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분자동역학 시뮬레이션 (OpenMM + MDAnalysis)

OpenMM으로 단백질·리간드 MD 시뮬레이션을 세팅·실행하고 MDAnalysis로 궤적을 분석하도록 돕는 스킬.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 9/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • PDB 구조에서 시스템 준비(수소 첨가, 용매 박스, 150 mM NaCl), 힘장/물 모델 선택을 코드로 안내합니다.
  • 에너지 최소화 → NVT 평형 → NPT 생산 런까지 표준 MD 파이프라인을 단계별 함수로 제공합니다(GPU CUDA/OpenCL 자동 폴백, 체크포인트 저장 포함).
  • MDAnalysis로 궤적을 읽어 RMSD, 잔기별 RMSF, 단백질-리간드 접촉을 계산하고 그래프로 저장합니다.
  • 시스템 유형별 권장 힘장 표, PDBFixer 전처리, OpenFF로 소분자 파라미터화 방법을 포함합니다.

이런 분께 추천

  • 구조생물학·계산화학·바이오인포매틱스 연구자 및 대학원생
  • 신약 개발에서 리간드 결합 모드와 안정성을 검증하고 싶은 분
  • 돌연변이가 단백질 동역학에 미치는 영향을 정량하려는 분

활용 예시

  1. "이 PDB 구조를 PDBFixer로 정리하고 amber14 힘장으로 1 ns NPT 시뮬레이션을 돌려줘."
  2. "npt_traj.dcd의 backbone RMSD와 잔기별 RMSF를 계산해 그래프로 그려줘."
  3. "리간드(resname LIG) 주변 4.5 Å 안에 접촉하는 잔기를 프레임별로 뽑아줘."

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/molecular-dynamics/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/molecular-dynamics 폴더를 내 ~/.claude/skills/molecular-dynamics/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/molecular-dynamics ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널에서 저장소를 클론합니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. 스킬 폴더를 준비합니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. 해당 스킬만 복사합니다: cp -r scientific-agent-skills/skills/molecular-dynamics ~/.claude/skills/
  4. 계산 환경을 설치합니다: conda install -c conda-forge openmm mdanalysis nglview pdbfixer
  5. GPU를 쓰려면 CUDA 드라이버를 확인하고 python -m openmm.testInstallation으로 플랫폼을 점검합니다.
  6. Claude Code를 다시 시작한 뒤 "MD 시뮬레이션 준비해줘"처럼 요청하면 스킬이 활성화됩니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT