Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

Trợ lý LaminDB cho dữ liệu sinh học

Skill hướng dẫn dùng LaminDB để đăng ký, truy vấn, theo dõi nguồn gốc và chuẩn hóa dữ liệu sinh học theo ontology.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Skill này làm gì

LaminDB là lakehouse mã nguồn mở, lấy "lineage" làm trung tâm cho dữ liệu sinh học. Skill đóng gói kiến thức thành 6 mảng:

  • Quản lý artifact: đăng ký DataFrame, AnnData, Zarr, Parquet có phiên bản
  • Theo dõi nguồn gốc: ln.track() / ln.finish(), @ln.flow() / @ln.step() để ghi lại notebook, script, pipeline
  • Truy vấn: bộ lọc nâng cao, duyệt chéo registry, ln.Q, streaming file lớn
  • Kiểm định & curation: DataFrameCurator, AnnDataCurator, SpatialDataCurator với schema linh hoạt hoặc nghiêm ngặt
  • Ontology sinh học: Bionty cho gene (Ensembl), cell type (CL), mô (Uberon), bệnh (Mondo), pathway (GO)...
  • Tích hợp & triển khai: Nextflow, Snakemake, W&B, MLflow, S3/GCS, PostgreSQL

Skill cũng nêu nguyên tắc an toàn: không in ra khóa API/mật khẩu, ưu tiên IAM và biến môi trường, ghim phiên bản gói.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu làm scRNA-seq, spatial transcriptomics, multi-omics
  • Kỹ sư dữ liệu sinh học cần chứng minh tính tái lập và nguồn gốc dữ liệu
  • Nhóm chạy pipeline Nextflow/Snakemake muốn quản lý đầu ra có hệ thống
  • Tổ chức cần metadata chuẩn FAIR

Ví dụ sử dụng

  1. Chuẩn hóa scRNA-seq: "Kiểm tra cột cell_type trong file h5ad này theo ontology CL rồi lưu thành artifact"
  2. Xây lakehouse truy vấn được: đăng ký hàng chục batch rồi lọc theo tissue="PBMC", condition="treated" chỉ bằng một câu truy vấn
  3. Liên kết ML: lưu model.pkl kèm wandb_run_id để nối mô hình với đúng dataset huấn luyện

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/lamindb từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/lamindb/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/lamindb ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal.
  2. Tải kho skill về máy: 
    git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Tạo thư mục skill của Claude và sao chép skill lamindb: 
    mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r scientific-agent-skills/skills/lamindb ~/.claude/skills/
  4. Kiểm tra thư mục references/ đã được sao chép: 
    ls ~/.claude/skills/lamindb/references
  5. Khởi động lại Claude Code, sau đó thử yêu cầu: "Giúp tôi đăng ký file h5ad vào LaminDB".
  6. Trước khi dùng thật, cài LaminDB trong môi trường Python và đăng nhập (hãy kiểm tra phiên bản ổn định mới nhất trên PyPI rồi ghim lại): 
    uv pip install lamindb bionty
lamin login
lamin init --storage ./mydata
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT