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matchms 질량분석 스펙트럼 처리

MS/MS 스펙트럼의 정제·필터링·유사도 비교·라이브러리 검색을 matchms 0.33.1 최신 API 기준으로 안전하게 수행하도록 돕는 스킬입니다.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • MGF, MSP, mzML, mzXML, JSON, mzSpecLib 등 다양한 포맷의 탠덤 질량분석(MS/MS) 데이터를 불러오고 내보냅니다.
  • 메타데이터 하모나이제이션, 전구체 이온/부가체 처리, 피크 필터링 파이프라인(SpectrumProcessor)을 일관되게 구성합니다.
  • 코사인, 수정 코사인, 중성 손실, BLINK, Flash(엔트로피) 등 유사도 지표를 상황에 맞게 선택하고 점수 행렬을 만듭니다.
  • 라이브러리 검색, 상위 히트 추출, 분자 유사도 네트워크 구축까지 이어지는 워크플로를 안내합니다.
  • ModifiedCosine 제거, add_losses() 폐기, process_spectra() 반환값 변경 등 0.33 이전 튜토리얼의 잘못된 코드를 바로잡습니다.

이런 분께 추천

  • 대사체학(metabolomics)·천연물 화학에서 MS/MS 라이브러리 검색을 수행하는 연구자
  • GNPS 계열 분자 네트워킹이나 스펙트럼 유사도 분석 파이프라인을 파이썬으로 구축하는 분
  • 오래된 matchms 예제 코드가 동작하지 않아 최신 API로 마이그레이션해야 하는 분

활용 예시

  1. "queries.mgf를 library.msp에 대해 수정 코사인(tolerance 0.02)으로 검색하고 상위 5개 히트를 CSV로 저장해줘" → 동봉된 scripts/library_search.py를 활용한 재현 가능한 검색.
  2. "레퍼런스와 쿼리에 동일한 전처리(정규화 + 상대강도 1% 컷 + 최소 피크 5개)를 적용한 뒤 점수 행렬을 만들어줘".
  3. "스펙트럼 컬렉션 전체를 all-vs-all로 비교하기 전에 쌍 개수를 추정하고, PrecursorMzMatch로 후보를 먼저 걸러줘".

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/matchms/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/matchms 폴더를 내 ~/.claude/skills/matchms/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/matchms ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 저장소를 내려받습니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. Claude 스킬 폴더를 준비합니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. matchms 스킬만 복사합니다: cp -r scientific-agent-skills/skills/matchms ~/.claude/skills/
  4. 파이썬 환경을 준비하고(Python 3.10~3.14) 패키지를 설치합니다: uv pip install "matchms==0.33.1"
  5. 설치 확인: uv run python -c "import matchms; print(matchms.__version__)"
  6. Claude Code를 재시작한 뒤 "MSP 라이브러리로 MGF 쿼리를 검색해줘"처럼 요청하면 스킬이 자동으로 호출됩니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT