ETE Toolkit 4 계통수 분석

무엇을 해주나

• Newick/Nexus 트리를 올바른 parser 설정으로 읽고 쓰며, 노드 주석(add_prop), 프루닝, 리루팅(중간점 루팅 등)을 수행합니다.
• Robinson-Foulds 거리로 두 토폴로지를 비교하고, 정규화 값과 공통 리프를 검증합니다.
• PhyloTree로 유전자 트리의 중복(duplication)/종분화(speciation) 사건을 탐지하고 종 트리와 reconcile 합니다.
• NCBI / GTDB 분류 DB를 질의해 taxid 변환과 분류 토폴로지를 생성합니다.
• SmartView 인터랙티브 탐색, PNG 스크린샷, Qt 기반 PDF/SVG 벡터 렌더링을 지원합니다.
• ETE3 관습(ete3, format=, tree & "name")을 ETE4 문법으로 바로잡는 마이그레이션 지침이 포함됩니다.

이런 분께 추천

• 계통유전학·비교유전체학 연구자 및 대학원생
• IQ-TREE/FastTree 결과 트리를 후처리하고 논문용 그림을 만들어야 하는 분
• 오래된 ETE3 스크립트를 ETE4로 포팅해야 하는 개발자

활용 예시

1. "tree.nw를 읽어 내부 노드 이름을 유지한 채 특정 20개 종만 남기고 가지 길이를 보존해 프루닝해줘" → prune(preserve_branch_length=True) 코드와 검증 절차 제공.
2. "두 추론 트리의 RF 거리를 계산하고 정규화 값까지 보고해줘" → robinson_foulds() 사용, 중복/빈 리프 이름 사전 점검.
3. "유전자 트리에서 중복 사건을 찾아 목록화하고, 원형 레이아웃 PNG로 서포트값 색칠해 저장해줘" → get_descendant_evol_events() + quick_visualize.py --mode circular.

주의: 서열 정렬이나 계통수 추론 자체는 하지 않습니다. MAFFT/IQ-TREE 등으로 트리를 먼저 만들어야 합니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/etetoolkit/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/etetoolkit 폴더를 내 ~/.claude/skills/etetoolkit/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.