Geniml 유전체 구간 ML 감사·계획 도우미

무엇을 해주나

• BED 파일 구조와 어셈블리(GRCh38 등) 일치 여부, 좌표 규약(0-based half-open), 컨티그 명명 규칙, 정렬·중복 정책을 검증 계획으로 제시합니다(파일을 임의로 덮어쓰지 않음).
• Region2Vec / scEmbed 학습을 위한 토큰 Parquet 코퍼스, 토크나이저, 임베딩 차원, 특수 토큰 맵을 점검하고 실행 계획을 세웁니다.
• 모델 번들(checkpoint.pt, config.yaml, universe.bed)의 vocab_size·embedding_dim·유니버스 바이트 일치 여부를 검사해 추론 불일치를 사전에 잡습니다.
• geniml build-universe / assess-universe / eval 등 0.8.4 실제 CLI 스펠링과 문서상 오래된 예시의 차이를 정리해줍니다.
• BEDbase·Hugging Face 다운로드는 반드시 사용자 승인 후에만 진행하고, 로컬 캐시 점검 명령을 우선 제안합니다.

이런 분께 추천

• ATAC-seq/ChIP-seq peak 세트로 임베딩·클러스터링을 하는 유전체 데이터 과학자
• 여러 코호트의 BED 파일을 합치면서 어셈블리 혼입과 환자 단위 데이터 누수를 걱정하는 연구자
• 외부에서 받은 Region2Vec/scEmbed 체크포인트를 그대로 로드하기 전에 안전하게 검증하고 싶은 사람

활용 예시

1. "data/peaks.bed가 GRCh38 계약에 맞는지 확인해줘" → bed_validator.py로 좌표·컨티그·길이 위반 리포트를 받습니다.
2. "manifest.tsv 기준으로 patient_id별 train/test 분할이 새는지 감사해줘" → corpus_auditor.py가 체크섬과 누수 위험을 정리합니다.
3. "models/r2v 체크포인트가 refs/universe.bed와 호환되는지 확인해줘" → model_artifact_inspector.py + tokenizer_compatibility.py로 vocab/특수 토큰 불일치를 찾습니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/geniml/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/geniml 폴더를 내 ~/.claude/skills/geniml/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.