Trợ lý Hóa tin học Datamol
Skill giúp Claude dùng datamol (bọc RDKit theo phong cách Python) để phân tích SMILES, chuẩn hóa phân tử, tính fingerprint, phân cụm và sinh conformer 3D.
Skill này làm được gì
Skill cung cấp cho Claude kiến thức chuẩn về datamol — lớp bọc gọn nhẹ trên RDKit. Nội dung bao phủ 10 nhóm quy trình: chuyển đổi định dạng (SMILES, InChI, SELFIES), chuẩn hóa/sanitize phân tử, tính descriptor, fingerprint (ECFP, MACCS, atom pairs) và khoảng cách Tanimoto, phân cụm Butina cùng chọn tập đa dạng, phân tích scaffold Bemis-Murcko, phân mảnh BRICS/RECAP, sinh conformer 3D + phân cụm RMSD + SASA, trực quan hóa (lưới ảnh, SVG, tô sáng cấu trúc con) và áp dụng phản ứng bằng reaction SMARTS.
Ngoài ra còn có hướng dẫn song song hóa với n_jobs=-1, thanh tiến trình progress=True, đọc/ghi file trên S3/GCS qua fsspec, ví dụ kết hợp scikit-learn để làm mô hình QSAR, và mục xử lý sự cố thường gặp.
Phù hợp với ai
- Nhà nghiên cứu phát hiện thuốc, hóa dược làm việc với thư viện hợp chất
- Data scientist thấy RDKit quá nhiều mã lặp lại
- Người cần tạo tập dữ liệu ML từ phân tử (kể cả chia train/test theo scaffold)
- Người chạy pipeline sàng lọc ảo hoặc phân tích SAR định kỳ
Ví dụ sử dụng
- "Chuẩn hóa 50.000 SMILES trong file CSV, loại bỏ cấu trúc lỗi rồi xuất bảng descriptor" → sinh code
dm.to_mol+dm.standardize_mol+batch_compute_many_descriptors(n_jobs=-1). - "Chọn 500 hợp chất đa dạng nhất từ file SDF theo ECFP4" → pipeline
dm.read_sdf→dm.to_fp→dm.pick_diverse. - "Chia train/test theo scaffold và huấn luyện Random Forest dự đoán hoạt tính" → nhóm theo scaffold Bemis-Murcko rồi viết code scikit-learn.
· · · Hướng dẫn cài đặt · · ·
Cài vào ứng dụng Claude (không cần terminal)
- Tải tệp ZIP bằng nút bên dưới.
- Trong Claude, mở Settings → Capabilities và bật 'Code execution and file creation'. (chỉ một lần)
- Vào Customize → Skills → + → 'Upload a skill' rồi tải tệp ZIP lên.
Cài vào Claude Code
Để Claude làm — dán câu dưới đây vào Claude Code
Hãy cài skill mình tìm thấy trên Claude Skill Mart. Copy thư mục skills/datamol từ repo GitHub K-Dense-AI/scientific-agent-skills vào ~/.claude/skills/datamol/ của mình. Sau khi cài xong, cho mình biết skill này làm được gì trong một câu.
Cài bằng lệnh thủ công
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/datamol ~/.claude/skills/⚠ Đây là skill do người khác tạo. Hãy kiểm tra repo gốc trước khi cài.
- Mở terminal và đảm bảo đã có Claude Code.
- Tải repo skill:
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git - Tạo thư mục skill:
mkdir -p ~/.claude/skills - Sao chép riêng skill datamol:
cp -r scientific-agent-skills/skills/datamol ~/.claude/skills/ - Cài thư viện trong môi trường Python 3.8+:
uv pip install datamol(RDKit được cài kèm tự động). - Nếu cần đọc file trên đám mây, cài thêm
uv pip install s3fshoặcuv pip install gcsfs. - Khởi động lại Claude Code và yêu cầu ví dụ: "Dùng datamol chuẩn hóa danh sách SMILES này" — skill sẽ tự được gọi.