Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

Geniml – Kiểm toán & lập kế hoạch ML cho vùng gen

Skill chuyên dụng cho Geniml: xác thực file BED và hợp đồng universe, lập kế hoạch huấn luyện Region2Vec/scEmbed và kiểm tra tương thích model/tokenizer.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

  • Kiểm tra cấu trúc file BED, hệ tọa độ 0-based half-open, tên contig (chr1 vs 1), assembly và checksum chrom.sizes — chỉ báo cáo kế hoạch, không tự ghi đè file.
  • Lập kế hoạch huấn luyện Region2Vec / scEmbed: corpus Parquet cột tokens, tokenizer từ universe BED, embedding_dim, bản đồ special token của gtars 0.9.2.
  • Soát bundle model (checkpoint.pt, config.yaml, universe.bed) để phát hiện lệch vocab_size/embedding_dim hoặc universe khác byte trước khi suy luận.
  • Chỉ ra đúng cú pháp CLI của bản 0.8.4 (build-universe, assess-universe, eval) và các điểm tài liệu upstream đã lỗi thời.
  • Bắt buộc xin phê duyệt trước mọi tải xuống từ BEDbase hoặc Hugging Face; ưu tiên các lệnh kiểm tra cache cục bộ.

Phù hợp với ai

  • Nhà khoa học dữ liệu genomics làm embedding/clustering trên peak set ATAC-seq, ChIP-seq.
  • Nhóm gộp BED từ nhiều cohort, lo lắng về lẫn assembly và rò rỉ dữ liệu theo bệnh nhân/donor.
  • Người cần thẩm định checkpoint Region2Vec/scEmbed nhận từ bên ngoài trước khi nạp.

Ví dụ sử dụng

  1. "Kiểm tra data/peaks.bed theo assembly GRCh38" → chạy bed_validator.py và nhận báo cáo vi phạm tọa độ/contig.
  2. "Audit manifest.tsv xem split train/test có rò rỉ theo patient_id không" → corpus_auditor.py liệt kê checksum và rủi ro rò rỉ.
  3. "Model models/r2v có khớp refs/universe.bed không?" → dùng model_artifact_inspector.py và tokenizer_compatibility.py để phát hiện lệch vocab/special token.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/geniml/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/geniml từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/geniml/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/geniml ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Đảm bảo đã cài Claude Code và mở được terminal.
  2. Clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Tạo thư mục skill: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. Copy skill geniml: cp -r scientific-agent-skills/skills/geniml ~/.claude/skills/
  5. Nếu muốn chạy phân tích thật: cài Python 3.11–3.12 và uv, rồi uv venv --python 3.12 và uv pip install "geniml[ml]==0.8.4" "gtars==0.9.2".
  6. Khởi động lại Claude Code và yêu cầu ví dụ: "dùng skill geniml kiểm tra file BED của tôi".
  7. Lưu ý: các script kèm theo chỉ dùng thư viện chuẩn, không gọi mạng; mọi tải xuống BEDbase/Hugging Face cần bạn tự phê duyệt.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT