Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

Mô phỏng động lực học phân tử (Molecular Dynamics)

Kỹ năng giúp chạy mô phỏng MD bằng OpenMM và phân tích quỹ đạo bằng MDAnalysis.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Kỹ năng này làm gì

Hướng dẫn và sinh mã cho toàn bộ quy trình mô phỏng động lực học phân tử:

  • Chuẩn bị hệ: đọc PDB, sửa lỗi bằng PDBFixer, thêm hydro, tạo hộp nước với 150 mM NaCl
  • Chọn trường lực: bảng gợi ý AMBER14, CHARMM36m, ff19SB, OpenFF/GAFF2 cho phân tử nhỏ
  • Chạy mô phỏng: tối thiểu hóa năng lượng → cân bằng NVT → NPT → sản xuất, tự chọn GPU (CUDA/OpenCL) hoặc CPU, lưu checkpoint
  • Phân tích quỹ đạo: RMSD, RMSF theo từng residue, bản đồ tiếp xúc protein–ligand, vẽ đồ thị matplotlib
  • Thực hành tốt: bước thời gian 2 fs, ràng buộc HBonds, PME cho tĩnh điện, loại bỏ giai đoạn cân bằng khi phân tích

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu sinh học cấu trúc, hóa tính toán, học viên cao học
  • Người làm phát triển thuốc cần kiểm chứng kiểu gắn kết của ligand
  • Người muốn định lượng ảnh hưởng của đột biến lên độ linh động protein
  • Người thích quy trình Python thay vì GROMACS/NAMD

Ví dụ sử dụng

  1. "Tạo script chạy 1 ns MD NPT cho cấu trúc 1UBQ trong hộp nước" → sinh toàn bộ mã từ sửa PDB đến sản xuất
  2. "Vẽ RMSD backbone và RMSF theo residue từ file npt_traj.dcd" → tính toán bằng MDAnalysis và xuất hình PNG
  3. "Tham số hóa ligand từ SMILES bằng OpenFF rồi theo dõi các residue tiếp xúc trong bán kính 4.5 Å" → mã tham số hóa và phân tích tiếp xúc

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/molecular-dynamics từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/molecular-dynamics/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/molecular-dynamics ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal.
  2. Tạo thư mục kỹ năng: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. Tải kho mã: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  4. Sao chép kỹ năng: cp -r scientific-agent-skills/skills/molecular-dynamics ~/.claude/skills/
  5. Cài môi trường tính toán: conda install -c conda-forge openmm mdanalysis pdbfixer nglview (kiểm tra driver CUDA nếu dùng GPU).
  6. Khởi động lại Claude Code và yêu cầu "chuẩn bị mô phỏng động lực học phân tử" để kích hoạt kỹ năng.
  7. Nên chạy thử ngắn (khoảng 100 ps) trước khi chạy mô phỏng dài.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT