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deepTools NGS 분석 도우미

ChIP-seq·RNA-seq·ATAC-seq 데이터를 deepTools로 변환·QC·시각화하는 전 과정을 Claude가 안내합니다.

데이터·분석중급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 9/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • BAM 정렬 파일을 정규화된 커버리지 트랙(bigWig/bedGraph)으로 변환하는 명령을 만들어 줍니다.
  • 상관분석·PCA·fingerprint 등 품질관리(QC) 절차를 순서대로 실행하도록 안내합니다.
  • TSS나 peak 영역 주변의 히트맵·프로파일 플롯(computeMatrix → plotHeatmap)을 단계별로 구성해 줍니다.
  • RPGC/CPM/RPKM/BPM 중 실험 유형에 맞는 정규화 방법과 종별 effective genome size 값을 추천합니다.
  • 동봉된 validate_files.py(입력 파일 검증)와 workflow_generator.py(워크플로 스크립트 생성)를 활용합니다.

이런 분께 추천

  • ChIP-seq / ATAC-seq / RNA-seq 데이터를 다루는 생물정보학 분석가와 대학원생
  • deepTools 명령 옵션을 매번 문서에서 찾아 쓰던 연구자
  • 재현 가능한 NGS 분석 파이프라인 스크립트를 빠르게 만들고 싶은 분

활용 예시

  1. "ChIP-seq BAM을 hg38 기준 RPGC로 정규화한 bigWig으로 바꿔줘" → extendReads·ignoreDuplicates 옵션까지 포함한 bamCoverage 명령 생성.
  2. "복제 샘플들 상관관계와 ChIP 농축도를 확인하고 싶어" → multiBamSummary + plotCorrelation + plotFingerprint QC 워크플로 스크립트 생성.
  3. "유전자 TSS 주변 신호 히트맵 만들어줘" → computeMatrix reference-point 후 plotHeatmap까지 클러스터링 옵션 포함해 안내.

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/deeptools/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/deeptools 폴더를 내 ~/.claude/skills/deeptools/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/deeptools ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 스킬을 저장할 위치로 이동합니다.
  2. 저장소를 내려받습니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  3. 스킬 폴더를 Claude 스킬 디렉터리로 복사합니다: mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/deeptools ~/.claude/skills/
  4. deepTools를 설치합니다: uv pip install deepTools==3.5.6 또는 (권장) conda install -c conda-forge -c bioconda deeptools
  5. BAM 인덱싱을 위해 samtools도 준비합니다: conda install -c bioconda samtools
  6. Claude Code를 재시작한 뒤 "ChIP-seq BAM을 bigWig으로 바꿔줘"처럼 요청하면 스킬이 자동으로 작동합니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT