gget – Truy vấn cơ sở dữ liệu tin sinh học

Skill giúp truy vấn hơn 20 cơ sở dữ liệu tin sinh học (gene, BLAST, AlphaFold, biểu hiện, bệnh học) bằng một dòng lệnh CLI hoặc Python.

Dữ liệu · Phân tíchTrung cấp★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 7/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Skill này làm gì

gget là công cụ hợp nhất hơn 20 cơ sở dữ liệu sinh học — Ensembl, UniProt, PDB, AlphaFold, Enrichr, OpenTargets, COSMIC, CELLxGENE… — vào một giao diện lệnh nhất quán. Skill hướng dẫn Claude nắm 23 module của gget theo sáu nhóm (thông tin gene/tham chiếu, phân tích trình tự, cấu trúc protein, biểu hiện & bệnh, dữ liệu virus/chuột, công cụ bổ trợ) và chọn đúng lệnh cho từng câu hỏi.

Trình bày cách dùng song song CLI và Python, kèm các cờ chung -o, -q, -csv
Chi tiết tham số từng module nằm trong thư mục references/
Nhấn mạnh tính tái lặp: ghim gget==0.30.5, dùng môi trường ảo, giới hạn tốc độ khi truy vấn lớn
Khuyến nghị lưu thông tin đăng nhập COSMIC/OpenAI trong biến môi trường, không ghi vào ví dụ hay log

Phù hợp với ai

Nhà nghiên cứu, học viên cao học ngành sinh học phân tử cần tra cứu gene/protein nhanh
Người muốn khám phá dữ liệu theo kiểu hội thoại thay vì viết script dài
Người cần đối chiếu dữ liệu single-cell, biểu hiện và liên kết bệnh giữa nhiều nguồn
Nếu bạn cần xử lý hàng loạt hoặc BLAST nâng cao thì biopython sẽ phù hợp hơn

Ví dụ sử dụng

Mô tả một gene: "Lấy Ensembl ID, danh sách transcript và trình tự protein của BRCA1" → chuỗi gget search → gget info → gget seq.
Cấu trúc protein: "Kiểm tra PDB trước, nếu chưa có thì dự đoán bằng AlphaFold" → gget pdb, sau đó gget setup alphafold và gget alphafold.
Phân tích biểu hiện: "Chạy enrichment GO cho danh sách gene này và xem biểu hiện theo mô" → kết hợp gget enrichr với gget archs4, xuất ra CSV.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)

Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.

↓ Tải ZIP

Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/gget từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/gget/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/gget ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

Mở terminal và tải repo skill: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
Tạo thư mục skill: mkdir -p ~/.claude/skills
Copy skill gget: cp -r scientific-agent-skills/skills/gget ~/.claude/skills/
Dùng Python 3.9 hoặc 3.10 và tạo môi trường ảo: python3 -m venv .venv && source .venv/bin/activate
Cài gget: pip install "gget==0.30.5"
Kiểm tra: gget --version
Nếu cần các module alphafold, cellxgene, elm, hãy chạy một lần gget setup <tên module>
Khởi động lại Claude Code rồi thử: "Dùng gget tra thông tin gene BRCA1"
Với module COSMIC hoặc gpt, hãy đặt thông tin đăng nhập vào biến môi trường, tuyệt đối không ghi trực tiếp vào code hay log.

Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT