Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

Tích hợp DNAnexus

Kỹ năng giúp Claude Code vận hành dữ liệu, app và workflow gen học trên DNAnexus bằng dx CLI và dxpy một cách an toàn.

Tự động hóaNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Kỹ năng này làm gì

Hướng dẫn Claude Code sử dụng đúng cú pháp và quy trình của nền tảng đám mây DNAnexus:

  • dx CLI: đăng nhập, chọn dự án, tải lên/tải xuống (kể cả Upload/Download Agent cho tệp lớn)
  • SDK Python dxpy: tìm kiếm đối tượng (find_data_objects với name_mode="glob"), nối chuỗi job bằng get_output_ref(), xử lý lỗi
  • Viết và kiểm tra dxapp.json bằng script offline validate_dxapp.py, build applet/app
  • Theo dõi job và analysis (dx watch, dx find executions), retry, giới hạn chi phí --cost-limit
  • Workflow gốc, WDL/CWL qua dxCompiler và import Nextflow

Phần "Operating Contract" rất đáng giá: bắt đầu ở chế độ chỉ đọc, xác nhận trước khi xoá hoặc chạy tốn tiền, tuyệt đối không in DX_SECURITY_CONTEXT hay token, tôn trọng quy định PHI/TRE.

Phù hợp với ai

  • Nhà nghiên cứu và kỹ sư tin sinh học chạy pipeline gen học trên DNAnexus
  • Người phát triển applet/app nội bộ và cần publish đúng chuẩn
  • Nhóm xử lý dữ liệu y tế nhạy cảm, cần tránh xoá nhầm hoặc rò rỉ token
  • Ai muốn chuyển pipeline WDL/CWL/Nextflow lên DNAnexus

Ví dụ sử dụng

  1. Kiểm kê dữ liệu: "Liệt kê các tệp BAM ở trạng thái closed trong /results của project-xxxx kèm archivalState" → sinh đoạn dxpy.find_data_objects() đúng chuẩn glob.
  2. Phát triển app: "Kiểm tra dxapp.json này và cập nhật sang Ubuntu 24.04" → chạy validator, chỉ ra runSpec.systemRequirements đã lỗi thời và thay bằng regionalOptions.
  3. Vận hành: "Tìm job thất bại trong 2 giờ qua, xem log rồi chạy lại với giới hạn 25 USD" → dx find jobs --state failed, dx watch, sau khi bạn xác nhận mới dx run --cost-limit 25.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/dnanexus-integration từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/dnanexus-integration/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/dnanexus-integration ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và tải kho kỹ năng về: 
    git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. Tạo thư mục kỹ năng của Claude Code và sao chép kỹ năng này: 
    mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r scientific-agent-skills/skills/dnanexus-integration ~/.claude/skills/
  3. Cài công cụ DNAnexus (cần Python 3.11 trở lên): 
    uv tool install "dxpy==0.410.0"   # hoặc pip install dxpy
dx --version
  4. Đăng nhập tài khoản DNAnexus và chọn dự án làm việc: 
    dx login
dx whoami && dx select
  5. Khởi động lại Claude Code, sau đó thử yêu cầu: "Liệt kê tệp trong dự án DNAnexus của tôi".
  6. Không bao giờ dán API token vào khung chat hay log; trong môi trường tự động hãy nạp token qua biến môi trường từ secret manager.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT