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deepTools NGS 분석 도우미

ChIP-seq·RNA-seq·ATAC-seq 데이터를 deepTools로 QC하고 커버리지 트랙·히트맵까지 만들어주는 유전체 분석 스킬입니다.

데이터·분석고급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 8/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

차세대 시퀀싱(NGS) 분석 도구 모음인 deepTools를 Claude가 대신 운전해 줍니다.

  • BAM 정렬 파일을 정규화된 bigWig/bedGraph 커버리지 트랙으로 변환
  • 품질관리(QC): plotFingerprint, 상관분석, PCA, 커버리지 분포 확인
  • TSS·피크 구간 기준 히트맵과 프로파일 플롯(computeMatrix → plotHeatmap) 생성
  • 처리군 vs 대조군 비교(bamCompare), 다중 샘플 상관관계 분석
  • RPGC/CPM/RPKM/BPM 등 정규화 방법 선택 가이드와 종별 유효 게놈 크기 표 제공
  • 입력 파일 검증 스크립트(validate_files.py)와 워크플로 생성기(workflow_generator.py) 포함

이런 분께 추천

  • ChIP-seq / ATAC-seq / RNA-seq 데이터를 직접 다루는 대학원생·연구원
  • deepTools 명령어 옵션과 정규화 선택이 매번 헷갈리는 분
  • 논문용 히트맵·프로파일 그림을 재현 가능한 스크립트로 남기고 싶은 분
  • 반대로, 유전체 데이터가 없다면 전혀 쓸모가 없는 스킬입니다.

활용 예시

  1. "내 ChIP-seq BAM 파일 QC 좀 해줘" → 파일 검증 후 chipseq_qc 워크플로 스크립트를 만들어 fingerprint·상관분석·PCA까지 실행하고 결과 해석을 알려줍니다.
  2. "BAM을 bigWig로 바꿔줘, 사람 hg38이야" → bamCoverage --normalizeUsing RPGC --effectiveGenomeSize 2913022398 --extendReads 200 --ignoreDuplicates 형태의 명령을 조립해 줍니다.
  3. "TSS 주변 히트맵 만들어줘" → computeMatrix reference-point 모드 → plotHeatmap 2단계로 안내하고, 샘플이 많으면 클러스터링 옵션까지 제안합니다.

· · · 설치 가이드 · · ·

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/deeptools 폴더를 내 ~/.claude/skills/deeptools/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git /tmp/sci-skills && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r /tmp/sci-skills/skills/deeptools ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 엽니다.
  2. 저장소를 내려받습니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. 스킬 폴더를 만듭니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  4. 이 스킬만 복사합니다: cp -r scientific-agent-skills/skills/deeptools ~/.claude/skills/
  5. deepTools 본체를 설치합니다: conda install -c conda-forge -c bioconda deeptools (또는 uv pip install deepTools==3.5.6)
  6. 설치 확인: bamCoverage --version, samtools --version
  7. Claude Code를 다시 실행한 뒤 "ChIP-seq 데이터 QC 해줘"처럼 요청하면 스킬이 작동합니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT