Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

Mô phỏng động lực học phân tử (OpenMM + MDAnalysis)

Kỹ năng giúp thiết lập, chạy mô phỏng MD protein/ligand bằng OpenMM và phân tích quỹ đạo bằng MDAnalysis.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 9/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Kỹ năng này làm được gì

  • Chuẩn bị hệ từ tệp PDB: thêm hydro, hộp dung môi (đệm 10 Å, 150 mM NaCl), chọn trường lực và mô hình nước.
  • Cung cấp pipeline chuẩn: tối thiểu hóa năng lượng → cân bằng NVT → chạy sản xuất NPT, kèm tự động chọn GPU (CUDA/OpenCL) và lưu checkpoint.
  • Phân tích quỹ đạo với MDAnalysis: RMSD, RMSF theo từng dư lượng, bản đồ tiếp xúc protein–ligand, xuất hình PNG.
  • Có bảng gợi ý trường lực theo loại hệ, hướng dẫn PDBFixer và tham số hóa phân tử nhỏ bằng OpenFF.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu, học viên cao học ngành sinh học cấu trúc, hóa tính toán, tin sinh học.
  • Người làm phát triển thuốc cần kiểm chứng cách gắn kết và độ bền của ligand.
  • Người muốn định lượng ảnh hưởng của đột biến lên động lực học protein.

Ví dụ sử dụng

  1. "Làm sạch tệp PDB này bằng PDBFixer rồi chạy mô phỏng NPT 1 ns với trường lực amber14."
  2. "Tính RMSD backbone và RMSF theo dư lượng từ npt_traj.dcd rồi vẽ đồ thị."
  3. "Liệt kê các dư lượng tiếp xúc trong bán kính 4.5 Å quanh ligand (resname LIG) theo từng frame."

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/molecular-dynamics/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/molecular-dynamics từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/molecular-dynamics/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/molecular-dynamics ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Clone kho lưu trữ: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. Tạo thư mục kỹ năng: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. Sao chép kỹ năng: cp -r scientific-agent-skills/skills/molecular-dynamics ~/.claude/skills/
  4. Cài môi trường tính toán: conda install -c conda-forge openmm mdanalysis nglview pdbfixer
  5. Nếu dùng GPU, kiểm tra driver CUDA và chạy python -m openmm.testInstallation để xác nhận nền tảng.
  6. Khởi động lại Claude Code và yêu cầu ví dụ: "Thiết lập mô phỏng MD cho protein này".
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT