Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

matchms – Phân tích phổ khối MS/MS

Kỹ năng hướng dẫn dùng matchms để nạp, làm sạch, so sánh và tra cứu thư viện phổ khối tandem một cách chuẩn xác.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Kỹ năng làm được gì

  • Đọc/ghi nhiều định dạng MS/MS: MGF, MSP, mzML, mzXML, JSON, mzSpecLib và metabolomics-USI.
  • Chuẩn hoá metadata (adduct, precursor m/z), lọc peak, chuẩn hoá cường độ qua SpectrumProcessor với thứ tự filter đúng.
  • Gợi ý chọn thước đo tương đồng phù hợp: CosineGreedy, ModifiedCosineGreedy, NeutralLossesCosine, BlinkCosine, FlashSimilarity...
  • Hỗ trợ ma trận điểm dạng sparse, lấy top hit, xây mạng tương đồng phân tử và dùng CLI có sẵn scripts/library_search.py.
  • Cảnh báo các API đã bị xoá/đổi trong matchms 0.33.1 (ModifiedCosine, add_losses(), tham số spectrums) để tránh lỗi từ hướng dẫn cũ.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu metabolomics cần tự động hoá tra cứu thư viện MS/MS.
  • Người từng gặp lỗi khi chạy code mẫu matchms phiên bản cũ.
  • Người cần chạy so sánh all-vs-all quy mô lớn hoặc dựng mạng phổ có thể tái lập.

Ví dụ sử dụng

  1. "Tìm 10 ứng viên tốt nhất cho queries.mgf trong library.msp bằng modified cosine, xuất ra CSV" → sinh lệnh CLI hoặc code calculate_scores().
  2. "Dựng mạng tương đồng all-vs-all cho 3000 phổ của tôi" → script dùng is_symmetric=True, mảng sparse và ước lượng số cặp trước khi chạy.
  3. "Code mẫu báo lỗi ở add_losses, sửa thế nào?" → chuyển sang compute_losses() hoặc NeutralLossesCosine theo tài liệu di trú.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/matchms từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/matchms/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/matchms ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. Tạo thư mục skills: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. Copy riêng kỹ năng matchms: cp -r scientific-agent-skills/skills/matchms ~/.claude/skills/
  4. Chuẩn bị Python 3.10–3.14 và uv, rồi cài thư viện: uv pip install "matchms==0.33.1"
  5. Kiểm tra: uv run python -c "import matchms; print(matchms.__version__)" phải in ra 0.33.1.
  6. Khởi động lại Claude Code và yêu cầu ví dụ: "dùng matchms so sánh file MGF của tôi với thư viện MSP".
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT