Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

Xử lý phổ khối matchms

Kỹ năng giúp làm sạch, lọc, so sánh và tra cứu thư viện phổ MS/MS bằng matchms 0.33.1 với API mới nhất.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Kỹ năng này làm gì

  • Đọc/ghi dữ liệu MS/MS ở nhiều định dạng: MGF, MSP, mzML, mzXML, JSON, mzSpecLib và metabolomics-USI.
  • Chuẩn hóa metadata, xử lý precursor/adduct và dựng pipeline lọc peak nhất quán qua SpectrumProcessor.
  • Chọn đúng thước đo tương đồng: cosine, modified cosine, neutral loss, BLINK, FlashSimilarity (entropy) và tạo ma trận điểm.
  • Hướng dẫn tra cứu thư viện, trích xuất top hit và dựng mạng lưới tương đồng phân tử.
  • Sửa các lỗi phổ biến từ hướng dẫn cũ: ModifiedCosine đã bị xóa, add_losses() không còn, process_spectra() trả về tuple.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu metabolomics, hóa hợp chất thiên nhiên cần tra cứu thư viện phổ MS/MS.
  • Người xây dựng pipeline molecular networking hoặc phân tích tương đồng phổ bằng Python.
  • Người đang phải nâng cấp code matchms cũ lên API hiện tại.

Ví dụ sử dụng

  1. "Tìm kiếm queries.mgf trong library.msp bằng modified cosine, tolerance 0.02, lấy top 5 và xuất CSV" — dùng scripts/library_search.py đi kèm.
  2. "Áp dụng cùng bộ tiền xử lý (chuẩn hóa cường độ, cắt 1% cường độ tương đối, tối thiểu 5 peak) cho cả reference và query rồi tính ma trận điểm".
  3. "Ước lượng số cặp trước khi so sánh all-vs-all, và lọc ứng viên bằng PrecursorMzMatch trước khi chấm điểm phổ".

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/matchms/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/matchms từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/matchms/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/matchms ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và clone kho: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. Tạo thư mục kỹ năng: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. Sao chép kỹ năng matchms: cp -r scientific-agent-skills/skills/matchms ~/.claude/skills/
  4. Chuẩn bị môi trường Python (3.10–3.14) và cài đặt: uv pip install "matchms==0.33.1"
  5. Kiểm tra: uv run python -c "import matchms; print(matchms.__version__)"
  6. Khởi động lại Claude Code, sau đó yêu cầu ví dụ: "tra cứu file MGF của tôi trong thư viện MSP" để kích hoạt kỹ năng.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT