Trợ lý truy vấn tin sinh học gget
Skill hướng dẫn Claude dùng gget (CLI/Python) để truy vấn nhanh hơn 20 cơ sở dữ liệu hệ gen.
Skill này làm gì
Hướng dẫn Claude sử dụng công cụ gget để tra cứu thông tin gen Ensembl, chạy BLAST/BLAT, lấy cấu trúc protein từ PDB/AlphaFold, phân tích làm giàu bằng Enrichr, truy vấn dữ liệu bệnh–thuốc–đột biến (OpenTargets, COSMIC, cBioPortal), dữ liệu tế bào đơn CELLxGENE và trình tự virus. Tài liệu gồm bảng phân loại 23 module theo 6 nhóm, các cờ dùng chung (-o, -csv, -q), định dạng đầu ra (JSON/CSV/FASTA/PDB/AnnData) và các thực hành tốt cho từng nhóm.
Phù hợp với ai
- Nhà nghiên cứu thường phải tra thông tin gen, phiên mã, protein trên nhiều website khác nhau
- Học viên/nhà phân tích cần tính tái lập: ghim phiên bản
gget==0.30.5và lưu kết quả ra file - Người làm phân tích NGS cần chuẩn bị file tham chiếu cho kallisto hoặc bước alignment
Ví dụ sử dụng
- "Lấy thông tin gen BRCA1 và trình tự protein, xuất ra CSV" → chuỗi
gget search→gget info→gget seq - "Phân tích làm giàu GO/KEGG cho danh sách gen này" → dùng
gget enrichrvới các phím tắt cơ sở dữ liệu - "Kiểm tra PDB trước, nếu chưa có cấu trúc thì dự đoán bằng AlphaFold" →
gget pdb, sau đógget setup alphafoldvàgget alphafold
· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·
Dùng thử ngay, không cần cài
Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.
Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình: https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/gget/SKILL.md Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)
Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.
↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.
Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
- Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
- Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
- Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
Cài vào Claude Code
Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code
Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart. Copy thư mục skills/gget từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/gget/ của mình. Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.
Cài bằng lệnh thủ công
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/gget ~/.claude/skills/⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.
- Mở terminal và clone repo:
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git - Tạo thư mục skill:
mkdir -p ~/.claude/skills - Sao chép riêng skill gget:
cp -r scientific-agent-skills/skills/gget ~/.claude/skills/ - Kiểm tra các tài liệu tham chiếu đã có:
ls ~/.claude/skills/gget/references - Tạo môi trường ảo Python 3.9–3.10 và cài công cụ:
uv venv .venv && source .venv/bin/activate && uv pip install "gget==0.30.5" - Xác nhận bằng
gget --help; nếu dùng alphafold, cellxgene hoặc elm hãy chạygget setup <tên_module>một lần. - Khởi động lại Claude Code và thử yêu cầu: "Dùng gget tra thông tin gen TP53".