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Datamol 화학정보학 스킬

RDKit을 감싼 Datamol로 SMILES 파싱부터 지문·클러스터링·3D 컨포머까지 분자 데이터 작업을 손쉽게 처리하도록 돕는 스킬.

개발·코딩중급★ 33,030⑂ 3,248AI 점수 9/10마지막 업데이트: 2026. 8. 9.

무엇을 해주나

  • Datamol(RDKit의 파이썬 래퍼) 기준의 관용적 코드 패턴을 제시합니다: dm.to_mol, standardize_mol, to_fp, cluster_mols, pick_diverse 등.
  • SMILES/SELFIES/InChI 변환, 구조 표준화, 기술자(descriptor) 계산, 지문·유사도, Bemis-Murcko 스캐폴드, BRICS/RECAP 단편화, 3D 컨포머 생성과 RMSD 클러스터링, 시각화, 반응 SMARTS 적용까지 10개 워크플로 영역을 안내합니다.
  • SDF/CSV/Excel 입출력과 fsspec 기반 S3·GCS·HTTP 원격 경로 처리, n_jobs 병렬화, 진행바 사용법을 정리합니다.
  • 표준화 우선, None 체크, 클러스터링 규모 한계(부티나 ~1,000분자) 같은 실무 주의점과 트러블슈팅 팁을 담고 있습니다.

이런 분께 추천

  • 신약개발·계산화학 연구자 및 화학정보학 파이프라인을 만드는 데이터 사이언티스트.
  • RDKit을 쓰지만 보일러플레이트를 줄이고 싶은 파이썬 개발자.
  • 분자 지문/기술자로 머신러닝 피처를 만들려는 ML 엔지니어.

활용 예시

  1. "이 CSV의 SMILES 10만 개를 표준화하고 기술자를 병렬 계산해 Lipinski 규칙으로 필터링해줘."
  2. "ChEMBL SDF를 읽어 ECFP4 지문으로 다양성 선택 500개를 뽑고 스캐폴드 기준 train/test 분할을 만들어줘."
  3. "SAR 시리즈 20개 분자를 공통 골격에 정렬해 논문용 SVG 그리드로 그려줘."

· · · 설치 가이드 · · ·

설치 없이 지금 한 번 써보기

아래를 Claude에 붙여넣으면 설치하지 않고도 이 스킬을 그대로 씁니다.

이 파일의 지시를 읽고 그대로 따라서 나를 도와줘:
https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/HEAD/skills/datamol/SKILL.md

내가 원하는 것: (여기에 하고 싶은 일을 쓰세요)

Claude가 링크를 열지 못하면, 링크를 직접 열어 내용을 복사해 붙여넣으세요.

↓ 쓸 만하면 아래에서 ZIP을 받아 설치하세요. 그러면 매번 붙여넣지 않아도 알아서 작동합니다.

Claude 앱에 설치 (터미널 필요 없음)
  1. 아래 버튼으로 ZIP 파일을 받으세요.
  2. Claude 설정 → Capabilities에서 '코드 실행 및 파일 생성'을 켭니다. (한 번만)
  3. Claude에서 Customize → Skills → + → '스킬 업로드'를 누르고 받은 ZIP을 올립니다.
↓ ZIP 내려받기
Claude Code에 설치

Claude에게 맡기기 — 아래 문장을 Claude Code에 붙여넣으세요

클로드스킬마트에서 찾은 스킬을 설치해줘.
GitHub 저장소 K-Dense-AI/scientific-agent-skills 의 skills/datamol 폴더를 내 ~/.claude/skills/datamol/ 에 그대로 복사해줘.
설치가 끝나면 이 스킬로 무엇을 할 수 있는지 한 줄로 알려줘.

직접 명령으로 설치하기

git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git && mkdir -p ~/.claude/skills && cp -r scientific-agent-skills/skills/datamol ~/.claude/skills/

⚠ 제3자가 만든 스킬입니다. 설치 전 원본 저장소를 한 번 확인하세요.

  1. 터미널을 열고 저장소를 클론합니다: git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git
  2. 스킬 폴더를 만듭니다: mkdir -p ~/.claude/skills
  3. 스킬을 복사합니다: cp -r scientific-agent-skills/skills/datamol ~/.claude/skills/
  4. references/ 하위 마크다운 파일들이 함께 복사되었는지 확인합니다(ls ~/.claude/skills/datamol).
  5. 파이썬 환경에 라이브러리를 설치합니다: uv pip install datamol (RDKit은 자동 설치됨). 필요 시 uv pip install s3fs 또는 gcsfs.
  6. Claude Code를 재시작하고 "datamol로 SMILES 표준화해줘"처럼 요청하면 스킬이 발동합니다.
GitHub에서 원본 보기 ↗라이선스: MIT