Phân tích DepMap – Bản đồ phụ thuộc gen ung thư
Skill truy vấn dữ liệu DepMap về điểm phụ thuộc gen CRISPR và độ nhạy thuốc để tìm điểm yếu đặc hiệu của tế bào ung thư.
Skill này làm gì
Giúp Claude làm việc với dữ liệu Cancer Dependency Map (DepMap) của Broad Institute: điểm gene effect CRISPR Chronos, dữ liệu RNAi (DEMETER2) và độ nhạy hợp chất PRISM. Skill giải thích cách đọc điểm Chronos (≤ -0.5 là có phụ thuộc, ≤ -1 là phụ thuộc mạnh), cấu trúc metadata dòng tế bào, kèm các hàm Python để tìm phụ thuộc chọn lọc, kiểm định liên hệ biomarker (Mann-Whitney) và phân tích tương quan co-essentiality. Ngoài ra có bảng liệt kê các file dữ liệu chính (CRISPRGeneEffect.csv, sample_info.csv, OmicsCNGene.csv...) và các lưu ý khi diễn giải như hiệu ứng số bản sao hay biểu hiện gen.
Phù hợp với ai
- Nhà nghiên cứu phát triển thuốc cần xác thực đích ung thư
- Nhà nghiên cứu genomics ung thư tìm cặp gây chết tổng hợp (synthetic lethality)
- Học viên cao học, chuyên viên tin sinh học sàng lọc gen dễ tổn thương theo bối cảnh đột biến
Ví dụ sử dụng
- "Tìm gen thiết yếu chọn lọc trong dòng tế bào phổi mang đột biến KRAS" → so sánh gene effect giữa nhóm đột biến và nhóm hoang dã.
- "Gen X là thiết yếu toàn phổ hay chọn lọc theo loại ung thư?" → xem phân bố và phương sai trên toàn bộ dòng tế bào để đánh giá tiềm năng làm đích thuốc.
- "Liệt kê 20 gen có profile phụ thuộc tương quan nhất với gen X" → suy ra các đối tác cùng phức hợp hoặc cùng con đường sinh học.
· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·
Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
- Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
- Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
- Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
Cài vào Claude Code
Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code
Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart. Copy thư mục skills/depmap từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/depmap/ của mình. Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.
Cài bằng lệnh thủ công
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/depmap ~/.claude/skills/⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.
- Mở terminal.
- Tải repo:
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git - Tạo thư mục skill:
mkdir -p ~/.claude/skills - Sao chép skill depmap:
cp -r scientific-agent-skills/skills/depmap ~/.claude/skills/ - Cài thư viện Python:
pip install pandas numpy scipy requests - Tải
CRISPRGeneEffect.csvvàsample_info.csvtừ https://depmap.org/portal/download/all/ vào thư mục làm việc (file có thể rất lớn). - Khởi động lại Claude Code và yêu cầu ví dụ: "dùng skill depmap phân tích phụ thuộc KRAS".