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ETE Toolkit 4 계통수 분석

ETE 4로 계통수를 읽고 편집·비교·주석·시각화하도록 Claude를 안내하는 스킬입니다.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • Newick/Nexus 트리 입출력, 파서(parser=) 선택, 내부 노드 이름·지지값·분기 길이 보존 검증
  • 트리 탐색(traverse), 노드 주석(add_props), 리루팅(중간점/외군), 프루닝(분기 길이 보존 옵션)
  • Robinson-Foulds 거리로 두 토폴로지 비교, TreePattern으로 반복 서브트리 탐색
  • PhyloTree로 유전자 트리의 중복(duplication)/종분화(speciation) 이벤트 추정 및 종 트리 reconciliation
  • NCBI/GTDB 분류학 DB 질의와 분류 토폴로지 생성
  • SmartView 인터랙티브 탐색, PNG 스크린샷, Qt 기반 PDF/SVG 벡터 렌더링
  • 번들 스크립트(tree_operations.py, quick_visualize.py)로 CLI 한 줄 처리

이런 분께 추천

  • 계통유전학·진화생물학·미생물 유전체 연구자와 대학원생
  • 논문용 트리 그림을 재현 가능하게 만들어야 하는 분
  • 기존 ETE 3 코드를 ETE 4로 이식해야 하는 분

활용 예시

  1. "IQ-TREE로 만든 tree.nw에서 관심 종 30개만 남기고 분기 길이를 보존해 프루닝하고, 중간점 루팅 후 저장해줘."
  2. "두 추론 방법의 결과 트리를 Robinson-Foulds로 비교하고 정규화 RF 값과 공통 leaf 목록을 보고해줘."
  3. "유전자 트리에서 종 이름을 | 앞부분으로 파싱해 중복/종분화 이벤트를 나열하고, SmartView로 원형 레이아웃 PNG를 만들어줘."

· · · 설치 가이드 · · ·

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/etetoolkit 폴더를 내 ~/.claude/skills/etetoolkit/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/etetoolkit ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 홈 디렉터리로 이동합니다: cd ~
  2. 저장소를 복제합니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. 스킬 폴더를 만듭니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. 이 스킬만 복사합니다: cp -r scientific-agent-skills/skills/etetoolkit ~/.claude/skills/
  5. Python 3.10 이상인지 확인하고, uv pip install "ete4==4.4.0"로 라이브러리를 설치합니다. (PNG는 ete4[render-sm], PDF/SVG는 ete4[treeview] 추가 설치)
  6. 설치 확인: uv run --with "ete4==4.4.0" python -c "import ete4; print(ete4.__version__)"
  7. Claude Code를 재시작하고 "이 Newick 트리를 ETE4로 분석해줘"처럼 요청하면 스킬이 자동 호출됩니다.
  8. NCBI/GTDB 분류학을 쓰려면 첫 실행 시 네트워크와 수 GB 디스크 공간이 필요합니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT