Glycoengineering (Phân tích & thiết kế glycan protein)

Kỹ năng này làm gì

Giúp Claude phân tích và thiết kế quá trình glycosyl hóa protein:

• Quét sequon N-glycosylation: tìm motif N-X-[S/T] (X ≠ Pro), trả về vị trí 1-based, ngữ cảnh ±3 acid amin, phân loại NXS/NXT và bản tóm tắt dạng báo cáo.
• Thiết kế đột biến thêm/xóa vị trí glycan: thay Asn → Gln để loại bỏ, hoặc đưa Asn vào vị trí mong muốn kèm chỉnh Pro ở +1 và đặt S/T ở +2 để tạo sequon mới.
• Dự đoán điểm nóng O-glycosylation (heuristic): dựa trên mật độ Ser/Thr trong cửa sổ trượt và luật loại bỏ motif S/T-Pro.
• Danh mục công cụ ngoài: NetNGlyc / NetOGlyc 4.0, GlycoShield-MD, GlycoWorkbench, API GlyConnect, UniCarbKB, GlyTouCan.
• Bảng chiến lược: tăng ADCC (khử fucose tại Asn297), giảm tính sinh miễn dịch (loại α-Gal, NGNA), kéo dài bán thải (sialyl hóa), tạo "glycan shield" cho vaccine, cùng các đột biến kinh điển N297A/Q/D, T299A, S298A/E333A/K334A.

Dành cho ai

• Nhà nghiên cứu tối ưu glycan vùng Fc của kháng thể trị liệu
• Chuyên viên phân tích so sánh mẫu glycan giữa thuốc tham chiếu và biosimilar
• Người thiết kế kháng nguyên vaccine dùng lá chắn glycan để định hướng miễn dịch
• Kỹ sư protein muốn tăng độ bền/bán thải bằng cách bổ sung vị trí N-glycan

Ví dụ sử dụng

1. "Quét toàn bộ sequon N-glycosylation trong chuỗi Fc IgG1 này và lập bảng vị trí kèm ngữ cảnh" → báo cáo có cả vị trí Asn297.
2. "Tôi cần kháng thể aglycosyl — hãy tạo chuỗi đột biến và so sánh các phương án" → chuỗi N297Q cùng so sánh N297A/D, T299A.
3. "Ước lượng vùng giàu O-glycan trong domain giống mucin này và chỉ tôi cách xác nhận chính xác" → danh sách điểm nóng theo mật độ S/T + hướng dẫn gửi NetOGlyc 4.0.

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/glycoengineering từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/glycoengineering/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.