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DNAnexus 연동 스킬

Claude Code가 dx CLI와 dxpy로 DNAnexus 유전체 데이터·앱·워크플로를 안전하게 다루도록 돕는 스킬.

자동화·워크플로고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

DNAnexus 클라우드 플랫폼 작업 전반을 Claude Code가 정확한 문법으로 처리하도록 안내합니다.

  • dx CLI 로그인·프로젝트 선택·파일 업로드/다운로드(Upload/Download Agent 포함)
  • dxpy 파이썬 SDK로 객체 검색(find_data_objects, glob 주의점), 잡 체이닝, 오류 처리
  • dxapp.json 작성과 오프라인 검증 스크립트(validate_dxapp.py), applet/app 빌드 및 배포
  • 잡·분석 실행 모니터링(dx watch, dx find executions), 재시도, 비용 한도(--cost-limit)
  • 네이티브 워크플로, dxCompiler를 통한 WDL/CWL, Nextflow 임포트

특히 "운영 계약(Operating Contract)" 섹션이 인상적입니다. 읽기 전용으로 시작하기, 삭제·과금 작업 전 확인, DX_SECURITY_CONTEXT·API 토큰 절대 출력 금지, PHI/TRE 규제 준수 같은 규칙을 명시해 사고를 예방합니다.

이런 분께 추천

  • DNAnexus에서 유전체 분석 파이프라인을 운영하는 생명정보 연구자·엔지니어
  • 사내 applet/app을 개발하고 배포해야 하는 플랫폼 담당자
  • 규제 데이터(PHI)를 다루며 실수로 인한 삭제·과금·토큰 유출을 막아야 하는 팀
  • WDL/CWL/Nextflow 파이프라인을 DNAnexus로 이식하려는 사용자

활용 예시

  1. 데이터 정리: "project-xxxx의 /results 폴더에서 closed 상태인 BAM 파일 목록과 아카이브 상태를 뽑아줘" → glob 모드를 지정한 dxpy.find_data_objects() 코드를 생성해 실행합니다.
  2. 앱 개발: "이 dxapp.json이 최신 규격에 맞는지 검사하고 Ubuntu 24.04 기준으로 고쳐줘" → 검증 스크립트를 돌려 deprecated된 runSpec.systemRequirements 등을 지적하고 regionalOptions로 교체합니다.
  3. 실행 관리: "최근 2시간 실패한 잡을 찾고 로그를 확인한 뒤 비용 한도 25달러로 재실행해줘" → dx find jobs --state failed, dx watch, 확인 후 dx run --cost-limit 25 순으로 안내합니다.

· · · 설치 가이드 · · ·

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/dnanexus-integration 폴더를 내 ~/.claude/skills/dnanexus-integration/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/dnanexus-integration ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 스킬 저장소를 내려받습니다. 
    git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. Claude Code 스킬 폴더를 만들고 해당 스킬만 복사합니다. 
    mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r scientific-agent-skills/skills/dnanexus-integration ~/.claude/skills/
  3. DNAnexus 도구를 설치합니다(Python 3.11 이상 필요). 
    uv tool install "dxpy==0.410.0"   # 또는 pip install dxpy
dx --version
  4. DNAnexus 계정으로 로그인하고 작업 프로젝트를 선택합니다. 
    dx login
dx whoami && dx select
  5. Claude Code를 재시작한 뒤 "DNAnexus 프로젝트의 파일 목록을 보여줘"처럼 요청하면 스킬이 자동으로 활성화됩니다.
  6. 토큰은 절대 채팅이나 로그에 붙여넣지 말고, 자동화 환경에서는 시크릿 매니저의 환경변수로만 주입하세요.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT