."

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/neuropixels-analysis/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/neuropixels-analysis 폴더를 내 ~/.claude/skills/neuropixels-analysis/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/neuropixels-analysis ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. Python 3.10 이상과 git이 설치되어 있는지 확인합니다. (python --version)
  2. 저장소를 내려받습니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. 스킬 폴더를 복사합니다: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/neuropixels-analysis ~/.claude/skills/
  4. 분석 의존성을 설치합니다: uv pip install "spikeinterface[full]" probeinterface neo
  5. 스파이크 소터가 필요하면 추가 설치합니다: Kilosort4는 CUDA GPU 환경에서 uv pip install kilosort, CPU만 있다면 uv pip install mountainsort5.
  6. 모델 기반 큐레이션을 쓰려면 uv pip install huggingface_hub skops, AI 시각 큐레이션까지 쓰려면 uv pip install anthropic 후 셸에 export ANTHROPIC_API_KEY=...를 설정합니다(코드에 직접 적지 마세요).
  7. Claude Code를 재시작하고 "Neuropixels 기록 분석해줘"처럼 요청하면 스킬이 활성화됩니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT