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LaminDB 생물 데이터 레이크하우스 도우미

LaminDB로 생물학 데이터셋의 등록·검색·계보 추적·온톨로지 검증을 자동화하는 스킬입니다.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

LaminDB는 생물학 데이터를 위한 오픈소스 '계보 중심 레이크하우스'입니다. 이 스킬은 Claude가 LaminDB를 다룰 때 필요한 지식을 6개 영역으로 정리해 제공합니다.

  • 아티팩트 관리: DataFrame, AnnData, Zarr, Parquet 등을 버전 관리되는 아티팩트로 등록
  • 계보 추적: ln.track() / ln.finish(), @ln.flow() / @ln.step()으로 노트북·스크립트·파이프라인 실행 이력 자동 기록
  • 쿼리와 검색: 필터 연산자, 레지스트리 간 조인, ln.Q 논리 쿼리, 대용량 스트리밍
  • 검증과 큐레이션: DataFrameCurator, AnnDataCurator, SpatialDataCurator로 스키마 검증·표준화
  • 온톨로지 연동: Bionty로 유전자, 세포 타입(CL), 조직(Uberon), 질병(Mondo) 등 표준 용어 매핑
  • 통합/배포: Nextflow, Snakemake, W&B, MLflow, S3/GCS, PostgreSQL 설정

또한 자격 증명 노출 금지, 외부 데이터 검증, 버전 고정 같은 보안 기본 원칙도 포함되어 있습니다.

이런 분께 추천

  • 단일세포 RNA-seq, 공간 전사체, 멀티오믹스 데이터를 다루는 연구자
  • 실험 데이터의 재현성과 출처(provenance)를 증빙해야 하는 바이오 데이터 엔지니어
  • Nextflow/Snakemake 파이프라인 산출물을 체계적으로 관리하려는 팀
  • FAIR 원칙에 맞춘 메타데이터 표준화가 필요한 조직

활용 예시

  1. scRNA-seq 큐레이션: h5ad 파일의 cell_type 컬럼을 Bionty CL 온톨로지로 표준화하고 스키마 검증 후 아티팩트로 저장 — "이 h5ad를 CL 온톨로지 기준으로 검증해서 등록해줘"
  2. 데이터 레이크하우스 구축: 배치 수십 개를 등록하고 tissue="PBMC", condition="treated" 같은 피처로 한 번에 조회
  3. ML 실험 연결: W&B run ID를 아티팩트 피처에 기록해 모델과 학습 데이터의 계보를 연결

· · · 설치 가이드 · · ·

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/lamindb 폴더를 내 ~/.claude/skills/lamindb/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/scientific-agent-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/scientific-agent-skills/skills/lamindb ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 엽니다.
  2. 스킬 저장소를 내려받습니다. 
    git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Claude 스킬 폴더를 만들고 lamindb 스킬만 복사합니다. 
    mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r scientific-agent-skills/skills/lamindb ~/.claude/skills/
  4. references/ 폴더의 마크다운 파일들이 함께 복사됐는지 확인합니다. 
    ls ~/.claude/skills/lamindb/references
  5. Claude Code를 재시작한 뒤 "LaminDB로 h5ad 파일을 등록하고 싶어"처럼 요청하면 스킬이 활성화됩니다.
  6. 실제 사용 전에 파이썬 환경에 LaminDB를 설치하고 로그인합니다. (버전은 PyPI 최신 안정판을 확인 후 고정하세요.) 
    uv pip install lamindb bionty
lamin login
lamin init --storage ./mydata
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT