Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

Phân tích cây phát sinh loài với ETE Toolkit 4

Kỹ năng hướng dẫn Claude dùng ETE 4 để đọc, chỉnh sửa, so sánh, chú thích và trực quan hóa cây phát sinh loài.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Kỹ năng này làm gì

  • Đọc/ghi cây Newick/Nexus, chọn đúng parser= để giữ tên nút nội bộ, giá trị support và độ dài nhánh
  • Duyệt cây, chú thích nút bằng add_props, tái định gốc (midpoint/outgroup), tỉa cây có giữ khoảng cách
  • So sánh hai topology bằng khoảng cách Robinson-Foulds, tìm mẫu cây con lặp lại với TreePattern
  • Dùng PhyloTree để suy ra sự kiện nhân đôi gen / phân loài và reconciliation với cây loài
  • Truy vấn cơ sở dữ liệu phân loại NCBI và GTDB, dựng cây phân loại
  • Khám phá tương tác bằng SmartView, chụp PNG, xuất PDF/SVG vector qua Qt treeview
  • Script kèm sẵn (tree_operations.py, quick_visualize.py) để chạy bằng một dòng lệnh

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu và học viên cao học ngành sinh học tiến hóa, hệ gen vi sinh
  • Người cần hình cây chất lượng xuất bản và tái lập được
  • Người đang chuyển mã ETE 3 cũ sang ETE 4

Ví dụ sử dụng

  1. "Tỉa tree.nw chỉ giữ 30 taxa quan tâm, bảo toàn độ dài nhánh, sau đó định gốc midpoint và lưu lại."
  2. "So sánh hai cây từ hai phương pháp suy luận bằng Robinson-Foulds và báo cáo RF chuẩn hóa cùng danh sách lá chung."
  3. "Tách tên loài theo dấu | trong cây gen, liệt kê sự kiện nhân đôi/phân loài rồi xuất PNG dạng vòng tròn bằng SmartView."

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/etetoolkit từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/etetoolkit/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/etetoolkit ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và về thư mục nhà: cd ~
  2. Clone kho mã: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Tạo thư mục kỹ năng: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. Sao chép kỹ năng: cp -r scientific-agent-skills/skills/etetoolkit ~/.claude/skills/
  5. Đảm bảo Python 3.10+ và cài thư viện: uv pip install "ete4==4.4.0" (thêm ete4[render-sm] cho PNG, ete4[treeview] cho PDF/SVG)
  6. Kiểm tra: uv run --with "ete4==4.4.0" python -c "import ete4; print(ete4.__version__)"
  7. Khởi động lại Claude Code rồi yêu cầu ví dụ: "Phân tích cây Newick này bằng ETE4".
  8. Nếu dùng phân loại NCBI/GTDB, lần đầu cần Internet và vài GB dung lượng ổ đĩa.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT