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LaminDB 생물학 데이터 레이크하우스 도우미

LaminDB로 생물학 데이터셋을 등록·검증·질의하고 계보(lineage)를 추적하도록 Claude를 안내하는 스킬.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

오픈소스 '계보 중심 레이크하우스'인 LaminDB 작업 전반을 Claude가 정확한 API 패턴으로 도와줍니다.

  • 아티팩트 관리: DataFrame/AnnData/Zarr/Parquet 등록, 버전 관리, 컬렉션 구성
  • 계보 추적: ln.track()/ln.finish(), @ln.flow()/@ln.step(), view_lineage()
  • 검증·정규화: DataFrameCurator, AnnDataCurator, SpatialDataCurator로 스키마 기반 큐레이션
  • 온톨로지 주석: Bionty로 유전자·세포유형·조직·질병 용어 표준화
  • 통합·배포: Nextflow, Snakemake, W&B, MLflow, S3/GCS/Postgres 설정
  • 자격증명은 값이 아닌 환경변수 존재 여부만 확인하는 보안 기본 원칙 포함

이런 분께 추천

  • 단일세포/공간 전사체 등 오믹스 데이터를 관리하는 바이오인포매틱스 연구자
  • 실험 데이터의 재현성과 FAIR 준수가 필요한 제약·바이오 데이터 엔지니어
  • LaminDB 인스턴스를 로컬 SQLite에서 클라우드 Postgres로 확장하려는 팀

활용 예시

  1. "h5ad 파일의 cell_type 컬럼을 CL 온톨로지로 표준화하고 검증된 아티팩트로 저장해줘"
  2. "scrna/ 키로 시작하는 아티팩트 중 tissue=PBMC, condition=treated인 것만 질의해줘"
  3. "Nextflow 프로세스에서 입력 fastq를 LaminDB에서 가져오고 결과 counts.csv를 등록하는 코드를 만들어줘"

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/lamindb/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/lamindb 폴더를 내 ~/.claude/skills/lamindb/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/lamindb ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 저장소를 클론합니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. 스킬 폴더를 만듭니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. 이 스킬만 복사합니다: cp -r scientific-agent-skills/skills/lamindb ~/.claude/skills/
  4. references/ 폴더가 함께 복사됐는지 확인합니다: ls ~/.claude/skills/lamindb
  5. LaminDB를 설치합니다: uv pip install 'lamindb==2.5.1' (필요 시 최신 버전 확인)
  6. lamin login 후 lamin init --storage ./mydata 로 인스턴스를 초기화합니다.
  7. Claude Code를 재시작하고 "LaminDB로 아티팩트를 등록해줘"처럼 요청하면 스킬이 발동합니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT