Claude Skill MartKhám phá skillSkill là gì?
 
← Về danh sách

deepTools – Trợ lý phân tích NGS

Kỹ năng giúp chạy deepTools để QC, tạo track coverage và vẽ heatmap cho dữ liệu ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq.

Dữ liệu · Phân tíchNâng cao★ 33,030⑂ 3,248Điểm AI 8/10Cập nhật lần cuối: 9 thg 8, 2026

Làm được gì

Kỹ năng biến Claude thành người vận hành bộ công cụ deepTools cho dữ liệu giải trình tự thế hệ mới (NGS).

  • Chuyển file BAM thành track coverage bigWig/bedGraph đã chuẩn hóa
  • Kiểm định chất lượng: plotFingerprint, tương quan mẫu, PCA, phân bố độ phủ
  • Vẽ heatmap và profile quanh TSS hoặc vùng peak (computeMatrix → plotHeatmap)
  • So sánh mẫu xử lý và đối chứng (bamCompare), phân tích tương quan nhiều mẫu
  • Hướng dẫn chọn phương pháp chuẩn hóa (RPGC, CPM, RPKM, BPM) và bảng kích thước genome hiệu dụng theo loài
  • Kèm script kiểm tra file đầu vào và bộ sinh workflow bash

Dành cho ai

  • Nghiên cứu sinh, nhà nghiên cứu làm ChIP-seq / ATAC-seq / RNA-seq
  • Người hay quên tham số và cách chọn chuẩn hóa của deepTools
  • Ai cần script tái lặp được để tạo hình vẽ cho bài báo
  • Không phù hợp nếu bạn không làm việc với dữ liệu genomics

Ví dụ sử dụng

  1. "QC dữ liệu ChIP-seq của tôi" → kiểm tra file, sinh script chipseq_qc, chạy fingerprint/correlation/PCA và giải thích kết quả.
  2. "Đổi BAM sang bigWig cho genome người hg38" → gợi ý lệnh bamCoverage --normalizeUsing RPGC --effectiveGenomeSize 2913022398 --extendReads 200.
  3. "Vẽ heatmap quanh TSS" → hướng dẫn hai bước computeMatrix (reference-point) rồi plotHeatmap, kèm tùy chọn phân cụm khi dữ liệu lớn.

· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·

Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
  1. Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
  2. Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
  3. Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
↓ Tải ZIP
Cài vào Claude Code

Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code

Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart.
Copy thư mục skills/deeptools từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/deeptools/ của mình.
Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.

Cài bằng lệnh thủ công

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/sci-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/sci-skills/skills/deeptools ~/.claude/skills/

⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.

  1. Mở Terminal.
  2. Tải mã nguồn: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. Tạo thư mục kỹ năng: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. Sao chép kỹ năng: cp -r scientific-agent-skills/skills/deeptools ~/.claude/skills/
  5. Cài deepTools: conda install -c conda-forge -c bioconda deeptools (hoặc uv pip install deepTools==3.5.6)
  6. Kiểm tra: bamCoverage --version và samtools --version
  7. Khởi động lại Claude Code, thử yêu cầu: "Giúp tôi QC dữ liệu ChIP-seq".
Xem mã nguồn trên GitHub ↗Giấy phép: MIT