Claude Skill MartKhám phá skillCâu dùng ngayHọc qua videoDùng terminalSkill là gì?
 
← Về danh sách

Trợ lý phân tích NGS deepTools

Hướng dẫn Claude dùng deepTools để chuyển đổi, kiểm định chất lượng và trực quan hóa dữ liệu ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq.

Dữ liệu · Phân tíchTrung cấp★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 9/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Kỹ năng này làm gì

  • Tạo lệnh chuyển BAM sang track độ phủ đã chuẩn hóa (bigWig/bedGraph).
  • Hướng dẫn quy trình kiểm định chất lượng: tương quan, PCA, fingerprint, độ phủ.
  • Dựng heatmap và profile quanh TSS hoặc vùng peak theo hai bước computeMatrix → plotHeatmap.
  • Gợi ý phương pháp chuẩn hóa (RPGC, CPM, RPKM, BPM) và giá trị effective genome size cho từng loài.
  • Sử dụng script kèm theo: validate_files.py để kiểm tra dữ liệu đầu vào và workflow_generator.py để sinh script quy trình.

Phù hợp với ai

  • Nhà phân tích tin sinh học, nghiên cứu sinh làm ChIP-seq / ATAC-seq / RNA-seq.
  • Người thường xuyên phải tra cứu tham số dòng lệnh của deepTools.
  • Ai cần script pipeline NGS tái lập được một cách nhanh chóng.

Ví dụ sử dụng

  1. "Chuyển BAM ChIP-seq sang bigWig chuẩn hóa RPGC cho hg38" → sinh lệnh bamCoverage kèm extendReads và ignoreDuplicates.
  2. "Kiểm tra tương quan giữa các mẫu lặp và mức làm giàu ChIP" → script QC với multiBamSummary, plotCorrelation, plotFingerprint.
  3. "Vẽ heatmap tín hiệu quanh TSS của gene" → computeMatrix chế độ reference-point rồi plotHeatmap kèm tùy chọn phân cụm.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Dùng thử ngay, không cần cài

Dán đoạn dưới vào Claude là dùng được skill này mà không cần cài đặt.

Hãy đọc hướng dẫn trong tệp này và làm theo để giúp mình:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/deeptools/SKILL.md

Mình muốn: (viết việc bạn cần ở đây)

Nếu Claude không mở được liên kết, hãy mở liên kết và copy nội dung vào rồi dán.

↓ Thấy hữu ích thì tải ZIP bên dưới và cài. Sau đó skill tự chạy, không phải dán lại mỗi lần.

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/deeptools từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/deeptools/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/deeptools ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở terminal và chuyển tới thư mục bạn muốn lưu mã nguồn.
  2. Tải kho lưu trữ: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Sao chép thư mục kỹ năng: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/deeptools ~/.claude/skills/
  4. Cài deepTools: uv pip install deepTools==3.5.6 hoặc (khuyến nghị) conda install -c conda-forge -c bioconda deeptools
  5. Cài thêm samtools để tạo chỉ mục BAM: conda install -c bioconda samtools
  6. Khởi động lại Claude Code, sau đó yêu cầu ví dụ: "Chuyển BAM sang bigWig giúp tôi" là kỹ năng sẽ tự kích hoạt.
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT