Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

Phân tích cây phát sinh loài với ETE Toolkit 4

Kỹ năng hướng dẫn Claude dùng ETE 4 để đọc, chỉnh sửa, so sánh, chú giải và trực quan hóa cây phát sinh loài có sẵn.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Kỹ năng này làm được gì

  • Đọc/ghi cây Newick/Nexus với parser phù hợp, chú giải node (add_prop), cắt tỉa (prune), đặt lại gốc (midpoint rooting).
  • So sánh hai topology bằng khoảng cách Robinson-Foulds, kèm giá trị chuẩn hóa và kiểm tra lá chung.
  • Dùng PhyloTree để phát hiện sự kiện nhân đôi (duplication) / phân loài (speciation) và reconcile với cây loài.
  • Truy vấn cơ sở dữ liệu phân loại NCBI và GTDB: đổi tên sang taxid, dựng cây phân loại.
  • Trực quan hóa: SmartView tương tác, ảnh PNG, hoặc PDF/SVG vector qua bộ render Qt.
  • Có tài liệu chuyển đổi từ ETE3 sang ETE4 (không dùng ete3, format=, tree & "name").

Dành cho ai

  • Nhà nghiên cứu, học viên cao học ngành phát sinh loài, hệ gen so sánh.
  • Người cần hậu xử lý cây từ IQ-TREE/FastTree và làm hình cho bài báo.
  • Lập trình viên cần port script ETE3 cũ sang ETE4.

Ví dụ sử dụng

  1. "Đọc tree.nw giữ tên node nội bộ, chỉ giữ 20 loài này và bảo toàn độ dài nhánh" → sinh code prune(preserve_branch_length=True) kèm bước kiểm tra.
  2. "Tính khoảng cách RF giữa hai cây và báo cả giá trị chuẩn hóa" → dùng robinson_foulds(), kiểm tra tên lá trùng/rỗng trước.
  3. "Liệt kê các sự kiện nhân đôi gene rồi xuất PNG bố cục tròn có tô màu theo support" → get_descendant_evol_events() + quick_visualize.py --mode circular.

Lưu ý: kỹ năng KHÔNG căn chỉnh chuỗi hay suy luận cây; hãy dùng MAFFT/IQ-TREE trước.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/etetoolkit/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/etetoolkit từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/etetoolkit/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/etetoolkit ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và tạo thư mục skill: mkdir -p ~/.claude/skills
  2. Clone repo: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Sao chép skill: cp -r scientific-agent-skills/skills/etetoolkit ~/.claude/skills/
  4. Kiểm tra Python 3.10 trở lên: python3 --version
  5. Cài ETE 4: uv pip install "ete4==4.4.0" (thêm ete4[render-sm] cho ảnh PNG, ete4[treeview] cho PDF/SVG)
  6. Xác minh: uv run --with "ete4==4.4.0" python -c "import ete4; print(ete4.__version__)"
  7. Khởi động lại Claude Code, rồi yêu cầu ví dụ: "cắt tỉa cây Newick này bằng ETE4".
  8. Tính năng NCBI/GTDB sẽ tải dữ liệu lớn lần đầu — hãy đảm bảo có mạng và dung lượng đĩa.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT