FlowIO — Đọc/ghi tệp FCS
Dùng FlowIO 1.4.0 để đọc metadata, trích xuất sự kiện NumPy và ghi tệp FCS 3.1 cho dữ liệu flow cytometry.
Dữ liệu · Phân tíchTrung cấp★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026
Làm được gì
- Kiểm tra các phân đoạn HEADER, TEXT, ANALYSIS và nhãn kênh (PnN/PnS) của tệp FCS 2.0/3.0/3.1.
- Trích xuất dữ liệu sự kiện thành mảng NumPy
(số sự kiện, số kênh), phân biệt rõpreprocess=True(áp dụng gain/log/time) vàpreprocess=False. - Đọc tệp cũ chứa nhiều dataset qua
read_multiple_data_sets()thay vì tự xử lý$NEXTDATA. - Ghi tệp FCS 3.1 list-mode float đơn bằng
create_fcs(), hoặc sao chép/ẩn danh bằngwrite_fcs(), kèm bước mở lại để kiểm chứng. - Chạy script kèm theo
scripts/inspect_fcs.pyđể tạo báo cáo kiểm kê có giới hạn dung lượng và chế độ chỉ đọc metadata.
Phù hợp với ai
- Nhà nghiên cứu miễn dịch học / sinh học phân tích dữ liệu flow cytometry bằng Python.
- Kỹ sư dữ liệu cần kiểm tra cấu trúc tệp FCS trước khi đưa vào pandas hoặc pipeline ML.
- Nhân viên core lab cần chẩn đoán lỗi offset, tệp hỏng hoặc lỗi định dạng của nhà sản xuất.
Ví dụ sử dụng
- "Liệt kê nhãn kênh và số sự kiện của tất cả tệp FCS trong thư mục này" → dùng
only_text=Truehoặc script inspector. - "Xuất mảng NumPy của tôi thành FCS 3.1 và kiểm tra round-trip" →
create_fcs()rồi mở lại và so sánh bằngassert_allclose. - "Tạo bản sao đã loại bỏ thông tin nhận dạng bệnh nhân" →
write_fcs(..., metadata={"src": "Deidentified export"}).
· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·
Dùng thử ngay, không cần cài
Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.
Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình: https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/flowio/SKILL.md Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)
Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.
↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.
Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
- Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
- Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
- Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
Cài vào Claude Code
Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code
Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart. Copy thư mục skills/flowio từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/flowio/ của mình. Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.
Cài bằng lệnh thủ công
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/flowio ~/.claude/skills/⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.
- Mở terminal, kiểm tra Python 3.9–3.13 và
uv(uv --version). - Clone repo:
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git - Tạo thư mục skill:
mkdir -p ~/.claude/skills - Sao chép skill:
cp -r scientific-agent-skills/skills/flowio ~/.claude/skills/ - Cài FlowIO:
uv pip install "flowio==1.4.0"(hoặc dùnguv run --no-project --with "flowio==1.4.0"). - Khởi động lại Claude Code và yêu cầu ví dụ: "kiểm tra metadata tệp FCS này".
- Nếu chạy script trực tiếp: đặt
FLOWIO_SKILL_DIR=~/.claude/skills/flowiorồi chạypython "$FLOWIO_SKILL_DIR/scripts/inspect_fcs.py" sample.fcs.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT